Contexte : La mauvaise qualité et la faible utilisation des services de santé contribuent aux taux élevés de morbidité et de mortalité dans plusieurs pays à faible et à moyen revenu. Face à cette situation, le gouvernement du Burkina Faso a testé une intervention novatrice qui combine le financement basé sur la performance (FBP) à des mesures d'équité en santé. Les formations sanitaires ont reçu des prix unitaires pour des services de santé fournis ainsi que des bonus conditionnels à la qualité des soins. Des comités communautaires ont sélectionné les indigents pour leur octroyer des exemptions de paiements des soins. Malgré le peu d’études sur le sujet, des acteurs en santé mondiale craignent que l’intervention puisse avoir des conséquences non intentionnelles importantes. Objectif : Cette thèse vise à accroître les connaissances scientifiques sur les conséquences non intentionnelles du FBP combiné à des mesures d'équité en santé dans un environnement à faible revenu. Méthodes : Nous avons développé un cadre conceptuel basé sur la théorie de la diffusion des innovations. Une étude de cas multiples a été réalisée avec neuf formations sanitaires au Burkina Faso. Cinq mois sur le terrain ont permis d’effectuer 104 entrevues semi-structurées, 266 séances d'observation et des conversations informelles avec un large éventail d'acteurs incluant les prestataires de soins, les patients et les vérificateurs. Les données qualitatives ont été codées avec QDA miner pour faciliter l’analyse thématique. Nous avons également utilisé des données quantitatives du système de gestion pour décrire l'évolution des services et trianguler les résultats. Résultats : La nature et la mise en œuvre de l'intervention ont interagi avec le système social et les caractéristiques de ses membres pour engendrer des conséquences non intentionnelles importantes, dont la plupart étaient indésirables. Les prestataires de soins ont démontré une fixation sur les mesures de rendement, ont falsifié les registres médicaux et ont enseigné de mauvaises pratiques aux stagiaires pour augmenter leurs subsides et bonus. Comme conséquence non intentionnelle désirable, certaines formations sanitaires ont limité la vente de médicaments sans prescriptions pour encourager les consultations. Les vérifications communautaires, durant lesquelles les patients sont retrouvés pour vérifier les services déclarés, ont entraîné la falsification des données de vérification, la perte de la confidentialité des patients et certaines craintes chez les patients, bien que certains étaient heureux de partager leurs opinions. Enfin, les prestataires de soins ont limité les services offerts gratuitement aux indigents, ce qui a déclenché des conflits. Discussion : Cette thèse contribue au développement des connaissances scientifiques sur la façon dont le FBP, combiné à des mesures d'équité, peut engendrer des conséquences non intentionnelles. Les résultats sont utiles pour affiner ce type d’intervention et éclairer une mise en œuvre efficace dans le secteur du financement de la santé. Plus largement, cette thèse démontre la faisabilité et la valeur ajoutée d'utiliser un cadre conceptuel pour étudier les conséquences non intentionnelles. Elle pourra guider les chercheurs à élargir leur angle d’analyse afin de rendre compte des conséquences intentionnelles et non intentionnelles des interventions complexes en santé. / Background: Poor quality and low utilization of healthcare services contribute to high levels of morbidity and mortality in many low- and middle-income countries (LMICs). In response, the government of Burkina Faso tested an innovative intervention that combines performance-based financing (PBF) with health equity measures. Healthcare facilities received unit fees for targeted services and bonuses conditional upon the quality of care. To reduce inequities in access to care, community-based committees selected indigents, i.e., the poorest segment of the population, to offer them user fee exemptions. Facilities were also paid more for services delivered to indigents. Despite the potential of this type of intervention, many global health actors argue that it could lead to important unintended consequences that influence its overall impact. Yet, little attention has been given to studying the unintended consequences of this complex intervention. Objective: This thesis aims to increase the scientific knowledge on the unintended consequences of PBF combined with health equity measures in a low-income setting. Methods: We developed a conceptual framework based on the diffusion of innovations theory. Using a multiple case study design, we selected nine healthcare facilities in Burkina Faso. Over five months of fieldwork, we collected multiple sources of qualitative data including 104 semi-structured interviews, 266 recorded observation sessions, informal conversations and documentation. Participants included a wide range of stakeholders, such as providers, patients, and PBF verifiers. Data were coded using QDA miner to conduct a thematic analysis. We also used secondary data from the PBF routine management system to describe the evolution of services and triangulate results. Results: Interactions between the nature and implementation of the intervention, the nature of the social system, and its members’ characteristics led to important unintended consequences, most of which were undesirable. Providers were fixated on performance measures rather than on underlying objectives, falsified medical registers, and taught trainees improper practices to increase subsidies and bonuses. As a desirable unintended consequence, we found that some facilities limited the sale of non-prescribed medication to encourage patients to consult. Community verifications, in which patients are traced to verify the authenticity of reported services and patient satisfaction, also led to unintended consequences, such as the falsification of verification data, the loss of patient confidentiality, and fears among patients, although some were pleased to share their views. Lastly, health equity measures also triggered changes that were not intended by program planners. For example, providers limited the free services and medication delivered to indigents, which led to conflicts between parties. Discussion: This thesis contributes to the development of scientific knowledge on how PBF interventions, combined with equity measures, can trigger unintended consequences in a low-income setting. The results are useful to inform effective implementation and refine interventions, particularly in the health financing sector. More broadly, this thesis demonstrates the feasibility and added value of using a conceptual framework to study the unintended consequences of complex health interventions. This thesis can inspire and guide future researchers to broaden their analytical horizons to capture both intended and unintended consequences of health interventions.