Existe un completo desconocimiento de la riqueza de copépodos ciclopoides en los cuerpos de agua de la amazonía peruana y particularmente en Madre de Dios. En este departamento, la actividad minera es la principal estrategia de subsistencia y de desarrollo económico, y la intensidad con que se realiza ha conllevado a prácticas ambientalmente irresponsables que están afectando todo el ecosistema y, por ende, la riqueza de componentes planctónicos, como los copépodos ciclopoides, que aún no han sido estudiados. La Concesión para la Conservación de la Cuenca Amazónica (ACCA) en el río Los Amigos ubicada entre la intersección de las cuencas del río Madre de Dios y Los Amigos, es zona de amortiguamiento del Parque Nacional Manu. Esta área posee una gran diversidad de ambientes acuáticos, (quebradas, cochas y aguajales), de tipo de agua negra y blanca. En el 2006 se colectaron muestras de plancton para identificar y determinar los taxa de ciclopoides, tipificar los ambientes según la composición de especies e índice de constancia, relacionar parámetros de oxigeno disuelto, temperatura, pH y dióxido de carbono con la riqueza y determinar si existe similaridad entre las quebradas, cochas y aguajales. Se registraron por primera vez 34 especies para Madre de Dios y la Amazonia peruana; y 4 géneros para el Perú. Considerando los registros publicados para los Andes en 1989, se incrementó con este estudio 28 especies, siendo el total actual de 49 especies de ciclopoides para el Perú. La única especie constante en los tres ambientes acuaticos fue Ectocyclops herbsti, a nivel de composición si se identificaron especies que no se presentaban en uno u otro ambiente y cuando se intento relacionar con parámetros físico-químicos no se halló relación con la riqueza. Las especies características para las quebradas, fueron Ectocyclops herbsti, Macrocyclops albidus albidus y Tropocyclops schubarti, para las cochas, Microcyclops ceibaensis, M. finitimus y E. herbsti, y para los aguajales, Ectocyclops herbsti y Tropocyclops schubarti. No se observó una agrupación de composición de especies entre quebradas, cochas y aguajales; sin embargo, fue evidente un patrón espacial de especies coincidente con la distribución de las estaciones relacionado probablemente con el origen y conexión del agua que llega a esos ambientes. Palabras clave: ciclopoides, agua blanca, agua negra, riqueza, amazonia peruana. / --- There is a complete lack of information about the richness of cyclopoid copepods in wáter bodies of the Peruvian Amazon, particularly in Madre de Dios. In this department, mining is the main strategy for subsistence and economic development, and the intensity with which it is done has led to environmentally irresponsible practices that are affecting the entire ecosystem and, therefore, the wealth of planktonic components such as cyclopoid copepods, which have not yet been studied. The Association for the Amazon Basin Conservation (ACCA) in Los Amigos River, located between the intersection of the basins of Madre de Dios River and Los Amigos River, is a buffer zone for Manu National Park. This area has a great diversity of aquatic environments (streams, lakes, and palm swamps) of blackwaters and whitewaters. Plankton samples were collected in 2006, in order to identify and determine cyclopoid taxa, characterize habitats by species composition and constancy index, relate parameters of dissolved oxygen, temperature, pH and carbón dioxide with richness and determine if there is similarity between streams, oak lakes and palm swamps. The results of this study reported 34 new species for Madre de Dios and the Peruvian Amazon; including 4 new genera for Peru. Considering the published records for the Andes in 1989, the present work increased the last record by 28 new species, with a current total of 49 species of cyclopoids for Peru. The only common species in all three aquatic environments was Ectocyclops herbsti. In terms of composition, some species were identified as being absent in one or two environments, and when attempted to relate with physicochemical parameters, it weren’t found any relationship with richness. The characteristic species for stream were Ectocyclops herbsti, Macrocyclops albidus albidus and Tropocyclops schubarti; for oak lakes, Microcyclops ceibaensis, M. finitimus and E. herbsti; and for palm swamps, Ectocyclops herbsti and Tropocyclops schubarti. No grouping of species composition among streams, oak lakes, and palm swamps were observed; however, a spatial pattern of species coincident with the stations distribution was found, probably related to the origin and connection of water reaching those environments. Keywords: cyclopoids, whitewater, blackwater, richness, Peruvian Amazon.