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Interação de glicina com grafeno: uma abordagem de modelagem molecular / Interaction of glycine with graphene: An approach molecular modelingCarvalho, Arivaldo Cutrim 21 January 2010 (has links)
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ArivaldoCarvalho.pdf: 4594687 bytes, checksum: c5792781a97f8174ae6dcd9a0bfbd359 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-07T18:40:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2010-01-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / With the aim of the development of new nanodevices, there is great interest in understand the electronic properties of nanostructured materials. Above all, how to modify the electronic properties of nanostructures already well known in a controlled manner. With this goal, many methodologies and experiments has been developed. We studied the an entirely through computer simulation atomistic interaction of amino glycine with the surface of graphene using two methods, classical and quantum, for both modules use Materials Studio (Accelrys), and the Forcit Dmol3 states that are Art in atomistic simulations. From the classical point of view, we used force fields universal to describe the interactions, and the quantum point of view, the method of density functional. The methodology consisted basically realize a scan with glycine in different orientations on the surface of the graphene sheet grid in a considerable build a 3D map of potential interaction that enables us to accurately define where are enough sites and orientations of the amino acid glycine to more energetically favorable for adsorption. From the selection of the best candidates obtained from calculations in classical mechanics, we performed electronic structure calculations using the method DFT (Density Functional Theory) to estimate the binding energy and in that regime adsorption occurs. In addition, we obtained the electron density of the system and did Mulliken population analysis as well. / Com a finalidade do desenvolvimentos de novos nanodispositivos, há um grande interesse em conhecer as propriedades eletrônicas de materias nanoestruturados. Sobretudo, como modificar as propriedades eletrônicas de nanoestruturas já bem conhecidas de forma controlada. Com este objetivo, muitas metodologias e experimentos tem sido desenvolvidos. Estudou-se de forma inteiramente atomística através de simulação computacional a interação do aminoácido glicina com a superfície do grafeno utilizando dois métodos , clássico e quântico, para tanto utilizamos os módulos do Materials Studio (Accelrys), o Forcite e o Dmol3 que são estados de arte em simulações atomísticas. Do ponto de vista clássico, utilizou-se campos de força universal para descrever as interações; e do ponto de vista quântico, utilizamos o método do funcional da densidade. A metodologia consistiu basicamente em realizarmos um "scan"com a glicina em diversas orientações sobre a superfície da folha de grafeno num grid considerável, construímos uma mapa 3D do potencial de interação que nos possibilita conhecer com precisão suficiente onde são os sítios e as orientações do aminoácido glicina que mais favoráveis energeticamente para a adsorção. A partir da seleção dos melhores candidatos obtidos através dos cálculos de mecânica clássica, realizamos cálculos de estrutura eletrônica utilizando o método DFT (Density Functional Theory) a fim de estimar a energia de ligação e em que regime ocorre a adsorção. Além disso, nós obtivemos a densidade eletrônica do sistema e fizemos uma análise populacional de Mulliken também.
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Interação de glicina com grafeno: uma abordagem de modelagem molecular / Interaction of glycine with graphene: An approach molecular modelingCarvalho, Arivaldo Cutrim 21 October 2010 (has links)
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Arivaldo Cutrim Carvalho.pdf: 4594687 bytes, checksum: c5792781a97f8174ae6dcd9a0bfbd359 (MD5)
Previous issue date: 2010-10-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / With the aim of the development of new nanodevices, there is great interest in
understand the electronic properties of nanostructured materials. Above all, how to modify the electronic properties of nanostructures already well known in a controlled manner.
With this goal, many methodologies and experiments has been developed. We studied the
an entirely through computer simulation atomistic interaction of amino
glycine with the surface of graphene using two methods, classical and quantum, for both
modules use Materials Studio (Accelrys), and the Forcit Dmol3 states that are
Art in atomistic simulations. From the classical point of view, we used force fields
universal to describe the interactions, and the quantum point of view, the method of
density functional. The methodology consisted basically realize a scan with
glycine in different orientations on the surface of the graphene sheet grid in a considerable
build a 3D map of potential interaction that enables us to accurately define
where are enough sites and orientations of the amino acid glycine to more energetically favorable
for adsorption. From the selection of the best candidates obtained from
calculations in classical mechanics, we performed electronic structure calculations using the method
DFT (Density Functional Theory) to estimate the binding energy and in that regime
adsorption occurs. In addition, we obtained the electron density of the system and did
Mulliken population analysis as well. / Com a finalidade do desenvolvimentos de novos nanodispositivos, há um grande interesse em
conhecer as propriedades eletrônicas de materias nanoestruturados. Sobretudo, como modificar as propriedades eletrônicas de nanoestruturas já bem conhecidas de forma controlada.
Com este objetivo, muitas metodologias e experimentos tem sido desenvolvidos. Estudou-se de
forma inteiramente atomística através de simulação computacional a interação do aminoácido
glicina com a superfície do grafeno utilizando dois métodos , clássico e quântico, para tanto
utilizamos os módulos do Materials Studio (Accelrys), o Forcite e o Dmol3 que são estados
de arte em simulações atomísticas. Do ponto de vista clássico, utilizou-se campos de força
universal para descrever as interações; e do ponto de vista quântico, utilizamos o método do
funcional da densidade. A metodologia consistiu basicamente em realizarmos um "scan"com
a glicina em diversas orientações sobre a superfície da folha de grafeno num grid considerável,
construímos uma mapa 3D do potencial de interação que nos possibilita conhecer com precisão
suficiente onde são os sítios e as orientações do aminoácido glicina que mais favoráveis energeticamente
para a adsorção. A partir da seleção dos melhores candidatos obtidos através dos
cálculos de mecânica clássica, realizamos cálculos de estrutura eletrônica utilizando o método
DFT (Density Functional Theory) a fim de estimar a energia de ligação e em que regime
ocorre a adsorção. Além disso, nós obtivemos a densidade eletrônica do sistema e fizemos
uma análise populacional de Mulliken também.
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