This thesis documents the investigation into the acquisition of knowledge from biological data using computational methods for the discovery of significantly frequent patterns in gene location and phylogeny. Beginning with an initial statistical analysis of distribution of gene locations in the flowering plant Arabidopsis thaliana, we discover unexplained elements of order. The second area of this research looks into frequent patterns in the single dimensional linear structure of the physical locations of genes on the genome of Saccharomyces cerevisiae. This is an area of epigenetics which has, hitherto, attracted little attention. The frequent patterns are patterns of structure represented in Datalog, suitable for analyses using the logic programming methodology Prolog. This is used to find patterns in gene location with respect to various gene attributes such as molecular function and the distance between genes. Here we find significant frequent patterns in neighbouring pairs of genes. We also discover very significant patterns in the molecular function of genes separated by distances of between 5,000 and 20,000 base pairs. However, in complete contrast to the latter result, we find that the distribution of genes of molecular function within a local region of ±20, 000 base pairs is locationally independent. In the second part of this research we look for significantly frequent patterns of phylogenetic subtrees in a broad database of phylogenetic trees. Here we investigate the use of two types of frequent phylogenetic structures. Firstly, phylogenetic pairs are used to determine relationships between organisms. Secondly, phylogenetic triple structures are used to represent subtrees. Frequent subtree mining is then used to establish phylogenetic relationships with a high confidence between a small set of organisms. This exercise was invaluable to enable these procedures to be extended in future to encompass much larger sets of organisms. This research has revealed effective methods for the analysis of, and has discovered patterns of order in the locations of genes within genomes. Research into phylogenetic tree generation based on protein structure has discovered the requirements for an effective method to extract elements of phylogenetic information from a phylogenetic database and reconstruct a single consensus tree from that information. In this way it should be possible to produce a species tree of life with high degree of confidence and resolution.

A absorção é a etapa determinante da recuperação de acetona no Filter Tow, por reduzir a emissão de acetona e trazer melhorias à economia. Por isso, ela constitui o objeto deste estudo, que inclui desde a revisão dos conceitos fenomenológicos, considerando a escolha do melhor modelo de equilíbrio líquido-vapor, passando pela execução dos balanços coerentes de massa e o estabelecimento da Fotografia da situação original, relatando um caso complexo de transposição de pratos para recheios. Contudo, a operação das colunas de absorção é influenciada por outras variáveis de caráter desconhecido, ruídos em relação à fenomenologia, o que se pretende avaliar, justificando-se desenvolver estudo para avaliar seus efeitos. Com o objetivo geral de otimizar absorção, uma análise estatística foi executada a partir do levantamento de dados operacionais, utilizando todas suas variáveis, sejam as fenomenológicas, como os ruídos, com o objetivo específico de obter modelos empíricos que complementem as simulações fenomenológicas, aumentando sua abrangência. Para a execução da análise estatística, os conjuntos de dados históricos foram levantados e validados pelos balanços coerentes de massa e pela Fotografia, o que tornou possível sua evolução, desde a seleção das variáveis, até estabelecer os modelos de regressão, com os quais pode-se obter um novo modo de controle, que estabiliza a operação, possibilitando a otimização. Em termos ambientais, a utilização destes modelos resulta em redução de até 15% das perdas de acetona para o ambiente, como também de consumo energético, com uma economia da ordem de 1 milhão de reais por ano, sem quaisquer custos adicionais. / Absorption is the key step of the acetone recovery at Filter Tow production, for reducing the acetone emission and improving economics. For this reason it is the subject of this study, including the revision of phenomenological concepts, considering the choice of the best vapor liquid equilibrium model, passing by the improvement of coherent mass balances and establishing the Photography of the original situation, detailing a complex case of transposition of sieve trays to structured packing. However, the operation of the absorption columns is influenced by other variables, with unknown impacts, noises in relation to the phenomenology, justifying the development of this study, for evaluating them. With the general objective of optimizing the absorption, a statistical analysis is performed from collecting operating data, considering all variables, phenomenological and noises, with the specific objective of getting empirical models complementing the phenomenological simulations, increasing their comprising. For performing the statistical analysis sets of historical data have been collected and validated by coherent mass balances and the Photography, making possible its evolution, from the selection of the variables till establishing the regression models, and with them getting a new control way, which stabilizes the operation, allowing the optimization. In environmental terms, the use of these models results in up to 15% decrease in acetone losses to the environment, as well as power consumption with a saving of approximately 1 million reais per year, without any additional costs.

A absorção é a etapa determinante da recuperação de acetona no Filter Tow, por reduzir a emissão de acetona e trazer melhorias à economia. Por isso, ela constitui o objeto deste estudo, que inclui desde a revisão dos conceitos fenomenológicos, considerando a escolha do melhor modelo de equilíbrio líquido-vapor, passando pela execução dos balanços coerentes de massa e o estabelecimento da Fotografia da situação original, relatando um caso complexo de transposição de pratos para recheios. Contudo, a operação das colunas de absorção é influenciada por outras variáveis de caráter desconhecido, ruídos em relação à fenomenologia, o que se pretende avaliar, justificando-se desenvolver estudo para avaliar seus efeitos. Com o objetivo geral de otimizar absorção, uma análise estatística foi executada a partir do levantamento de dados operacionais, utilizando todas suas variáveis, sejam as fenomenológicas, como os ruídos, com o objetivo específico de obter modelos empíricos que complementem as simulações fenomenológicas, aumentando sua abrangência. Para a execução da análise estatística, os conjuntos de dados históricos foram levantados e validados pelos balanços coerentes de massa e pela Fotografia, o que tornou possível sua evolução, desde a seleção das variáveis, até estabelecer os modelos de regressão, com os quais pode-se obter um novo modo de controle, que estabiliza a operação, possibilitando a otimização. Em termos ambientais, a utilização destes modelos resulta em redução de até 15% das perdas de acetona para o ambiente, como também de consumo energético, com uma economia da ordem de 1 milhão de reais por ano, sem quaisquer custos adicionais. / Absorption is the key step of the acetone recovery at Filter Tow production, for reducing the acetone emission and improving economics. For this reason it is the subject of this study, including the revision of phenomenological concepts, considering the choice of the best vapor liquid equilibrium model, passing by the improvement of coherent mass balances and establishing the Photography of the original situation, detailing a complex case of transposition of sieve trays to structured packing. However, the operation of the absorption columns is influenced by other variables, with unknown impacts, noises in relation to the phenomenology, justifying the development of this study, for evaluating them. With the general objective of optimizing the absorption, a statistical analysis is performed from collecting operating data, considering all variables, phenomenological and noises, with the specific objective of getting empirical models complementing the phenomenological simulations, increasing their comprising. For performing the statistical analysis sets of historical data have been collected and validated by coherent mass balances and the Photography, making possible its evolution, from the selection of the variables till establishing the regression models, and with them getting a new control way, which stabilizes the operation, allowing the optimization. In environmental terms, the use of these models results in up to 15% decrease in acetone losses to the environment, as well as power consumption with a saving of approximately 1 million reais per year, without any additional costs.

Submitted by Marilene Donadel (marilene.donadel@unioeste.br) on 2018-04-25T00:28:56Z No. of bitstreams: 1 Joelmir_Santos_2016.pdf: 3759768 bytes, checksum: 953ccb765b5bea358bd87b6b493ab5cb (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-25T00:28:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joelmir_Santos_2016.pdf: 3759768 bytes, checksum: 953ccb765b5bea358bd87b6b493ab5cb (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / This study aimed the evaluation and application of methodology for multielement analyses by total reflection X-ray fluorescence spectrometry (TXRF) in order to provide analyte concentration measurements with accuracy and precision. Using the energy and intensity of the spectral lines of characteristic X-ray, a series of chemicals were identified and quantified, respectively, with a concentration below part per million to a few parts per billion, especially for transition metals. To ensure statistical reliability and reproducibility, a methodology based on the deposition of fine particles, less than 50 m, representative sample and uniformly spread on a quartz flat reflector, which was extremely clean and positioned at the angular condition of maximum reflectivity of monochromatic X-rays was applied. To ensure uniformity on the support surface and the sample representativeness, a number of replicas of specific quantities of samples, in the form of a fine powder was added in a diluted viscous organic solution containing a well-known concentration of an element choosing as internal standard. An aliquot of the viscous solution containing both the suspended particulate sample and an internal standard was deposited at the center of the quartz reflector and dried, yielding a very thin layer of particulates. First, the instrumental TXRF was previously evaluated for its operation, spectral response and recovery of transition metal concentrations in a test sample supplied by the manufacturer. The reproducibility of the elemental concentration measurements was tested with a combination of the number of experimental replicates (five) and analytical (three) for each type of environmental matrix samples, namely certified reference materials or CRMs. Six types of CRMs were tested: river sediment, tomato leaves, rice, fish muscle, bone and bovine liver. The data were statistically processed data, resulting in a series of average and uncertainty values of the analyte concentrations was compared to certified reference values, reported in the technical reports of CRM. Regarding the multielement character of the TXRF technique, there was a good recovery, about 100%, for most of the certified concentrations of the referenced analytes in the six CRMs within the margin of variability of results found by both the TXRF technique and reports. It was also found that the detection limit depends on the density matrix of the material under study. However, the transition elements were those with the lowest values of detection limits. Having a good recovery of majority analyte concentrations in Buffalo River sediment reference material, the same methodology was applied to sediment material analysis of Bezerra stream that was collected in three locations and for a period of three years. A number of chemicals has been identified through their spectral lines K and L and quantified following the internal standard method. The set of concentration data was statistically processed from the point of view of the normality of the data and an analysis of principal components, revealing a systematic presence of high concentrations of heavy metals such as lead and chromium, comparatively higher those recommended by current environmental legislation (CONAMA 420/2009) as the maximum permissible limits. / Este trabalho teve como objetivo a avaliação e aplicação de metodologia para análise multielementar por meio da espectrometria de fluorescência de raios X por reflexão total (TXRF), a fim de fornecer medidas de concentração de analitos com acurácia e precisão. Usando a energia e a intensidade das linhas espectrais de raios X característicos, uma série de elementos químicos foram identificados e quantificados, respectivamente, com concentração abaixo de parte por milhão até poucas partes por bilhão, principalmente para metais de transição. A fim de garantir a confiabilidade e reprodutibilidade estatística, foi aplicada uma metodologia que se baseia na deposição de particulados finos, menores que 50 m, representativos da amostra e uniformemente distribuídos sobre um refletor plano de quartzo, previamente limpo, na condição angular de máxima refletividade de raios X monocromáticos. Para garantir a uniformidade no suporte e a representatividade da amostra, uma série de réplicas de quantidades específicas de amostras, na forma de um pó fino, foi adicionada em solução orgânica viscosa diluída contendo uma concentração conhecida de um elemento na qualidade de padrão interno. Uma alíquota da solução viscosa contendo ambos o particulado de amostra em suspensão e o padrão interno foi depositada no centro do refletor de quartzo e seca, obtendo-se uma camada fina de particulado. Primeiramente, o instrumental TXRF foi previamente avaliado quanto a operação, resposta espectral e recuperação de concentrações de metais de transição de uma amostra de teste fornecido pelo fabricante. A reprodutibilidade das medidas de concentração elementar foi testada com uma combinação da série de réplicas experimentais (cinco) e analíticas (três) para cada tipo de matriz de amostras ambientais, chamadas de Materiais de Referência Certificados ou MRC. Foram testados seis tipos de MCRs: sedimento de rio, folhas de tomate, arroz, músculo de peixe, osso e fígado bovino. Foram processados estatisticamente a série de dados de concentrações elementares de cada MCR, obtendo-se o valor médio e incerteza da concentração de cada analito de referência o qual foi comparado ao reportado nos laudos técnicos dos MCR. Considerando o caráter multielementar da técnica TXRF, verificou-se uma boa recuperação, em torno de 100%, da maioria das concentrações referenciadas e certificadas dos analitos nos seis MCRs, dentro da margem de variabilidade dos resultados encontrados pela técnica TXRF e reportados pelos laudos. Verificou-se também que o limite de detecção depende da densidade da matriz do material sob estudo. Contudo, os elementos de transição foram os que apresentaram os menores valores de limites de detecção. Tendo a boa recuperação das concentrações de analitos maioritários no material de referência sedimento Buffalo River, foi aplicada a mesma metodologia para análise de material de sedimento do córrego Bezerra-Cascavel que foi coletado em três locais ao longo dele e por um período de três anos. Uma série de elementos químicos foram identificados através de suas linhas espectrais K e L, e quantificados seguindo o método do padrão interno. O conjunto de dados de concentração foi processado estatisticamente do ponto de vista da normalidade dos dados e feita uma análise de componentes principais, revelando uma sistemática presença de altas concentrações de metais pesados, tais como chumbo e cromo, comparativamente maiores daqueles preconizados pela atual legislação ambiental (CONAMA 420/2009) quanto aos limites máximos permissíveis.

Made available in DSpace on 2016-03-15T19:30:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Evelyn Seligmann Feitosa.pdf: 4150862 bytes, checksum: c2fb95c13060f06c44c6788bbbfd1fc6 (MD5) Previous issue date: 2011-11-10 / Fundo Mackenzie de Pesquisa / The allocation of resources and the constant search for competitive advantages differentiators to reach best results are always business challenges. In the contemporary context, in order to achieve superior performance, it reinforces the company's need to have, and make good use, of scarce, valuable, non-substitutable and inimitable resources. These resources include brands, customer base, knowledge, ability and competence of the work teams, corporate culture, partnerships and operational processes established, among other intangible assets, usually arising from a long and risky development process. Mergers and acquisitions (M & A) arise, then, as an important strategic action, being an alternative means to obtain and accelerate the accumulation of these resources within the companies. That is the subject of this work, which discusses the importance of existing and intangible assets disclosed, previous to the M & A transactions, their classification into various types, measurement, and impact on the resulting firm's financial performance in long term. The overall objective of this thesis was to analyze how this performance, after a minimum period of 36 months of the event, is related to the existence, level of disclosure and the nature of intangible assets in the organizations involved. One hundred-eighteen (118) companies were investigated in fifty-nine (59) cases of M & A occurred in France between 1997 and 2007; the study reflects a multi-method research, pluralistic, on qualitative and quantitative aspects. Intangible assets disclosure indicators were built by applying the content analysis technique to financial and accounting reports provided by the companies prior to the events, as well as financial indicators (proxies) for the existence of intangibles were calculated. These indicators were initially confronted with each other and later their explanatory power in relation to financial ratios of growth and profitability (for the corporation and its shareholders), which are the analyzed dimensions of financial performance. Many methods for statistical analysis were used in the multivariate data analysis (correlations and factor analysis, multiple regressions) and in the structural equation modeling (SEM), via Partial Least Squares (PLS). A total of twelve models, with statistics significance, were established to express the relationship among the constructs examined. Best results were achieved in the models developed with variables of semantic origin, in detriment of those with financial indicators only. The results obtained in this thesis leads to deduce that, in this study, there are positive relationships between the existence and the disclosure of intangible assets by firms involved in the operations of M & A and subsequent financial performance, measured by the corporate profitability and the growth of the resulting organization. This suggests that the strategic choice for business growth via M & A operations is favorable to the accumulation of intangible assets in the firms, in search for better results. / A alocação de recursos e a constante busca por diferenciais competitivos, visando melhores resultados, são grandes desafios empresariais. No contexto contemporâneo, para obter desempenho superior, reforça-se a necessidade de a empresa dispor, e fazer bom uso, de recursos raros, valiosos, não-substituíveis e de difícil imitação. Dentre estes recursos, destacam-se aspectos como as marcas, a base de clientes, o conhecimento, a capacidade e competência das equipes de trabalho, a cultura corporativa, as parcerias e os processos operacionais estabelecidos, dentre outros ativos intangíveis, geralmente decorrentes de longos e arriscados processos de desenvolvimento. As fusões e aquisições (F&A) surgem, então, como movimentos estratégicos importantes, sendo meio alternativo para obter e acelerar a acumulação destes recursos nas empresas. É essa a temática deste trabalho, que discorre sobre a importância dos ativos intangíveis existentes e divulgados previamente às operações de F&A de empresas, sobre a classificação dos seus diversos tipos, a sua mensuração e o seu impacto sobre o desempenho financeiro da firma resultante, no longo prazo. O objetivo geral desta tese foi analisar como este desempenho, após prazo mínimo de 36 meses do evento, está relacionado à existência, ao nível de divulgação e à natureza dos ativos intangíveis das organizações envolvidas. Foram investigadas 118 empresas, em 59 casos de F&A ocorridos na França entre 1997 e 2007, em uma pesquisa multi-métodos, pluralística, nas vertentes qualitativa e quantitativa. Foram construídos indicadores de divulgação (disclosure) de ativos intangíveis, mediante aplicação da técnica de análise de conteúdos aos relatórios contábil-financeiros disponibilizados pelas empresas antes do evento, e calculados indicadores financeiros (proxies) para a existência de intangíveis. Estes indicadores foram inicialmente confrontados entre si e posteriormente quanto ao seu poder explicativo em relação aos índices financeiros de crescimento e de lucratividade (empresarial e para os acionistas), que são as dimensões analisadas do desempenho financeiro. Utilizaram-se métodos de análise estatística de dados multivariados (análises de correlações, fatoriais, regressões múltiplas) e modelagem em equações estruturais, via Partial Least Squares (SEM- PLS). Foram estabelecidos, no total, doze modelos com significância estatística para expressar o relacionamento entre os construtos examinados. Alcançaram-se melhores resultados nos modelos desenvolvidos com variáveis de origem semântica, em detrimento daqueles que utilizaram indicadores exclusivamente financeiros. Os resultados obtidos nesta tese permitiram deduzir que há relações positivas entre a existência e a divulgação de ativos intangíveis pelas firmas envolvidas nas operações de F&A estudadas e o posterior desempenho financeiro, mensurado pela lucratividade empresarial e pelo crescimento, da organização resultante. Isto sugere que a opção estratégica por crescimento empresarial via operações de F&A é favorável ao acúmulo de recursos intangíveis nas firmas, na busca por melhores resultados.