El presente estudio analizó la relación del capital intelectual y desempeño organizacional con el rol mediador de la motivación intrínseca en instituciones de educación superior. Se realizó un estudio empírico usando una muestra de 815 empleados de universidades públicas y privadas del Ecuador. Los datos se obtuvieron de un instrumento adaptado de la investigación anterior administrado a personal docente y administrativo en puestos de dirección. Para el análisis entre variables, dirección y magnitud se manejó un modelo de ecuaciones estructurales (MES). Los resultados revelaron una correlación importante entre variables, con una mediación parcial de la motivación intrínseca. Las diferencias fueron no significativas en el efecto del capital intelectual entre universidades públicas y privadas. Los gerentes que buscan mejorar el desempeño de sus organizaciones utilizando su capital intelectual pueden beneficiarse de la motivación intrínseca de sus empleados. Esta investigación muestra la motivación intrínseca como mediadora entre el capital intelectual y el desempeño organizacional, pero también analiza sus relaciones con base en la Teoría de la Autodeterminación. / The present study analyzed the relationship between intellectual capital and organizational performance with the mediating role of intrinsic motivation in higher education institutions. An empirical study was carried out using a sample of 815 employees from public and private universities in Ecuador. Data were obtained from an instrument adapted from previous research administered to teaching and administrative staff in management positions. For the analysis between variables, direction and magnitude, a structural equation model (SEM) was used. The results revealed an important correlation between variables, with partial mediation by intrinsic motivation. The differences were not significant in the effect of intellectual capital between public and private universities. Managers seeking to improve their organizations' performance using their intellectual capital can benefit from their employees' intrinsic motivation. This research shows intrinsic motivation as a mediator between intellectual capital and organizational performance, but also analyzes their relationships based on the Self- Determination Theory.