Depuis plus de 30 ans, la Colombie construit sa politique de préservation des espèces faunistiques et de lutte contre le trafic illégal de ces espèces. Ce cadre institutionnel national s’est vu renforcé par la ratification de la convention CITES (Convention sur le commerce international des espèces de la flore et de la faune sauvages menacées d’extinction) en 1981. Pourtant, ce cadre institutionnel ne suffit pas à infléchir sur le trafic illégal des tortues marines en Colombie. L’analyse des failles du mode de régulation de type « commande et contrôle » montre les limites de l’intervention de l’Etat comme seul modèle possible à gérer le trafic illicite de tortues marines. D’où ma proposition de concevoir et mettre en place un mécanisme de quotas négociables de tortues marines décroissants dans le temps, renforcé par arrangements contractuels. Cette thèse a pour objectif de comparer l’efficacité de ces deux modes de gouvernance à réduire le trafic illégal de tortues marines, du point de vue la performance environnementale, de l’efficacité économique et de l’équité sociale. J’ai évalué les coûts de transactions pour démontrer que la variation dans la structure des coûts de transactions et la distribution de ces coûts auprès des acteurs concernés influent sur la performance finale du cadre institutionnel. Une analyse coûts-avantage a été réalisée pour justifier d’un changement institutionnel, en complément de l’analyse des coûts de transactions. Cette étude s’est situe au nord de la Colombie, sur un territoire de 30 km, territoire des indigènes Wayùu, étant le plus concerné par le trafic illégal de tortues vertes (Chelonia mydas) et tortues à écailles (Eretmochelys imbricata). / For over 30 years, Colombia built its national policy to protect wildlife species against the illegal traffic. The national institutional framework was strengthened by the ratification of the CITES (Convention on International Trade in Endangered Species of flora and fauna threatened with extinction) in 1981. However, this institutional framework is not sufficient to curb the illegal trade of marine turtles species. Despite some success to protect and recover some species, what really matters is the effectiveness of the national policy to conserve wildlife species. Hence my proposal to design and implement a cap and trade system based on transferable quotas decreasing in time, reinforced by contractual arrangements. This self-organized system aims at having zero catches level and enhance conformity and cooperation within the environmental regulation. This thesis aims to compare the efficacy of these two modes of governance to reduce the illegal trade of sea turtles based on the following criteria: the environmental performance, economic efficiency and social equity. I pursuit by estimating the corresponding transaction costs to show that the variation in the structure of transaction costs and the distribution of these costs among stakeholders affect the final performance of the institutional framework. Cost-benefit analysis was performed to justify institutional change, in addition to the analysis of transaction costs. This study is located in the north of Colombia, an area of 30 km, indigenous Wayuu territory, being more concerned with the illegal green turtles (Chelonia mydas) and hawksbill (Eretmochelys imbricata).