Un projet d'instruction religieuse a été conçu et mis en place au Collège de Lévis entre 1853 et 1932. Sous la tutelle d'autres institutions, l'organisation du projet d’instruction religieuse du Collège tâtonne jusqu'en 1874. À compter de cette date, le Collège acquiert son autonomie et pose les fondements de l'organisation de son projet d'instruction religieuse. Jusqu'en 1899, ce projet possède une organisation différente de l'organisation des autres matières académiques. Après la disparition de cette situation, une organisation similaire aux autres matières académiques s'implante et se consolide jusqu'en 1932. Mgr Elias Roy, supérieur du Collège de Lévis entre 1924 et 1932, considère ce projet comme l'élément intellectuel d'un ensemble plus grand qui veut former toutes les facultés de l'être humain, le projet d'éducation religieuse.