Le parvovirus H-1 (PVH-1) est un petit virus à ADN simple brin qui se réplique de façon lytique préférentiellement dans les cellules transformées du fait de leur profil d’expression particulièrement favorable à l’activation du cycle viral. Cette caractéristique est connue sous le nom d’oncotropisme. Le génome de PVH-1 compte deux unités transcriptionnelles. La première contrôlée par le promoteur précoce P4, dont l’activation dépend de la prolifération et de la transformation cellulaires, permet l’expression des protéines non structurales NS1 et NS2, et la deuxième gouverne l’expression des protéines de capside VP1 et VP2 en réponse au promoteur P38. L’ensemble du cycle de PVH-1 dépend étroitement de la protéine NS1 qui intervient dans des processus aussi importants que la réplication de l’ADN viral, l’activation du promoteur P38 ou encore la cytotoxicité du virus. La protéine NS1 est finement régulée aussi bien au niveau trancriptionnel via le promoteur P4 dont l’activation dépend de l’état de transformation et de prolifération cellulaires, que post-traductionnel. Le but de ma thèse a été d’identifier de nouveaux éléments déterminants dans la mise en place de ces régulations et de mettre en évidence leur implication dans le cycle de vie et l’oncotropisme du PVH-1. / H 1 parvovirus (H-1PV) is a little single stranded DNA virus that preferentially replicates in a lytic manner in transformed cells due to their expression profile that meets the requirements for the activation of H¬ 1 PV life cycle unlike normal cells. This feature is known as oncotropism. H 1PV genome is constituted by two transcriptional units. The first one is driven by the proliferation and transformation dependent P4 promoter and allows the expression of both non structural proteins NS1 and NS2, and the second one controls the expression of both capsid proteins VP1 and VP2 through the activation of P38 promoter. H-1PV life cycle tightly depends on NS1 protein that is involved in crucial events, including viral DNA replication, P38 promoter activation as well as cytotoxicity.NS1 protein is regulated at both transcriptional and post translational levels.My thesis aimed at identifying new determining elements for both of these regulations and characterizing their involvement in both H-1PV life cycle and oncotropism.

L’objectif de cette thèse était de développer et d’optimiser de nouvelles méthodologies et approches analytiques afin d’améliorer le potentiel de l’analyse protéomique pour les études biologiques.La première partie de ce travail est consacrée à la détermination massive et exacte de la position N-Terminale des protéines (N-Terminome). Pour cela, nous avons utilisé et développé une approche basée sur une dérivation N-Terminale au TMPP. Cette méthodologie de marquage de la position N-Terminale a permis d’aborder l’étude des clivages protéolytiques des protéines exportées par le parasite P. falciparum (pathogène de la malaria) dans le globule rouge.Afin de permettre une exploitation automatique à haut débit des données de MS/MS, nous avons élaboré une nouvelle méthodologie (dénommée dN-TOP). Celle-Ci repose sur l’utilisation de TMPP portant des isotopes stables et permet ainsi d’accéder à la détermination des positions N-Terminales pour des études de N-Terminome à large échelle.La seconde partie est dédiée aux développements de différentes stratégies analytiques de quantification, aussi bien au niveau peptidique qu’au niveau protéique, appliquées à une série de problématiques biologiques. Ces optimisations ont été réalisées dans le contexte de l’étude des complexes protéiques, du dosage de prion par SRM, de quantification des glycations d’anticorps monoclonaux thérapeutiques et de l’hémoglobine HbA2 pour la standardisation des méthodes de référence. / The objective of this Ph.D. thesis was to develop and optimize new methodologies and analytical approaches to improve the potential of the mass spectrometry based proteomics.The first part of this work focused on the development of the N-Termini proteomics. This topic was addressed with a specific N-Termini chemical derivatization based on TMPP. We have shown that our method allowed both specific N-Terminomics and classical proteomics studies in the same experiment.This N-Terminus methodology was applied to study the proteolytic cleavages of the exported proteins in P. falciparum, a parasite responsible for the malaria.In order to automatize the complex and tedious informatics processsing of the MS/SM data of ourTMPP based N-Terminomics method, we have introduced a new approach (named dN-TOP), based on the use of a stable isotope labeled TMPP which made now N-Terminome proteomics compatible with high throughput studies.The second part addresses quantitative aspects of proteomics. It describes the optimization of quantitative methods at the peptide level or at the protein level for five different proteomic studies in the context of protein complex subunits, targeted SRM based prion, quantification of monoclonal antibodies glycation and hemoglobin HbA2 for reference measurement methods standardization.