Este estudo buscou acessar a posição filogenética da ordem Acariformes, descrever a morfologia dos espermatozóides, secreções acompanhantes e espermiogênese dos ácaros halacarídeos, e, eventualmente, contribuir com o conhecimento da fauna de Halacaridae do Estado de São Paulo através da descrição de novas species. A posição filogenética dos Acariformes foi examinada com o emprego dos genes 18S, parte do 28S e morfologia de 91 táxons terminais. A hipótese considerada aqui como a que melhor incorpora os dados é a obtida com a análise dos dados matriz morfológica apresentada combinada com as sequências parcialmente alinhadas com o emprego da estrutura secundária como guia. As análises levaram a uma topologia que inclui um clado composto por (Palpigradi (Solfugae Acariformes) e outro por (Ricinulei Tetrapulmonata). A aparente estabilidade de alguns clados não recuperados aqui como Haplocnemata e Acari, é atribuída ao efeito da forma como a homologia molecular foi estabelecida nos trabalhos anteriores pela abordagem instrumentalista implementada no POY. Observações a respeito da espermiogênese, espermatozóides e secreções acompanhantes de dezesseis Halacaridae são apresentadas. A informação espermatológica suporta uma posição basal para o gênero Rhombognathus, com um padrão difuso de condensação da cromatina e mitocôndrias não modificadas, ao invés do padrão centrípeto e as mitocôndrias anulares dos outros gêneros, também suportam uma relação próxima do gênero Arhodeoporus e Copidognathinae e uma relação de grupo-irmão entre os gêneros Halacarus e Thalassarachna. Finalmente, o gênero Halacaroides é registrado para a costa brasileira pela primeira vez. / This study aimed to assess the phylogenetic position of the order Acariformes, describe the sperm cell morphology, accompanying secretions and spermiogenesis of halacarid mites. Eventually, it was also intended to describe a new species and occurrences along the São Paulo State coastline. The phylogenetic position of Acariformes mites is examined employing SSU, partial LSU sequences, and the morphology of 91 extant terminals. The hypotheses regarded as better encompassing the evidence gathered is that yielded by the combined analysis of morphology and partially aligned sequences using the secondary structure as a guide to the alignment. It has yielded to a topology including a clade composed by (Palpigradi (Solfugae Acariformes) and other by (Ricinulei Tetrapulmonata). The seeming stability of certain clades not recovered here, as Haplocnemata and Acari, are regarded as the byproduct of the way as molecular homology was established by the instrumentalist approach implemented in POY inprevious studies. Ultrastructural observations on spermiogenesis, sperm cell and reproductive system of sixteen species belonging to Halacaridae are presented. The espermatological information supports a basal position for genus Rhombognathus, which presents a diphuse pattern of chromatin condensation and crested mitochondria, instead of the derivate centripetal pattern and annular mitochondria observed in the remaining clades, data also support a close relationship between the genus Arhodeoporus and Copidognathinae and sister group relationship between the genera Halacarus and Thalassarachna. Finally, the genus Halacaroides is recorded from the Brazilian coastline for the first time.

Este estudo buscou acessar a posição filogenética da ordem Acariformes, descrever a morfologia dos espermatozóides, secreções acompanhantes e espermiogênese dos ácaros halacarídeos, e, eventualmente, contribuir com o conhecimento da fauna de Halacaridae do Estado de São Paulo através da descrição de novas species. A posição filogenética dos Acariformes foi examinada com o emprego dos genes 18S, parte do 28S e morfologia de 91 táxons terminais. A hipótese considerada aqui como a que melhor incorpora os dados é a obtida com a análise dos dados matriz morfológica apresentada combinada com as sequências parcialmente alinhadas com o emprego da estrutura secundária como guia. As análises levaram a uma topologia que inclui um clado composto por (Palpigradi (Solfugae Acariformes) e outro por (Ricinulei Tetrapulmonata). A aparente estabilidade de alguns clados não recuperados aqui como Haplocnemata e Acari, é atribuída ao efeito da forma como a homologia molecular foi estabelecida nos trabalhos anteriores pela abordagem instrumentalista implementada no POY. Observações a respeito da espermiogênese, espermatozóides e secreções acompanhantes de dezesseis Halacaridae são apresentadas. A informação espermatológica suporta uma posição basal para o gênero Rhombognathus, com um padrão difuso de condensação da cromatina e mitocôndrias não modificadas, ao invés do padrão centrípeto e as mitocôndrias anulares dos outros gêneros, também suportam uma relação próxima do gênero Arhodeoporus e Copidognathinae e uma relação de grupo-irmão entre os gêneros Halacarus e Thalassarachna. Finalmente, o gênero Halacaroides é registrado para a costa brasileira pela primeira vez. / This study aimed to assess the phylogenetic position of the order Acariformes, describe the sperm cell morphology, accompanying secretions and spermiogenesis of halacarid mites. Eventually, it was also intended to describe a new species and occurrences along the São Paulo State coastline. The phylogenetic position of Acariformes mites is examined employing SSU, partial LSU sequences, and the morphology of 91 extant terminals. The hypotheses regarded as better encompassing the evidence gathered is that yielded by the combined analysis of morphology and partially aligned sequences using the secondary structure as a guide to the alignment. It has yielded to a topology including a clade composed by (Palpigradi (Solfugae Acariformes) and other by (Ricinulei Tetrapulmonata). The seeming stability of certain clades not recovered here, as Haplocnemata and Acari, are regarded as the byproduct of the way as molecular homology was established by the instrumentalist approach implemented in POY inprevious studies. Ultrastructural observations on spermiogenesis, sperm cell and reproductive system of sixteen species belonging to Halacaridae are presented. The espermatological information supports a basal position for genus Rhombognathus, which presents a diphuse pattern of chromatin condensation and crested mitochondria, instead of the derivate centripetal pattern and annular mitochondria observed in the remaining clades, data also support a close relationship between the genus Arhodeoporus and Copidognathinae and sister group relationship between the genera Halacarus and Thalassarachna. Finally, the genus Halacaroides is recorded from the Brazilian coastline for the first time.

Though molecular phylogenetics has been very successful in reconstructing the evolutionary history of species, some phylogenies, particularly those involving ancient events, have proven difficult to resolve. One approach to improving the resolution of deep phylogenies is to increase the amount of data by including multiple genes assembled from public sequence databases. Using modern phylogenetic methods and abundant computing power, the vast amount of sequence data available in public databases can be brought to bear on difficult phylogenetic problems. In this thesis I outline the motivation for assembling large multigene datasets and lay out the obstacles associated with doing so. I discuss the various methods by which these obstacles can be overcome and describe a bioinformatics solution, TaxMan, that can be used to rapidly assemble very large datasets of aligned genes in a largely automated fashion. I also explain the design and features of TaxMan from a biological standpoint and present the results of benchmarking studies. I illustrate the use of TaxMan to assemble large multigene datasets for two groups of taxa – the subphylum Chelicerata and the superphylum Lophotrochozoa. Chelicerata is a diverse group of arthropods with an uncertain phylogeny. When a set of mitochondrial genes is used to analyse the relationships between the chelicerate orders, the conclusions are highly dependent upon the evolutionary model used and are affected by the presence of systematic compsitional bias in mitochondrial genomes. Lophotrochozoa is a recently-proposed group of protostome phyla. A number of distinct phylogenetic hypotheses concerning the relationships between lophotrochozoan phyla have been proposed. I compare the phylogenetic conclusions given by analysis of nuclear and mitochondrial protein-coding and rRNA genes to evaluate support for some of these hypotheses.