A. phagocytophilum, une bactérie transmise par les tiques, est responsable de l’anaplasmose granulocytaire, une maladie émergente qui infecte une large gamme de mammifères dont l’homme. Actuellement, la description des cycles épidémiologiques de cette bactérie est incomplète. L’objectif de cette thèse est de caractériser la diversité génétique d’A. phagocytophilum chez différentes espèces d’hôtes, afin de déterminer quelles espèces participent au même cycle épidémiologique. D’abord, nous avons caractérisé la diversité génétique d’A. phagocytophilum chez les animaux domestiques malades à l’aide d’une MLSA. Nous avons identifié trois groupes de génotypes infectant les bovins, dont un groupe est partagé avec les chevaux et les chiens, et un avec les chevreuils. Ensuite, nous avons recherché quelles espèces de tiques pouvaient transmettre la bactérie, et quels pouvaient être les réservoirs parmi les mammifères sauvages. En Camargue, un génotype au fort potentiel zoonotique a été identifié chez cinq espèces de tiques du genre Rhipicephalus, Dermacentor et Hyalomma. La prévalence chez des rongeurs suggère qu’ils peuvent être réservoirs, mais la présence de génotypes infectant les bovins chez les mulots est à vérifier. Enfin, la comparaison des génotypes obtenus chez les tiques et les chevreuils par séquençage 454, a montré que la contribution des chevreuils à l’infection des tiques était faible sur le site des Vallons de Gascogne. L’absence de rongeurs infectés sur ce site suggère que d’autres mammifères réservoirs sont présents. Cette étude montre la complexité des cycles d’A. phagocytophilum et l’intérêt des outils moléculaires. / A. phagocytophilum, a tick-borne bacterium, is responsible of the granulocytic anaplasmosis, an emerging disease that infects a large range of mammals including humans. Currently, the description of the epidemiological cycles of this bacterium is incomplete. The objective of this thesis was to characterize the genetic diversity of A. phagocytophilum in different host species to determine those involved in the same epidemiological cycle. First, we characterized the genetic diversity of A. phagocytophilum in sick domestic animals with a MLSA. We identified three groups of genotypes infecting cattle, including one group shared with horses and dogs, and another shared with roe deer. Then, we investigated what species of ticks can transmit the bacteria, and what wild mammals could be reservoirs. In Camargue, a genotype with high zoonotic potential was identified in five species of ticks of the genus Rhipicephalus, Dermacentor and Hyalomma. The prevalence in French rodents suggests that they may be reservoir hosts, but the presence of genotypes infecting cattle in rodents must be checked. Finally, comparing the bacterial genotypes in ticks and roe deer by 454 sequencing, showed that the contribution of the roe deer to tick infection was low in the site of “Vallons de Gascogne”. The absence of infected rodents in this location suggests that other reservoir mammals are present. This study demonstrates the complexity of the A. phagocytophilum cycle and the contribution of molecular tools.

Pour la grande majorité des grands herbivores vivant en régions tempérées, l'hiver est la saison la plus limitante à cause des effets combinés du manque de ressources et de la sévérité des conditions climatiques. Les espèces qui ne développent pas d'adaptations morphologiques ou physiologiques particulières pour faire face à la sévérité de l'hiver doivent mettre en place des mouvements et des tactiques d'utilisation de l'espace appropriés (comme par exemple les migrations). Plus spécifiquement, ces patrons d'utilisation de l'espace peuvent émerger à différentes échelles spatio-temporelles pour permettre aux individus d'accéder aux ressources dont ils ont besoin et d'échapper aux conditions climatiques défavorables. Ainsi, ces patrons d'utilisation de l'espace déterminent le sort des individus et la dynamique des populations. Une compréhension détaillée de la relation entre les facteurs limitants durant l'hiver et la réponse des animaux en termes de mouvements est prépondérante pour préserver et gérer les populations d'ongulés sauvages avec succès, tout spécialement dans le contexte actuel de changements climatiques rapides qui induisent des modifications importantes dans le paysage et la distribution des ressources (par exemple changement de patrons de couverture neigeuse en hiver). La comparaison de tactiques de mouvements sous différents scénarios de conditions environnementales, par exemple au moyen d'analyses à vaste échelle de l'aire de distribution de l'espèce cible, représente une approche pertinente pour mieux comprendre comment les mouvements des animaux répondent aux changements dans le paysage. Le chevreuil (Capreoluscapreolus) est une espèce modèle particulièrement intéressante pour étudier ces questions parce que la distribution de cette espèce couvre la plupart des pays d'Europe, grâce à sa forte plasticité écologique / For the majority of large ungulates living in temperate regions winter is the limiting season, because of the combined effects of lack of resource availability and severity of climatic conditions. Those species that did not develop any particular morphological and physiological adaptation to cope with winter severity may adopt movement and space use tactics instead (like e.g. migration). Specifically, these space use patterns may emerge at different spatiotemporal scales to allow individuals to accede the resources they need and escape unfavourable conditions, thus determining both individual fate and population dynamics. A detailed understanding of the relationship between limiting factors in wintertime, and individual movement response, is remarkable to preserve and manage wildlife successfully, especially in the context of fast-occurring climate change that induces important alterations in landscape and resource distribution (e.g. changes of snow cover patterns). The comparison of movement tactics under different environmental scenarios, e.g. by means of large –scale analysis at the species distribution range, represents a valuable approach to work in that direction and to assess the effects of landscape alteration on individual movement. Roe deer (Capreolus capreolus) is an excellent model species to investigate these issues, because its distribution range covers most of Europe, thanks to its high ecological plasticity. For those populations that live in northern and mountain environments, winter is the limiting season because roe deer lack any morphological and physiological adaptations to cope with winter severity. In spite of the adoption of specific movement tactics such as partial migration from summer to winter ranges, roe deer may still face limiting conditions in some areas of the distribution range exposed to winter severity