The purpose of this thesis is to define a “local” version of Ozsváth and Szabó’s Heegaard Floer homology HFL^ for links in the 3-sphere, i.e. a Heegaard Floer homology HFT^ for tangles in the 3-ball. The decategorification of HFL^ is the classical Alexander polynomial for links; likewise, the decategorification of HFT^ gives a local version ∇ˢ of the Alexander polynomial. In the first chapter of this thesis, we give a purely combinatorial definition of this polynomial invariant ∇ˢ via Kauffman states and Alexander codes and investigate some of its properties. As an application, we show that the multivariate Alexander polynomial is mutation invariant. In the second chapter, we define HFT^ in two slightly different, but equivalent ways: One is via Juhász’s sutured Floer homology, the other by imitating the construction of HFL^. We then state a glueing theorem in terms of Zarev’s bordered sutured Floer homology, which endows HFT^ with additional structure. As an application, we show that any two links related by mutation about a (2,−3)-pretzel tangle have the same δ-graded link Floer homology. This result relies on a computer calculation. In the third and last chapter, we specialise to 4-ended tangles. In this case, we give a reformulation of HFT^ with a glueing structure in terms of (what we call) peculiar modules. Together with a glueing theorem, we can easily recover oriented and unoriented skein relations for HFL^. Our peculiar modules also enjoy some symmetry relations, which support a conjecture about δ-graded mutation invariance of HFL^. However, stronger symmetries would be needed to actually prove this conjecture. Finally, we explore the relationship between peculiar modules and twisted complexes in the wrapped Fukaya category of the 4-punctured sphere. There are four appendices, some of which might be of independent interest: In the first appendix, we describe a general construction of dg categories which unifies all algebraic structures used in this thesis, in particular type A and type D modules from bordered theory. In the second appendix, we prove a generalised version of Kauffman’s clock theorem, which plays a major role for our decategorified invariants. The last two appendices are manuals for two Mathematica programs. The first is a tool for computing the generators of HFT^ and the decategorified tangle invariant ∇ˢ. The second allows us to compute bordered sutured Floer homology using nice diagrams.

Dans cette thèse, nous examinons différents cadres pour la théorie générale des opérades cycliques de Getzler et Kapranov. Comme le suggère le titre, nous établissons des fondements théoriques de natures syntaxiques, algébriques et catégorifiées pour la notion d’opérade cyclique. Dans le traitement syntaxique, nous proposons un langage formel à la manière du lambda-calcul, appelé mu-syntaxe, en tant que représentation légère de la structure <<entries-only >> d’opérades cycliques. Contrairement à la caractérisation originale des opérades cycliques, appelée la caractérisation <<exchangeable-output>> , selon laquelle les opérations d’une opérade cyclique ont des entrées et une sortie qui peut être << échangée >> avec une entrée, les opérades cycliques <<entries-only >> sont présentées comme des généralisations d’opérades pour lesquelles une opération n’a plus des entrées et une sortie, mais seulement des entrées (c’est-à-dire pour lesquelles la sortie est <<au même niveau>> que les entrées). Grâce aux méthodes de réécriture derrière le formalisme, nous donnons une preuve pas-à-pas complète de l’équivalence entre les définitions biaisées et non biaisées des opérades cycliques.Guidés par le principe du microcosme de Baez et Dolan et par les définitions algébriques des opérades de Kelly et Fiore, dans l’approche algébrique, nous définissons les opérades cycliques à l’intérieur de la catégorie des espèces de structures de Joyal. De cette façon, la caractérisation originale << exchangeable-output>> de Getzler et Kapranov, et la caractérisation alternative <<entries-only>> des opérades cycliques de Markl, sont toutes les deux incarnées comme monoïdes dans une catégorie monoïdale des espèces de structures. En s’appuyant sur un résultat de Lamarche sur la descente pour les espèces, nous utilisons ces définitions monoïdales pour prouver l’équivalence entre les points de vue <<exchangeable-output >> et << entries-only>> pour les opérades cycliques.Enfin, nous établissons une notion d’opérade cyclique catégorifiée pour les opérades cycliques avec symétries, définies dans la catégorie des ensembles en termes de générateurs et relations. Les catégorifications que nous introduisons sont obtenues en remplaçant des ensembles d’opérations de la même arité par des catégories, en relâchant certains axiomes de la structure, comme l’associativité et la commutativité, en isomorphismes, tout en laissant l’équivariance stricte, et en formulant des conditions de cohérence pour ces isomorphismes. Le théorème de cohérence que nous prouvons a la forme << tous les diagrammes d’isomorphismes canoniques commutent >>. Pour les opérades cycliques <<entries-only>> , notre preuve a un caractère syntaxique et s’appuie sur la cohérence des opérades non symétriques catégorifiées, établie par Došen et Petrić. Nous prouvons la cohérence des opérades cycliques <<exchangeable-output >>, en relevant au cadre catégorifié l’équivalence entre les définitions <<entries-only>> et <<exchangeable-output>> , mise en place précédemment dans l’approche algébrique. / In this thesis, we examine different frameworks for the general theory of cyclic operads of Getzler and Kapranov. As suggested by the title, we set up theoretical grounds of syntactic, algebraic and categorified nature for the notion of a cyclic operad.In the syntactic treatment, we propose a lambda-calculus-style formal language, called mu-syntax, as a lightweight representation of the entries-only cyclic operad structure. As opposed to the original exchangeable-output characterisation of cyclic operads, according to which the operations of a cyclic operad have inputs and an output that can be “exchanged” with one of the inputs, the entries-only cyclic operads have only entries (i.e. the output is put on the same level as the inputs). By employing the rewriting methods behind the formalism, we give a complete step-by-step proof of the equivalence between the unbiased and biased definitions of cyclic operads.Guided by the microcosm principle of Baez and Dolan and by the algebraic definitions of operads of Kelly and Fiore, in the algebraic approach we define cyclic operads internally to the category of Joyal’s species of structures. In this way, both the original exchangeable-output characterisation of Getzler and Kapranov, and the alternative entries-only characterisation of cyclic operads of Markl are epitomised as “monoid-like” objects in “monoidal-like” categories of species. Relying on a result of Lamarche on descent for species, we use these “monoid-like” definitions to prove the equivalence between the exchangeable-output and entries-only points of view on cyclic operads.Finally, we establish a notion of categorified cyclic operad for set-based cyclic operads with symmetries, defined in terms of generators and relations. The categorifications we introduce are obtained by replacing sets of operations of the same arity with categories, by relaxing certain defining axioms, like associativity and commutativity, to isomorphisms, while leaving the equivariance strict, and by formulating coherence conditions for these isomorphisms. The coherence theorem that we prove has the form “all diagrams of canonical isomorphisms commute”.For entries-only categorified cyclic operads, our proof is of syntactic nature and relies on the coherence of categorified operads established by Došen and Petrić. We prove the coherence of exchangeable-output categorified cyclic operads by “lifting to the categorified setting” theequivalence between entries-only and exchangeable-output cyclic operads, set up previously in the algebraic approach.