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Avaliação de ensaios comerciais de RT-qPCR para monitoramento de doença residual mínima em pacientes com leucemia mielóide crônica

Carvalho, Franceli Ramos January 2017 (has links)
A utilização de Inibidores da Tirosino Quinase (ITQ) alterou drasticamente a expectativa de vida do paciente com Leucemia Mielóide Crônica (LMC) e o monitoramento da expressão do oncogene BCR-ABL1 tornou-se um fator prognóstico fundamental para avaliação da resposta ao tratamento. Atualmente, a necessidade de desenvolvimento de metodologias moleculares que facilitem a quantificação rápida, barata e sensível, associada à detecção precoce de baixos níveis de BCR-ABL1, tem proporcionado o surgimento de diversos ensaios comerciais para monitoramento molecular. Entretanto, estes kits possuem uma variabilidade na sua composição, execução e parâmetros analíticos, principalmente com relação à sensibilidade, o que torna os resultados, muitas vezes, não comparáveis. Esse trabalho teve como objetivo revisar a literatura buscando identificar as diferentes opções comerciais disponíveis para o monitoramento do BCR-ABL1, além de comparar os resultados de dois destes ensaios com a metodologia de referência. A partir da revisão realizada, identificamos cinco kits comerciais como principais opções disponíveis para monitoramento de BCR-ABL1 na LMC: GeneXpert® BCR-ABL Assay (Cepheid), Ipsogen® BCR-ABL1 Mbcr Fusion Quant Kit (QIAGEN), BCR-ABL1 Quant RUO™ Assay (Asuragen), LightCycler® t(9;22) Quantification Kit (Roche Molecular Biochemicals) e ODK-1201 (Otsuka Pharmaceutical Co. Ltd.). Posteriormente, comparamos os resultados e avaliamos o desempenho dos ensaios GeneXpert® BCR-ABL e do BCR-ABL1 Quant RUO™ com a metodologia de referência a partir de amostras de 60 pacientes com LMC em uso de ITQ. Identificamos uma concordância global ótima, com coeficientes de correlação de 0,97 (GeneXpert® BCR-ABL Assay) e 0,84 (BCR-ABL1 Quant RUO™ Assay). No entanto, na avaliação da concordância relacionada ao alcance ou não de uma Resposta Molecular Maior (RMM), o ensaio BCR-ABL1 Quant RUO™ apresentou melhores resultados, com uma menor discrepância para respostas moleculares profundas. A análise estratificada por subtipos de transcritos de BCR-ABL1 não mostrou diferença de desempenho entre os dois ensaios. A partir das análises comparativas realizadas e respectivas vantagens de cada teste, aliados aos dados obtidos a partir da revisão da literatura, sugere-se que o GeneXpert® BCR-ABL poderia ser utilizado como um teste primário, devido à rapidez do ensaio, enquanto o BCR-ABL1 Quant RUO™, por apresentar resultados associados a uma maior sensibilidade, poderia ser um teste secundário, a fim de confirmar resultados abaixo de uma RMM ou resultados não detectáveis. Fica evidente que a escolha de um ensaio comercial deve atender às necessidades de cada laboratório, mas que, fundamentalmente, esteja alinhada às recomendações internacionais de quantificação. / The use of tyrosine kinase inhibitors (TKIs) has drastically changed the life expectancy of patients with chronic myeloid leukemia (CML) and monitoring the expression of the BCR-ABL1 oncogene has become a key prognostic factor for assessing treatment response. The need to development molecular methodologies that facilitate fast, cheap and sensitive quantification associated with the early detection of low levels of BCR-ABL1 has led to the emergence of several commercial assays for molecular monitoring. However, these kits have variability in their composition, performance and analytical parameters, mainly in relation to the sensitivity, which makes the results often not comparable. This work aimed to review the literature in order to identify the different commercial options available for the monitoring of BCR-ABL1, in addition to comparing the results of two of these tests with the reference methodology. From the review, we identified five commercial kits as the main options available for monitoring BCR-ABL1 in the LMC: GeneXpert® BCR-ABL Assay (Cepheid), Ipsogen® BCR-ABL1 Mbcr Fusion Quant Kit (QIAGEN), BCR-ABL1 Quant RUO™ Assay (Asuragen), LightCycler® t (9; 22) Quantification Kit (Roche Molecular Biochemicals) and ODK-1201 (Otsuka Pharmaceutical Co. Ltd.). Subsequently, we compared the results and evaluated the performance of the GeneXpert® BCR-ABL and BCR-ABL1 Quant RUO™ with reference methodology from samples of 60 patients with CML using TKI. We identified an optimal overall agreement for the two trials, with correlation coefficients of 0.97 and 0.84, respectively. However, in the evaluation of the agreement related to the reach of a Major Molecular Response (MMR), the BCR-ABL1 Quant RUO™ assay presented better results, with a smaller discrepancy for deep molecular responses. Analysis stratified by subtypes of BCR-ABL1 transcripts showed no difference in performance between the two assays. From the comparative analyzes performed and the respective advantages of each test, allied to the data obtained from the literature review, it is suggested that GeneXpert® BCR-ABL assay could be used as a primary test, due to the rapidity of the assay, while the BCR-ABL1 Quant RUO™, for presenting results associated with increased sensitivity, could be a secondary test in order to confirm results below an MMR or undetected results. It is clear that the choice of a commercial assay should meet the needs of each laboratory, but that it is fundamentally in line with international quantification recommendations.
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Avaliação de ensaios comerciais de RT-qPCR para monitoramento de doença residual mínima em pacientes com leucemia mielóide crônica

Carvalho, Franceli Ramos January 2017 (has links)
A utilização de Inibidores da Tirosino Quinase (ITQ) alterou drasticamente a expectativa de vida do paciente com Leucemia Mielóide Crônica (LMC) e o monitoramento da expressão do oncogene BCR-ABL1 tornou-se um fator prognóstico fundamental para avaliação da resposta ao tratamento. Atualmente, a necessidade de desenvolvimento de metodologias moleculares que facilitem a quantificação rápida, barata e sensível, associada à detecção precoce de baixos níveis de BCR-ABL1, tem proporcionado o surgimento de diversos ensaios comerciais para monitoramento molecular. Entretanto, estes kits possuem uma variabilidade na sua composição, execução e parâmetros analíticos, principalmente com relação à sensibilidade, o que torna os resultados, muitas vezes, não comparáveis. Esse trabalho teve como objetivo revisar a literatura buscando identificar as diferentes opções comerciais disponíveis para o monitoramento do BCR-ABL1, além de comparar os resultados de dois destes ensaios com a metodologia de referência. A partir da revisão realizada, identificamos cinco kits comerciais como principais opções disponíveis para monitoramento de BCR-ABL1 na LMC: GeneXpert® BCR-ABL Assay (Cepheid), Ipsogen® BCR-ABL1 Mbcr Fusion Quant Kit (QIAGEN), BCR-ABL1 Quant RUO™ Assay (Asuragen), LightCycler® t(9;22) Quantification Kit (Roche Molecular Biochemicals) e ODK-1201 (Otsuka Pharmaceutical Co. Ltd.). Posteriormente, comparamos os resultados e avaliamos o desempenho dos ensaios GeneXpert® BCR-ABL e do BCR-ABL1 Quant RUO™ com a metodologia de referência a partir de amostras de 60 pacientes com LMC em uso de ITQ. Identificamos uma concordância global ótima, com coeficientes de correlação de 0,97 (GeneXpert® BCR-ABL Assay) e 0,84 (BCR-ABL1 Quant RUO™ Assay). No entanto, na avaliação da concordância relacionada ao alcance ou não de uma Resposta Molecular Maior (RMM), o ensaio BCR-ABL1 Quant RUO™ apresentou melhores resultados, com uma menor discrepância para respostas moleculares profundas. A análise estratificada por subtipos de transcritos de BCR-ABL1 não mostrou diferença de desempenho entre os dois ensaios. A partir das análises comparativas realizadas e respectivas vantagens de cada teste, aliados aos dados obtidos a partir da revisão da literatura, sugere-se que o GeneXpert® BCR-ABL poderia ser utilizado como um teste primário, devido à rapidez do ensaio, enquanto o BCR-ABL1 Quant RUO™, por apresentar resultados associados a uma maior sensibilidade, poderia ser um teste secundário, a fim de confirmar resultados abaixo de uma RMM ou resultados não detectáveis. Fica evidente que a escolha de um ensaio comercial deve atender às necessidades de cada laboratório, mas que, fundamentalmente, esteja alinhada às recomendações internacionais de quantificação. / The use of tyrosine kinase inhibitors (TKIs) has drastically changed the life expectancy of patients with chronic myeloid leukemia (CML) and monitoring the expression of the BCR-ABL1 oncogene has become a key prognostic factor for assessing treatment response. The need to development molecular methodologies that facilitate fast, cheap and sensitive quantification associated with the early detection of low levels of BCR-ABL1 has led to the emergence of several commercial assays for molecular monitoring. However, these kits have variability in their composition, performance and analytical parameters, mainly in relation to the sensitivity, which makes the results often not comparable. This work aimed to review the literature in order to identify the different commercial options available for the monitoring of BCR-ABL1, in addition to comparing the results of two of these tests with the reference methodology. From the review, we identified five commercial kits as the main options available for monitoring BCR-ABL1 in the LMC: GeneXpert® BCR-ABL Assay (Cepheid), Ipsogen® BCR-ABL1 Mbcr Fusion Quant Kit (QIAGEN), BCR-ABL1 Quant RUO™ Assay (Asuragen), LightCycler® t (9; 22) Quantification Kit (Roche Molecular Biochemicals) and ODK-1201 (Otsuka Pharmaceutical Co. Ltd.). Subsequently, we compared the results and evaluated the performance of the GeneXpert® BCR-ABL and BCR-ABL1 Quant RUO™ with reference methodology from samples of 60 patients with CML using TKI. We identified an optimal overall agreement for the two trials, with correlation coefficients of 0.97 and 0.84, respectively. However, in the evaluation of the agreement related to the reach of a Major Molecular Response (MMR), the BCR-ABL1 Quant RUO™ assay presented better results, with a smaller discrepancy for deep molecular responses. Analysis stratified by subtypes of BCR-ABL1 transcripts showed no difference in performance between the two assays. From the comparative analyzes performed and the respective advantages of each test, allied to the data obtained from the literature review, it is suggested that GeneXpert® BCR-ABL assay could be used as a primary test, due to the rapidity of the assay, while the BCR-ABL1 Quant RUO™, for presenting results associated with increased sensitivity, could be a secondary test in order to confirm results below an MMR or undetected results. It is clear that the choice of a commercial assay should meet the needs of each laboratory, but that it is fundamentally in line with international quantification recommendations.
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Avaliação de ensaios comerciais de RT-qPCR para monitoramento de doença residual mínima em pacientes com leucemia mielóide crônica

Carvalho, Franceli Ramos January 2017 (has links)
A utilização de Inibidores da Tirosino Quinase (ITQ) alterou drasticamente a expectativa de vida do paciente com Leucemia Mielóide Crônica (LMC) e o monitoramento da expressão do oncogene BCR-ABL1 tornou-se um fator prognóstico fundamental para avaliação da resposta ao tratamento. Atualmente, a necessidade de desenvolvimento de metodologias moleculares que facilitem a quantificação rápida, barata e sensível, associada à detecção precoce de baixos níveis de BCR-ABL1, tem proporcionado o surgimento de diversos ensaios comerciais para monitoramento molecular. Entretanto, estes kits possuem uma variabilidade na sua composição, execução e parâmetros analíticos, principalmente com relação à sensibilidade, o que torna os resultados, muitas vezes, não comparáveis. Esse trabalho teve como objetivo revisar a literatura buscando identificar as diferentes opções comerciais disponíveis para o monitoramento do BCR-ABL1, além de comparar os resultados de dois destes ensaios com a metodologia de referência. A partir da revisão realizada, identificamos cinco kits comerciais como principais opções disponíveis para monitoramento de BCR-ABL1 na LMC: GeneXpert® BCR-ABL Assay (Cepheid), Ipsogen® BCR-ABL1 Mbcr Fusion Quant Kit (QIAGEN), BCR-ABL1 Quant RUO™ Assay (Asuragen), LightCycler® t(9;22) Quantification Kit (Roche Molecular Biochemicals) e ODK-1201 (Otsuka Pharmaceutical Co. Ltd.). Posteriormente, comparamos os resultados e avaliamos o desempenho dos ensaios GeneXpert® BCR-ABL e do BCR-ABL1 Quant RUO™ com a metodologia de referência a partir de amostras de 60 pacientes com LMC em uso de ITQ. Identificamos uma concordância global ótima, com coeficientes de correlação de 0,97 (GeneXpert® BCR-ABL Assay) e 0,84 (BCR-ABL1 Quant RUO™ Assay). No entanto, na avaliação da concordância relacionada ao alcance ou não de uma Resposta Molecular Maior (RMM), o ensaio BCR-ABL1 Quant RUO™ apresentou melhores resultados, com uma menor discrepância para respostas moleculares profundas. A análise estratificada por subtipos de transcritos de BCR-ABL1 não mostrou diferença de desempenho entre os dois ensaios. A partir das análises comparativas realizadas e respectivas vantagens de cada teste, aliados aos dados obtidos a partir da revisão da literatura, sugere-se que o GeneXpert® BCR-ABL poderia ser utilizado como um teste primário, devido à rapidez do ensaio, enquanto o BCR-ABL1 Quant RUO™, por apresentar resultados associados a uma maior sensibilidade, poderia ser um teste secundário, a fim de confirmar resultados abaixo de uma RMM ou resultados não detectáveis. Fica evidente que a escolha de um ensaio comercial deve atender às necessidades de cada laboratório, mas que, fundamentalmente, esteja alinhada às recomendações internacionais de quantificação. / The use of tyrosine kinase inhibitors (TKIs) has drastically changed the life expectancy of patients with chronic myeloid leukemia (CML) and monitoring the expression of the BCR-ABL1 oncogene has become a key prognostic factor for assessing treatment response. The need to development molecular methodologies that facilitate fast, cheap and sensitive quantification associated with the early detection of low levels of BCR-ABL1 has led to the emergence of several commercial assays for molecular monitoring. However, these kits have variability in their composition, performance and analytical parameters, mainly in relation to the sensitivity, which makes the results often not comparable. This work aimed to review the literature in order to identify the different commercial options available for the monitoring of BCR-ABL1, in addition to comparing the results of two of these tests with the reference methodology. From the review, we identified five commercial kits as the main options available for monitoring BCR-ABL1 in the LMC: GeneXpert® BCR-ABL Assay (Cepheid), Ipsogen® BCR-ABL1 Mbcr Fusion Quant Kit (QIAGEN), BCR-ABL1 Quant RUO™ Assay (Asuragen), LightCycler® t (9; 22) Quantification Kit (Roche Molecular Biochemicals) and ODK-1201 (Otsuka Pharmaceutical Co. Ltd.). Subsequently, we compared the results and evaluated the performance of the GeneXpert® BCR-ABL and BCR-ABL1 Quant RUO™ with reference methodology from samples of 60 patients with CML using TKI. We identified an optimal overall agreement for the two trials, with correlation coefficients of 0.97 and 0.84, respectively. However, in the evaluation of the agreement related to the reach of a Major Molecular Response (MMR), the BCR-ABL1 Quant RUO™ assay presented better results, with a smaller discrepancy for deep molecular responses. Analysis stratified by subtypes of BCR-ABL1 transcripts showed no difference in performance between the two assays. From the comparative analyzes performed and the respective advantages of each test, allied to the data obtained from the literature review, it is suggested that GeneXpert® BCR-ABL assay could be used as a primary test, due to the rapidity of the assay, while the BCR-ABL1 Quant RUO™, for presenting results associated with increased sensitivity, could be a secondary test in order to confirm results below an MMR or undetected results. It is clear that the choice of a commercial assay should meet the needs of each laboratory, but that it is fundamentally in line with international quantification recommendations.
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Comparação de kits comerciais na dosagem de constituintes bioquímicos do sangue em eqüinos hígidos / Kits comparison commercial in the consituents blood biochemical dosage in healthy horses

Cardoso, Carlos Antônio 17 January 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:46:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 461703 bytes, checksum: edfb3d957629c3e3379937e73bbefa54 (MD5) Previous issue date: 2008-01-17 / Commercial kits of Bioclin® Company, Katal®, In Vitro- Human® and Labtest® were used to measure the biochemical constituents and to verify their influence on the values of the biochemical parameters average on 30 mangalarga marchador horses, of both sex, adults and healthy. For every clinic biochemical parameter, it was used three different techniques, each one of them represented by one commercial kit. For each electrolyte it was performed dosages through two different methodologies, flame photometry and selective electrode ion. For the marking protein of acute phase, the C reactive protein was chosen, since it is the most used for human medicine and for its dosage, three different methodologies were chosen: nephelometry, immunoturbodimetry and agglutination on latex. The kits used for these dosages are the same used for the routine dosages on clinic biochemical laboratories, electrolytes and protein of acute phase. It was determined the glucose (GLI) values, total protein (PPT), albumin (ALB), C reactive protein (PCR), total bilirubin (BT), urea (UR), creatinine (CREAT) , alkaline phosphatase (AFL), creation fosfocinase (CK), Y-glutamil transferase (GGT), aspartato aminotransferase (AST), sodium (Na+), potassium (K+), Clorets (CI-), total magnesium (Mg+2) and total calcium (tCa).There was no significant difference on albumin, urea, creatinine, glucose, aspartato aminotransferase, total bilirubin, potassium and sodium, there not having, therefore, restrictions for the use on auxiliary diagnostic on veterinarian medicine of anyone of the analyzed kits. On total protein dosages, the Katal® kit presented mean value of 7.72 mg/dl, higher than the mean values of Bioclin® and In Vitro-Human®. The alkaline phosphatase as measured through the kit of In Vitro-Human®, presented significant difference having mean value of 370.41U/L higher than mean values of Bioclin® and Katal®. For the creatino fosfo cinase, the kit of Katal® presented significant difference having mean value of 355.10 U/L, higher than the mean values of Bioclin® and Labtest®. The glutamil gamma transpherase enzyme, quantified by the kit of Katal®, got values of 23.80U/L, presented significant difference, having mean value higher than the mean values of Bioclin® and In Vitro-Human®. The Clorets ion presented the mean value of 94.20mEq/L, for the Labtest® Kit, considerably lower than the Bioclin® and In Vitro-Human® values. The total Calcium presented difference among the three kits used. The higher of them 11.66mg/dL, the one obtained with the In Vitro-Human® kit, 10.95mg/dL the one obtained with the Labtest® kit. Therefore, the Katal® kits for total protein and gamma glutamil transferase, from Labtest®, for clorets from In Vitro-Human®, for alkaline phosphatase and C reactive protein in latex from Bioclin®, must be used with caution when used as auxiliary diagnoses on horses. / Kits comerciais das empresas Bioclin®, Katal®, In Vitro- Human® e Labtest® foram utilizados para a mensuração de constituintes bioquímicos e para verificar a influência dos mesmos sobre os valores de média dos parâmetros bioquímicos em 30 eqüinos Mangalarga Marchador, de ambos os sexos, adultos e hígidos. Para cada parâmetro de bioquímica clínica foram utilizados três diferentes técnicas, cada uma delas representada por um kit comercial. Para cada eletrólito foram realizadas as dosagens através de duas metodologias distintas fotometria de chama e Íon eletrodo seletivo. Para as proteínas marcadoras de fase aguda, a proteína c reativa foi escolhida, por ser a mais utilizada em medicina humana, e para sua dosagem três metodologias diferentes foram escolhidas nefelometria, imunoturbidimetria e aglutinação em látex. Os kits utilizados nestas dosagens são os mesmos utilizados nas dosagens de rotina nos laboratórios para bioquímica clínica, eletrólitos e proteínas de fase aguda. Foram determinados os valores de glicose (GLI), proteínas totais (PPT), albumina (ALB), proteína c reativa (PCR), bilirrubina total (BT), uréia (UR), creatinina (CREAT), fosfatase alcalina (AFL), creatino fosfo cinase (CK), Y-glutamil transferase (GGT), aspartato amino transferase (AST), sódio (Na+), potássio (K+), cloretos (Cl-) magnésio total (Mg+2) e cálcio total (tCa). Não houve diferença significativa para os valores de albumina, uréia, creatinina, glicose, aspartato aminotransferase, bilirrubina total, potássio e sódio, não existindo, portanto, restrições para utilização no auxilio diagnóstico em medicina veterinária de qualquer um dos kits avaliados. Nas dosagens de proteínas totais, o kit da Katal® apresentou valor de média de 7,72mg/dL superior aos valores de média de Bioclin® e de In Vitro-Human®. A fosfatase alcalina quando mensurada através do kit da In Vitro- Human®, apresentou diferença significativa, com valor de média de 370,41U/L, superior aos valores de média de Bioclin® e Katal®. Para a Creatino fosfocinase o kit da Katal®, apresentou diferença significativa com valor de média de 355,10U/L, maior que os valores de média de Bioclin® e Labtest®. A enzima gamma glutamil transferase quantificada pelo kit da Katal® obteve valor de 23,80U/L, apresentou diferença significativa, com valor de média superior aos valores de média de Bioclin® e In Vitro-Human®. O íon cloreto apresentou o valor de média de 94,20mEq/L, para o kit da Labtest®, significativamente menor do que os valores de Bioclin® e In Vitro-Human®. O cálcio total apresentou diferença entre os três kits utilizados sendo o maior deles 11,66mg/dL o obtido com o kit da In Vitro-Human®, de 10,95mg/dL da Bioclin® e de 9,88mg/dL obtido com o kit de Labtest®. Portanto, os kits da Katal® para proteínas totais e gamma glutamil transferase, da Labtest® para cloretos, da In Vitro-Human® para fosfatase alcalina e de proteína c reativa em látex da Bioclin®, devem ser utilizados com cautela quando forem utilizados para o auxílio diagnóstico para equinos.

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