En Méditerranée, les zones rocheuses photophiles sont principalement peuplées par des espèces du genre Cystoseira C. Agardh. Ces espèces, ingénieures d’écosystèmes, forment des forêts qui structurent l’habitat benthique des étages infralittoral et circalittoral. Ces espèces (sauf C. compressa) sont protégées par les conventions de Berne depuis 1979 et de Barcelone (1992). Pourtant aucun plan de conservation n’a encore été mis en place. L’objectif de cette thèse était de i) connaître la répartition de ces espèces le long des littoraux PACA et Corse, ii) comprendre les capacités de résilience de C. amentacea var. stricta, iii) comprendre la diversité et la structure génétique des populations de C. amentacea. L’étude de la répartition des espèces a mis en évidence l’abondance de C. amentacea et la forte régression des espèces de petits fonds i.e. C. barbata, C. crinita et C. foeniculacea f. tenuiramosa. L’étude de résilience a montré que C. amentacea est capable de recoloniser son milieu après une perturbation aiguë. Cette recolonisation suit le modèle de facilitation Enfin l’étude de génétique des populations a mis en évidence une forte structuration inter et intra-populations ainsi qu’une forte consanguinité au sein de ces populations. L’absence d’IBD sur l’ensemble de l’échantillonnage révèle la possibilité de dispersion sur de longues distances. Ces résultats n’ont pas permis de développer un plan de gestion pour ces espèces. Cependant, ils ont apporté un certain nombre de connaissances supplémentaires sur l’écologie des espèces, ils ont amorcé le travail de génétique des populations pour le genre Cystoseira et surtout ils ont permis d’identifier les axes de recherches à développer en priorité dans les futures études. Cette thèse confirme la nécessité d’une approche pluridisciplinaire en biologie de la conservation. / In the Mediterranean Sea, rocky shores are mainly inhabited by Cystoseira species. These canopy forming algae are engineers of the ecosystem. All species except for C. compressa, are protected by two international conventions, Berne (1979) and Barcelona (1992). Despite their protected status, no management plans have been developed yet. This work focused on 4 species: C. amentacea var. stricta, C. barbata, C. crinita and C. foeniculacea f. tenuiramosa. The aim of the thesis was to i) gather information about the distribution of these species and highlight the main threats and source of their disappearance along PACA and Corsican coasts, ii) Understand the resilience capacities of C. amentacea after a partial destruction of its habitat and iii) understand the diversity and the genetic structure of populations of C. amentacea along PACA and Corsican shores. The distribution of C. amentacea appears to be still important. On the contrary, the situation is more critical for species of shallow waters like C. barbata, C. crinita and C. foeniculacea f. tenuiramosa. C. amentacea showed good capacity of resilience after the perturbation. The recolonization follows the facilitation model. Finally the genetic study highlights a strong genetic structure within and among populations of C. amentacea. The within populations structure might be due to high inbreeding. No IBD was revealed among the all dataset which means that long distance dispersal might be possible for C. amentacea. The results obtained here were not sufficient to elaborate a management plan for Cystoseira species. But they completed the ecological knowledge we have on them, they brought the first large scale genetic results and they identified on what future studies must focused on.This thesis confirms the necessity to adopt a multidisciplinary approach in conservation biology.

En Méditerranée, les zones rocheuses photophiles sont principalement peuplées par des espèces du genre Cystoseira C. Agardh. Ces espèces, ingénieures d'écosystèmes, forment des forêts qui structurent l'habitat benthique des étages infralittoral et circalittoral. Ces espèces (sauf C. compressa) sont protégées par les conventions de Berne depuis 1979 et de Barcelone (1992). Pourtant aucun plan de conservation n'a encore été mis en place. L'objectif de cette thèse était de i) connaître la répartition de ces espèces le long des littoraux PACA et Corse, ii) comprendre les capacités de résilience de C. amentacea var. stricta, iii) comprendre la diversité et la structure génétique des populations de C. amentacea. L'étude de la répartition des espèces a mis en évidence l'abondance de C. amentacea et la forte régression des espèces de petits fonds i.e. C. barbata, C. crinita et C. foeniculacea f. tenuiramosa. L'étude de résilience a montré que C. amentacea est capable de recoloniser son milieu après une perturbation aiguë. Cette recolonisation suit le modèle de facilitation Enfin l'étude de génétique des populations a mis en évidence une forte structuration inter et intra-populations ainsi qu'une forte consanguinité au sein de ces populations. L'absence d'IBD sur l'ensemble de l'échantillonnage révèle la possibilité de dispersion sur de longues distances. Ces résultats n'ont pas permis de développer un plan de gestion pour ces espèces. Cependant, ils ont apporté un certain nombre de connaissances supplémentaires sur l'écologie des espèces, ils ont amorcé le travail de génétique des populations pour le genre Cystoseira et surtout ils ont permis d'identifier les axes de recherches à développer en priorité dans les futures études. Cette thèse confirme la nécessité d'une approche pluridisciplinaire en biologie de la conservation.