Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2000-02-22Bitstream added on 2014-06-13T18:47:48Z : No. of bitstreams: 1 silva_jm_me_sjrp.pdf: 1323237 bytes, checksum: d794e2f086753572174012708399ebeb (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Usando o modelo de Peyrard-Bishop [2] exploramos o limiar de energia para existência de localização de energia, assim como a dinâmica de um par de cadeias de osciladores representando o DNA. Em trabalho recente [9], obteve-se o limiar de energia para uma cadeia homogênea. Neste trabalho os resultados para cadeias homogêneas e não homogêneas serão considerados. A não homogeneidade é tratada na forma de blocos com diferentes parâmetros para o potencial de Morse. O potencial de Morse é usado para simular as ligações de hidrogênio que estabilizam a dupla hélice do DNA. Esta é uma primeira aproximação para a molécula real.Os resultados mostram que o valor da energia crítica, a energia mínima para haver localização de energia, é uma função da presença de interfaces entre os blocos e a dinâmica revela que essa localização se restringe ao bloco inicialmente excitado. / Using the Peyrard-Bishop model [2] we explore the threshold energy for energy localization as well as the dynamics of a DNA chain. In a recent work [9], the threshold energy for localization in homogeneous chain have been obtained. Here results for homogeneous and nonhomogeneous chains are considered. This nonhomogeneity is treated as blocks with different values for the parameters in the Morse Potential, the usually used potential function for simulating the Hbonds in the DNA double helix. This is a suitable first approximation for the real molecule. The results show the threshold energy depends on the presence of block interfaces and the dynamics shows that localization is restricted to the block initially excited.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-30Bitstream added on 2014-06-13T20:29:20Z : No. of bitstreams: 1 ribeiro_nf_me_sjrp.pdf: 225441 bytes, checksum: 7f1bfa1626302be5ede2d3155f2d4c2b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Neste trabalho foi analisada uma rede unidimensional composta por sistemas massamola com um potencial de Rosen-Morse on site. Esse tipo de rede é usado para estudar propriedades termodinâmicas do DNA, particularmente sua desnaturação térmica. No contexto do presente trabalho, o potencial de Rosen-Morse simula as ligações de hidrogênio entre a dupla fita da molécula. A partir do gráfico do estiramento médio dos pares de base versus temperatura se observou a desnaturação térmica do sistema. Esse resultado mostra que é possível obter transição de fase com um potencial sem uma barreira infinita, porém assimétrico. Outro resultado obtido é a forma da curva, que mostrou uma transição ligeiramente mais abrupta em comparação com a curva de transição feita para o potencial de Morse on site usado no modelo original de Peyrard-Bishop. Esse comportamento é encontrado em modelos que buscam uma melhor aproximação entre o modelo e os resultados experimentais de desnaturação térmica para o DNA / In this work, it was analyzed a one-dimensional lattice formed by mass-spring systems with an additional Rosen-Morse potential on site. This kind of lattice is used to study thermodynamic properties of DNA, in particular the thermal denaturation. In the context of this work, the Rosen-Morse potential simulates the hydrogen bounds between the double helix of the DNA. The graphic of the average base pairs stretching in function of temperature gives information about the thermal denaturation of the macromolecule. This result shows that it is possible to obtain phase transition using an asymmetric potential on site without an infinite barrier. The graphic also showed a sharp denaturation in comparison with the transition curve obtained when the Morse potential on site is used in the original Peyrard- Bishop model. This behavior improves the model

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-29Bitstream added on 2014-06-13T18:08:49Z : No. of bitstreams: 1 slade_gg_me_sjrp.pdf: 1409630 bytes, checksum: 016bbc3e589fef407db769347efaba7e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A dinâmica do DNA apresenta movimentos de grande amplitude e localizados ao longo da cadeia que, mesmo na sua temperatura biológica, são capazes de abrir um único par de bases. Com o objetivo de compreender essa dinâmica, discutimos a formação e a estabilidade de soluções espacialmente localizadas e periódicas no tempo, breathers, no modelo de Peyrard-Bishop. O limite anticontínuo é utilizado para gerar o breather, então no início o acoplamento entre os osciladores é nulo. Depois de construir o breather, nós utilizamos a teoria de Floquet para estudar sua estabilidade. Os resultados foram analisados pelos multiplicadores de Floquet e a dinâmica energética do sistema. Teste com diferentes frequências do breather e intervalos de acoplamento foram feitos; esses parâmetros estão intimamente relacionados com a energia do sistema. / A dinâmica do DNA apresenta movimentos de grande amplitude e localizados ao longo da cadeia que, mesmo na sua temperatura biológica, são capazes de abrir um único par de bases. Com o objetivo de compreender essa dinâmica, discutimos a formação e a estabilidade de soluções espacialmente localizadas e periódicas no tempo, breathers, no modelo de Peyrard-Bishop. O limite anticontínuo é utilizado para gerar o breather, então no início o acoplamento entre os osciladores é nulo. Depois de construir o breather, nós utilizamos a teoria de Floquet para estudar sua estabilidade. Os resultados foram analisados pelos multiplicadores de Floquet e a dinâmica energética do sistema. Teste com diferentes frequências do breather e intervalos de acoplamento foram feitos; esses parâmetros estão intimamente relacionados com a energia do sistema.