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Host contact structure is important for the recurrence of influenza AJaramillo, Juan M. 08 January 2018 (has links)
An important characteristic of influenza A is its ability to escape host immunity through antigenic drift. A novel influenza A strain that causes a pandemic confers full immunity to infected individuals, yet because of antigenic drift, these individuals have decreased immunity to drifted strains. We compute the required decrease in immunity so that a recurrence is possible. Models for influenza A must make assumptions on the host contact structure on which the disease spreads. By computing the reproduction number, we show that the classical random mixing assumption predicts an unrealistically large decrease of immunity before a recurrence is possible. We improve over the classical random mixing assumption by incorporating a contact network structure. A complication of contact networks is correlations induced by the initial pandemic. Thus, we provide a novel analytic derivation of such correlations and show that contact networks may require a dramatically smaller drop in immunity before recurrence. Hence, the key new insight is that on contact networks the establishment of a new strain is possible for much higher immunity levels of previously infected individuals than predicted by the commonly used random mixing assumption. This suggests that stable contacts like classmates, coworkers and family members are a crucial path for the spread of influenza in human population. / Graduate
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On some constructions of contact manifolds / Sur quelques constructions de variétés de contactGironella, Fabio 13 July 2018 (has links)
Cette thèse est subdivisée en deux parties.La première partie porte sur l’étude de la topologie de l’espace des contactomorphismes pour quelques exemples explicites de variétés de contact en grandes dimensions. Plus précisément, en utilisant des constructions et résultats dus à Massot, Niederkrüger et Wendl, on construit, en chaque dimension impaire, une infinité d’exemples de contactomorphismes de variétés de contact vrillées fermées qui sont lissement isotopes mais pas contact-isotopes à l’identité. On donne aussi,en toutes dimensions impaires, des exemples de variétés de contact tendues fermées qui admettent un contactomorphisme tel que tous ses itérées sont lissement isotopes mais pas contacto-isotopes à l’identité ; ceci généralise un résultat en dimension 3 dû à Ding et Geiges.Dans la deuxième partie, on construit des exemples de variétés de contact fermées en grandes dimensions avec des propriétés particulières. Ceci nous amène à l’existence de structures tendues virtuellement vrillées en toutes dimensions impaires, et au fait que chaque variété de contact fermée de dimension 3 se plonge dans une variété de contact tendue fermée de dimension 5 avec fibré normal trivial. Pour cela, on utilise des constructions dues à Bourgeois (sur des produits avec des tores) et à Geiges (sur des revêtements ramifiés). On passe de ces constructions à des définitions ;ceci permet de prouver un résultat d’unicité dans le cas des revêtements ramifiés de contact, et d’étudier leurs propriétés globales, en montrant qu’elles ne dépendent d’aucun choix auxiliaire fait dans les procédures. Un deuxième but permis par ces définitions est l’étude des relations entre ces constructions et les notions de livre ouvert porteur, due à Giroux, et de fibré de contact, due à Lerman. Par exemple, on donne une définition de structure de contact de Bourgeois qui est locale,inclue (strictement) les résultats de la construction de Bourgeois et permet de récupérer une classe d’isotopie de livres ouverts porteurs sur les fibres ; ceci suit d’une réinterprétation, inspirée par une idée de Giroux, des livres ouverts porteurs en termes de paires de champs de vecteurs de contact. / This thesis is divided in two parts.The first part focuses on the study of the topology of the contactomorphism group of some explicit high dimensional contact manifolds. More precisely, using constructions and results by Massot, Niederkrüger and Wendl, we construct (infinitely many) examples in all dimensions of contactomor-phisms of closed overtwisted contact manifolds that are smoothly isotopic but not contact-isotopicto the identity. We also give examples of tight high dimensional contact manifolds admitting a contactomorphism whose powers are all smoothly isotopic but not contact-isotopic to the identity ;this is a generalization of a result in dimension 3 by Ding and Geiges.In the second part, we construct examples of higher dimensional contact manifolds with specific properties. This leads us to the existence of tight virtually overtwisted closed contact manifolds in all dimensions and to the fact that every closed contact 3-manifold embeds with trivial nor-mal bundle inside a tight closed contact 5-manifold. This uses known construction procedures byBourgeois (on products with tori) and Geiges (on branched covering spaces). We pass from these procedures to definitions ; this allows to prove a uniqueness statement in the case of contact branched coverings, and to study the global properties (such as tightness and fillability) of the results of both constructions without relying on any auxiliary choice in the procedures. A second goal allowed by these definitions is to study relations between these constructions and the notions of supporting open book, due to Giroux, and of contact fiber bundle, due to Lerman. For instance,we give a definition of Bourgeois contact structures on flat contact fiber bundles which is local,(strictly) includes the results of Bourgeois’ construction, and allows to recover an isotopy class of supporting open books on the fibers. This last point relies on a reinterpretation, inspired by anidea by Giroux, of supporting open books in terms of pairs of contact vector fields.
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Surfaces des espaces homogènes de dimension 3 / Surfaces in 3-dimensional homogeneous spacesCartier, Sébastien 15 September 2011 (has links)
Ce mémoire porte sur l'étude des surfaces minimales et de courbure moyenne constante dans les espaces homogènes de dimension 3. Nous établissons les formules de Sym-Bobenko pour les surfaces de courbure moyenne constante 1/2 de H^2xR et minimales du groupe de Heisenberg, et donnons des exemples de construction de telles immersions par la méthode DPW. Nous montrons également que des propriétés de symétrie passent aux correspondances de type surfaces sœurs et cousines, ce qui entraîne l'existence de graphes entiers de courbure moyenne constante 1/2 à bout vertical dans H^2xR qui ne sont pas de révolution. Nous reprenons ensuite l'étude des bouts verticaux d'immersions de courbure moyenne constante 1/2 dans H^2xR. Nous munissons une famille de graphes entiers d'une structure de variété lisse et en déduisons un analogue pour H^2xR d'un théorème de A. E. Treibergs pour l'espace de Minkowski. Nous nous intéressons également aux déformations des anneaux de révolution. Une conséquence directe est l'existence d'anneaux immergés qui ne sont pas de révolution. Nous construisons notamment des anneaux dont les bouts n'ont pas le même axe. Enfin, nous décrivons les invariants de Nœther correspondant aux isométries des espaces homogènes pour les surfaces minimales et de courbure moyenne constante. Nous utilisons le formalisme de la géométrie de contact qui permet l'écriture de formules explicites en toute généralité, et nous étudions l'évolution des formes de Nœther sous l'action des isométries des espaces homogènes. Nous calculons ces invariants dans le cas des anneaux déformés de H^2xR, et dans celui des anneaux horizontaux du groupe de Heisenberg / The present dissertation deals with the study of minimal and constant mean curvature surfaces in 3-dimensional homogeneous spaces. In a first part, we establish Sym-Bobenko formulæ for constant mean curvature 1/2 surfaces in H^2xR and minimal surfaces in the Heisenberg group, and give examples of construction of such immersions using the DPW method. We also show that certain symmetry properties are shared by sister or cousin surfaces, which implies the existence non rotational entire graphs of constant mean curvature 1/2 in H^2xR with a vertical end.In a second part, we treat in more details the study of vertical ends of constant mean curvature 1/2 immersions in H^2xR. We endow a particular family entire graphs with a structure of smooth manifold and deduce an analogue in H^2xR to a theorem by A. E. Treibergs in the Minkowski space. We are also interested in deforming rotational annuli. A direct consequence is the existence of immersed non rotational annuli, and in particular we construct annuli with ends that do not have the same axis. Finally, we describe the Nœther invariants corresponding to isometries of the ambient homogeneous space for minimal and constant mean curvature surfaces. To do so, we use the formalism of contact geometry which allows general and explicit formulæ. We then study the evolution of Nœther form under the action of isometries in homogeneous spaces. We compute these invariants in the case of deformed annuli in H^2xR, and in the case of horizontal annuli in Heisenberg group
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