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Modelos mistos no mapeamento genético de fatores de risco cardiovascular em famílias brasileiras usando dados de SNPs / Mixed models in genetic mapping of the cardiovascular risk factors in brazilian families using SNPs data

Souza, Mirian de 28 May 2012 (has links)
O estudo de doenças complexas, tais como hipertensão e glicemia, é de grande importância na área médica, pois essas doenças afetam muitas pessoas no mundo e seu padrão de variação envolve componentes ambientais, genéticos e suas possíveis interações. Para o mapeamento de genes a amostragem do genoma humano é feita por meio de plataformas de marcadores moleculares e, em geral, destacam-se duas classes de marcadores: os do tipo microsatélites e os SNPs (do inglês, Single Nucleotide Polimorphisms). Os dados de famílias são comumente analisados via modelos mistos e marcadores microsatélites de efeitos aleatórios, sendo que os estudos caso-controle com indivíduos não relacionados têm sido vinculados a dados de SNPs. Neste contexto, surge a problemática de como modelar o SNP em dados de famílias, pois o mesmo pode ser modelado como um fator fixo ou aleatório. Com a finalidade de trazer contribuições a esta discussão, um dos objetivos deste trabalho é propor um exercício de simulação e análise de dados genéticos que facilite o ensino e o entendimento de conceitos de genética e do mapeamento de genes modelados a partir de efeitos fixos ou aleatórios utilizando o software R. Além disso, na análise de dados envolvendo mapas densos de SNPs é necessário contornar o problema de múltiplos testes, e a proposta em multiestágios de Aulchenko et al. (2007) é uma alternativa de análise, na qual o efeito do SNP é modelado como um fator fixo e associado a um componente residual. Logo, surge também como desafio deste trabalho, aplicar o modelo em multiestágios para o mapeamento dos genes e discutir suas vantagens e limitações. / The study of complex diseases such as hypertension and glucose is of great importance in the medical field because these diseases affect many people in the world and its pattern of variation involves environmental and genetics components and their possible interactions. For genes mapping the human genome sampling is performed by means of molecular markers platforms, generally including two kinds of markers: the type microsatellite and SNPs (Single Nucleotide Polimorphisms). The family data is commonly analyzed by mixed models and random effects microsatellite markers and the case-control studies with unrelated individuals have been linked to data from SNPs. In this context the question arises of how to model the SNP on family data because it can be modeled as a fixed or random factor. In order to bring contributions to this discussion, one of the objectives of this study is to propose a simulation exercise and analysis of genetic data to facilitate the teaching and understanding of concepts of genetics and gene mapping modeled from fixed or random effects using software R. Furthermore, analysis of data involving dense maps of SNPs is necessary to overcome the problem of multiple tests, and the proposal multistage Aulchenko et al. (2007) is an alternative analysis in which the effect of SNP is modeled as a fixed factor and associated with a residual component. So there is also a challenge of this study to apply the multistage model for the mapping of genes and discuss their advantages and limitations.
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Detection of Copy Number Variation (CNV) and its characterization in Brazilian population / Detecção de Copy Number Variation (CNV) e sua caracterização na população brasileira

Ciconelle, Ana Cláudia Martins 06 February 2018 (has links)
Genome-wide association studies (GWAS) are a tool of high importance to associate genetic markers, genes and genomic regions with complex phenotypes and diseases, allowing to understand in details this regulation of gene expression as well as the genes, and then develop new techniques of diagnoses and treatment of diseases. Nowadays, the main genetic marker used in GWAS is the SNP (single nucleotide polymorphism), a variation that affects only one base of the DNA, being the most common type of variation between individuals and inside the genome. Even though there are multiple techniques available for GWAS, several complex traits still have unexplained heritability. To contribute to these studies, reference genetic maps are being created, such as the HapMap and 1000 Genomes, which have common genetic variants from world wide population (including European, Asian and African populations). In the last years, two solutions adopted to solve the missing heritability are to use different types of genetic variants and include the rare and population specific markers. Copy number variation (CNV) is a structural variant which use is increasing in GWAS in the last years. This variant is characterized for the deletion or duplication of a region a DNA and its length can be from few bases pair to the whole chromosome, as in Down syndrome. In collaboration of the Heart Institute (InCor-FMUSP), this work uses the dataset from Baependi Heart Study to establish a methodology to characterized the CNVs in the Brazilian population using SNP array data and associate them with height. This project uses the genetic and phenotype data of 1,120 related samples (family structure). For CNV calling, resources from the software PennCNV are used and methodologies of preprocessing, normalization, identification and other analysis are reviewed. The characterization of CNVs include information about location, size, frequency in our population and the patterns of inheritance in trios. The association of CNVs and height is made using linear mixed models and with information of family structure. The obtained results indicate that the Brazilian population has regions with variation in the number of copies that are not in the literature. General characteristics, such as length and frequency in samples, are similar to the information found in the literature. In addition, it was observed that the transmission of CNVs could not follow the Mendelian laws, since the frequency of trios which one parent has a deletion/duplication and the offspring is normal is higher than the frequency of trios with one parent and the offspring has a deletion/duplication. This work also identified a region on chromosome 9 that could be associated to height, being that carries of a duplication in this region can have the expected height dropped by approximately 3cm. / Estudos de associação genética (do inglês, Genome-wide association studies - GWAS) são uma ferramenta fundamental para associar marcadores genéticos, genes e regiões genômicas com doenças e fenótipos complexos, permitindo compreender em mais detalhes essa rede de regulação bem como mapear genes e, com isso, desenvolver técnicas de diagnóstico e tratamento. Atualmente, a principal variante genética utilizada nos estudos de associação é o SNP (do inglês, Single Nucleotide Polymorphism), uma variação que afeta apenas uma base do DNA, sendo o tipo de variação mais comum tanto entre os indivíduos como dentro do genoma. Apesar das diferentes técnicas disponíveis para os estudos de associação, muitas doenças e traços complexos ainda possuem parte de sua herdabilidade inexplicada. Para contribuir com estes estudos, foram criados banco de dados genéticos de referência, como o HapMap e o 1000 Genomes, que possuem representantes das variantes genéticas comuns das populações mundiais (européias, asiáticas e africanas). Nos últimos anos, duas das solucões adotadas para tentar explicar a herdabilidade de doenças e fenótipos complexos correspondem a utilizar diferentes tipos de variantes genéticas e incluir variantes raras e específicas para uma determinada população. O CNV (do inglês, Copy Number Variation) é uma variante estrutural que está ganhando espaço nos estudos de associação nos últimos anos. Essa variante é caracterizada pela deleção ou duplicação de uma região do DNA que pode ser de apenas alguns pares de bases até cromossomos inteiros, como no caso da síndrome de Down. Em parceria com o Instituto do Coração (InCor-FMUSP), este trabalho utiliza os dados do projeto Corações de Baependi para estabelecer uma metodologia para caracterizar os CNVs na população brasileira a partir de dados de SNPs e associá-los com a altura. O projeto inclui dados genéticos e fenótipos de 1,120 indivíduos relacionados (estruturados em famílias). Para a detecção dos CNVs, os recursos do software PennCNV são utilizados e metodologias de processamento, normalização, identificação e análises envolvidas são revisadas. A caracterização dos CNVs obtidos inclui informações de localização, tamanho e frequência na população e padrões de herança genética em trios. A associação dos CNVs com a altura é realizada a partir de modelos lineares mistos e utilizando informações sobre a estrutura de família. Os resultados obtidos indicaram que a população brasileira contém regiões (únicas) com variação no número de cópias que não estão identificadas na literatura. Características gerais dos CNVs, como tamanho e frequência no indivíduo, foram semelhantes ao que é apontado na literatura. Também foi observado que a transmissão de CNV pode não seguir as leis mendelianas, uma vez que a frequência de trios com um dos pais com deleção/duplicação e filho normal era superior à frequência dos trios com filho portador da mesma variação.
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Modelos mistos no mapeamento genético de fatores de risco cardiovascular em famílias brasileiras usando dados de SNPs / Mixed models in genetic mapping of the cardiovascular risk factors in brazilian families using SNPs data

Mirian de Souza 28 May 2012 (has links)
O estudo de doenças complexas, tais como hipertensão e glicemia, é de grande importância na área médica, pois essas doenças afetam muitas pessoas no mundo e seu padrão de variação envolve componentes ambientais, genéticos e suas possíveis interações. Para o mapeamento de genes a amostragem do genoma humano é feita por meio de plataformas de marcadores moleculares e, em geral, destacam-se duas classes de marcadores: os do tipo microsatélites e os SNPs (do inglês, Single Nucleotide Polimorphisms). Os dados de famílias são comumente analisados via modelos mistos e marcadores microsatélites de efeitos aleatórios, sendo que os estudos caso-controle com indivíduos não relacionados têm sido vinculados a dados de SNPs. Neste contexto, surge a problemática de como modelar o SNP em dados de famílias, pois o mesmo pode ser modelado como um fator fixo ou aleatório. Com a finalidade de trazer contribuições a esta discussão, um dos objetivos deste trabalho é propor um exercício de simulação e análise de dados genéticos que facilite o ensino e o entendimento de conceitos de genética e do mapeamento de genes modelados a partir de efeitos fixos ou aleatórios utilizando o software R. Além disso, na análise de dados envolvendo mapas densos de SNPs é necessário contornar o problema de múltiplos testes, e a proposta em multiestágios de Aulchenko et al. (2007) é uma alternativa de análise, na qual o efeito do SNP é modelado como um fator fixo e associado a um componente residual. Logo, surge também como desafio deste trabalho, aplicar o modelo em multiestágios para o mapeamento dos genes e discutir suas vantagens e limitações. / The study of complex diseases such as hypertension and glucose is of great importance in the medical field because these diseases affect many people in the world and its pattern of variation involves environmental and genetics components and their possible interactions. For genes mapping the human genome sampling is performed by means of molecular markers platforms, generally including two kinds of markers: the type microsatellite and SNPs (Single Nucleotide Polimorphisms). The family data is commonly analyzed by mixed models and random effects microsatellite markers and the case-control studies with unrelated individuals have been linked to data from SNPs. In this context the question arises of how to model the SNP on family data because it can be modeled as a fixed or random factor. In order to bring contributions to this discussion, one of the objectives of this study is to propose a simulation exercise and analysis of genetic data to facilitate the teaching and understanding of concepts of genetics and gene mapping modeled from fixed or random effects using software R. Furthermore, analysis of data involving dense maps of SNPs is necessary to overcome the problem of multiple tests, and the proposal multistage Aulchenko et al. (2007) is an alternative analysis in which the effect of SNP is modeled as a fixed factor and associated with a residual component. So there is also a challenge of this study to apply the multistage model for the mapping of genes and discuss their advantages and limitations.

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