Le Piranha noir (Serrasalmus rhombeus), dont le statut taxonomique est encore débattu, prospère en Amazonie dans un gradient de conditions physico-chimiques très contrastées (nutriments, ions, pH, productivité, oxygène). Ces conditions imposent des contraintes importantes en termes d'ionorégulation et de récentes études suggèrent que le microbiote branchial jouerait un rôle non négligeable dans le maintien de l'osmolarité interne des Téléostéens. Cependant, les connaissances sur les populations du Piranha noir sont fragmentaires et les facteurs influençant la structure du microbiote branchial des poissons téléostéens sont encore peu compris. Ainsi, les objectifs de ce projet sont (1) d'étudier la diversité génétique et identifier les groupes génétiques distincts de S. rhombeus en Amazonie centrale, correspondant potentiellement à des espèces cryptiques, (2) identifier les facteurs influençant la divergence génétique (paramètres géographiques et écologiques), et (3) comprendre la contribution relative de l'environnement (paramètres physico-chimiques de l'eau et bactérioplanctons) et du génotype de l'hôte sur la structure du microbiote branchial de l'espèce. Dans ce but, nous avons utilisé une approche de Génotypage-par-Séquençage pour l'étude du génotype de S. rhombeus et une approche de code-barre moléculaire avec le gène de l'ARNr 16s pour la caractérisation de la distribution taxonomique de l'activité de son microbiote branchial. Les résultats montrent une diversité génétique basse ainsi qu'une importante différentiation génétique entre les sites, accompagnée d'une structuration populationnelle complexe, qui serait modulée par des facteurs historiques plutôt que contemporains. De plus, nos résultats suggèrent que l'un des groupes étudiés serait une espèce cryptique putative. Les groupes génétiques vivant en sympatrie, alors exposés aux mêmes paramètres physico-chimiques, ont montré un effet significatif du génotype de l'hôte sur la structure du microbiote branchial, avec cependant un effet plus important de l'environnement. / The Black Piranha (Serrasalmus rhombeus), whose taxonomic status is still debated, thrivesin the Amazon under a gradient of highly contrasting physico-chemical conditions (nutrients,ions, pH, productivity, oxygen). These conditions impose significant constraints in terms ofion regulation, and recent studies suggest that the gill microbiota plays a notable role inmaintaining the internal osmolarity of teleost fish. However, knowledge about Black Piranhapopulations is fragmented, and the factors influencing the structure of the gill microbiota inteleost fish are still poorly understood. Thus, the objectives of this project are (1) to studythe genetic diversity and identify the different genetic groups of S. rhombeus in centralAmazonia, potentially corresponding to cryptic species, (2) to identify the factors influencinggenetic divergence, and (3) to understand the relative contribution of the environment(physico-chemical parameters of the water and bacterioplankton) and the host genotype onthe structure of the gill microbiota of the species. To this end, we used a Genotyping-By-Sequencing approach for S. rhombeus' genotype study and a metabarcoding approach withthe 16s rRNA gene for the characterization of S. rhombeus' taxonomic distribution of gillmicrobiota activity. The results show low genetic diversity and significant geneticdifferentiation between sites, accompanied by complex population structuring, which is likelymodulated by historical rather than contemporary factors. Additionally, our results suggestthat one of the studied groups might be a putative cryptic species. Genetic groups living insympatry, thus exposed to the same physico-chemical parameters, showed a significanteffect of the host genotype on the structure of the gill microbiota, although the effect ofenvironment was more substantial.