La surveillance des maladies abortives chez les bovins actuellement absentes du territoire (dites maladies exotiques), parmi lesquelles figure la brucellose, constitue un cas emblématique de système de surveillance à faire évoluer. Cette surveillance n'est réellement organisée que pour la brucellose. Pour cette maladie, la surveillance évènementielle basée sur la déclaration obligatoire de tout avortement (DA) constitue la pierre angulaire de la surveillance, mais souffre de l'avis de l'ensemble des acteurs, d'une forte sous-déclaration, sans que cela ait été évalué. Dans le cadre de cette thèse, l'évaluation approfondie du dispositif de DA a permis de quantifier la faible sensibilité de ce dispositif et d'identifier l'influence de différents facteurs, structurels, humains et sanitaires, sur le processus de déclaration. En parallèle, des données démographiques et de reproduction, collectées respectivement à des fins de traçabilité des animaux et d'amélioration des performances génétiques, ont été utilisées pour élaborer des indicateurs indirects de survenue d'avortements. La modélisation des variations temporelles et spatio-temporelles de ces indicateurs a souligné la capacité d'outils de surveillance syndromique à identifier la survenue d'évènements abortifs à l'échelle individuelle et des élevages. Au vu de ces travaux, l'amélioration de la surveillance des maladies exotiques abortives passe par le renforcement du dispositif de DA et le développement d'outils de surveillance syndromique. Plus globalement, dans un contexte où les risques d'apparition de maladies exotiques ou émergentes et les formes épidémio-cliniques qu'elles revêtiraient sont très difficilement prévisibles, il apparaît nécessaire de revisiter la surveillance des maladies exotiques et émergentes en définissant des systèmes de surveillance intégrée, déclinés par filière de production, associant différentes modalités de surveillance. De tels systèmes, en couvrant des maladies connues ou non, présentes sous forme clinique ou asymptomatique, et sous forme sporadique, épizootique ou diffuse, optimiseraient les chances de détecter les maladies exotiques ou émergentes / The surveillance system for exotic abortive diseases in French cattle (i.e. abortive diseases that are not currently found in France), such as brucellosis, is a typical example of a surveillance system that is in need of improvement. This type of surveillance only actually exists for brucellosis. Clinical surveillance is the cornerstone of brucellosis surveillance and consists in the mandatory notification of each bovine abortion. However, while no quantitatively assessments have been made, it is common knowledge that this type of surveillance suffers from high levels of under-reporting. By providing an in-depth assessment of the bovine abortion notification surveillance system, we quantified its low sensitivity and identified the influence of structural, human and health factors on how decisions to report abortions are taken. In addition, demographic and reproductive data, collected for purposes of traceability and for genetic performance improvement, were used to devise indirect indicators of abortion occurrence. By modeling the temporal and spatio-temporal variations of these indicators, we highlighted the ability for syndromic surveillance systems to identify the occurrence of abortive events at individual and herd scale. Based on these studies, improving exotic abortive disease surveillance requires revising the mandatory notification surveillance system and developing syndromic surveillance systems. More generally, considering the difficulties in predicting the occurrence of exotic or emerging diseases and their clinical and epidemiological forms, it is necessary to reorganize the surveillance of exotic diseases by setting up integrated surveillance systems that would include different surveillance modalities. Such surveillance systems, implemented by production sector, would focus on known or unknown diseases, showing clinical or subclinical forms, and sporadic, epizootic or diffuse patterns, and would thus maximize the ability to detect exotic or emerging diseases

L’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) est l’institution internationale responsable de la mise en place des mesures sanitaires associées aux échanges commerciaux d’animaux vivants. Le zonage est une méthode de contrôle recommandée par l’OIE pour certaines maladies infectieuses, dont l’influenza aviaire. Les éclosions d’influenza aviaire été extrêmement coûteuses pour l’industrie avicole partout dans le monde. Afin d’évaluer la possibilité d’user de cette approche en Ontario, les données sur les sites de production avicole ont été fournies par les fédérations d’éleveurs de volailles ce cette province. L’information portant sur les industries associées à la production avicole, soit les meuneries, les abattoirs, les couvoirs, et les usines de classification d’œufs, a été obtenue par l’entremise de plusieurs sources, dont des représentants de l’industrie avicole. Des diagrammes de flux a été crée afin de comprendre les interactions entre les sites de production et les industries associées à ceux-ci. Ces industries constituaient les éléments de bas nécessaires au zonage. Cette analyse a permis de créer une base de données portant sur intrants et extrants de production pour chaque site d’élevage avicole, ainsi que pour les sites de production des industries associées à l’aviculture. À l’aide du logiciel ArcGIS, cette information a été fusionnée à des données géospatiales de Statistique Canada de l’Ontario et du Québec. La base de données résultante a permis de réaliser les essais de zonage. Soixante-douze essais ont été réalisés. Quatre ont été retenus car celles minimisaient de façon similaire les pertes de production de l’industrie. Ces essais montrent que la méthode utilisée pour l’étude du zonage peut démontrer les déficits et les surplus de production de l’industrie avicole commerciale en Ontario. Ceux-ci pourront servir de point de départ lors des discussions des intervenants de l’industrie avicole, étant donné que la coopération et la communication sont essentielles au succès du zonage. / The World Organisation for Animal Health (OIE) is the international reference body for international trade standards for live animals. Zoning is a method of controlling certain infectious diseases, including avian influenza, recommended by the OIE for use when appropriate. Avian influenza outbreaks have been extremely costly to the poultry industry throughout the world. In order to assess whether this approach was possible in Ontario, data on poultry industry production sites were provided by the Ontario poultry marketing boards. Zone borders were formed based on two criteria. The first criterion was the supply of essential products and services such that within-zone commercial poultry production could be maintained. The second was the contiguity of the zone’s territory. Four associated industries were identified which provide essential products and services: feed mills, abattoirs, hatcheries, and egg grading stations. A product flow analysis was completed to understand the direction of product movements between the poultry production sites and the sites of the four associated industries. This analysis was used to create a database of input requirements and output production capacity from each type of poultry production site. Using ArcGIS, this information was merged with geospatial data from Statistics Canada on Ontario and Quebec to create the database used for zoning scenarios. Seventy-two scenarios were completed; of these, four were chosen which minimized production loss over the whole industry. These scenarios demonstrate that the method used for the zoning study can identify the production deficits and surpluses of the commercial poultry industry in Ontario. These scenarios can serve as a starting point for discussion among industry stakeholders, as cooperation and communication are essential to the success of zoning.

L’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) est l’institution internationale responsable de la mise en place des mesures sanitaires associées aux échanges commerciaux d’animaux vivants. Le zonage est une méthode de contrôle recommandée par l’OIE pour certaines maladies infectieuses, dont l’influenza aviaire. Les éclosions d’influenza aviaire été extrêmement coûteuses pour l’industrie avicole partout dans le monde. Afin d’évaluer la possibilité d’user de cette approche en Ontario, les données sur les sites de production avicole ont été fournies par les fédérations d’éleveurs de volailles ce cette province. L’information portant sur les industries associées à la production avicole, soit les meuneries, les abattoirs, les couvoirs, et les usines de classification d’œufs, a été obtenue par l’entremise de plusieurs sources, dont des représentants de l’industrie avicole. Des diagrammes de flux a été crée afin de comprendre les interactions entre les sites de production et les industries associées à ceux-ci. Ces industries constituaient les éléments de bas nécessaires au zonage. Cette analyse a permis de créer une base de données portant sur intrants et extrants de production pour chaque site d’élevage avicole, ainsi que pour les sites de production des industries associées à l’aviculture. À l’aide du logiciel ArcGIS, cette information a été fusionnée à des données géospatiales de Statistique Canada de l’Ontario et du Québec. La base de données résultante a permis de réaliser les essais de zonage. Soixante-douze essais ont été réalisés. Quatre ont été retenus car celles minimisaient de façon similaire les pertes de production de l’industrie. Ces essais montrent que la méthode utilisée pour l’étude du zonage peut démontrer les déficits et les surplus de production de l’industrie avicole commerciale en Ontario. Ceux-ci pourront servir de point de départ lors des discussions des intervenants de l’industrie avicole, étant donné que la coopération et la communication sont essentielles au succès du zonage. / The World Organisation for Animal Health (OIE) is the international reference body for international trade standards for live animals. Zoning is a method of controlling certain infectious diseases, including avian influenza, recommended by the OIE for use when appropriate. Avian influenza outbreaks have been extremely costly to the poultry industry throughout the world. In order to assess whether this approach was possible in Ontario, data on poultry industry production sites were provided by the Ontario poultry marketing boards. Zone borders were formed based on two criteria. The first criterion was the supply of essential products and services such that within-zone commercial poultry production could be maintained. The second was the contiguity of the zone’s territory. Four associated industries were identified which provide essential products and services: feed mills, abattoirs, hatcheries, and egg grading stations. A product flow analysis was completed to understand the direction of product movements between the poultry production sites and the sites of the four associated industries. This analysis was used to create a database of input requirements and output production capacity from each type of poultry production site. Using ArcGIS, this information was merged with geospatial data from Statistics Canada on Ontario and Quebec to create the database used for zoning scenarios. Seventy-two scenarios were completed; of these, four were chosen which minimized production loss over the whole industry. These scenarios demonstrate that the method used for the zoning study can identify the production deficits and surpluses of the commercial poultry industry in Ontario. These scenarios can serve as a starting point for discussion among industry stakeholders, as cooperation and communication are essential to the success of zoning.