Qu'est-ce qu'une théorie scientique, et quelle pertinence cette notion a-t-elle pour l'étude de la connaissance scientique ? Cette thèse vise à montrer que, si l'on considère les théories comme des outils de représentation et d'inférence, l'analyse de leur contenu doit prendre en compte la manière dont elles sont comprises, en pratique, par leurs utilisateurs, c'est-à-dire par les agents, profanes et experts, qui les apprennent, les développent et les appliquent. Dans une telle perspective, la forme sous laquelle les théories sont présentées, ainsi que le contexte de leur utilisation, deviennent primordiaux. En critiquant certaines approches classiques de la notion de théorie, cette thèse propose des outils d'analyse et dénit une méthode pour étudier l'activité théorique ; deux études de cas - en mécanique classique et en génétique - la mettent en oeuvre et en montrent la fécondité.