Los organismos zooplanctónicos tienen un rol central en la transferencia de la materia orgánica dentro de las redes tróficas marinas y constituyen indicadores útiles para evaluar el estado ecológico de un ambiente. La determinación de las interacciones tróficas brinda información importante para conocer el funcionamiento de un sistema. Las técnicas moleculares tales como el análisis de ácidos grasos permiten dilucidar relaciones alimentarias e identificar el origen de la materia orgánica en un ambiente complejo como el acuático. El enriquecimiento en nutrientes y en materia orgánica causado por la descarga de desechos urbanos e industriales es un fenómeno creciente a lo largo de las costas. El estuario de Bahía Blanca, localizado al sur de la provincia de Buenos Aires, es un sistema somero, turbio y eutrófico formado por canales, planicies de marea e islas cubiertas con vegetación halófila. La costa norte recibe los efluentes de importantes centros urbanos e industriales. La comunidad del mesozooplancton, el comportamiento trófico y la composición de ácidos grasos del plancton fueron estudiados en relación con el impacto de una de las principales descargas cloacales sin tratamiento previo de la ciudad de Bahía Blanca en dos períodos climáticos contrastantes. Los sitios estudiados fueron Canal Vieja, receptor de la descarga cloacal y localizado en la costa norte del estuario y Bahía del Medio, canal de marea ubicado en la zona interna-media del estuario. La influencia de la descarga cloacal en el ambiente estuarino se reflejó principalmente en el contenido alto de nutrientes nitrogenados y fosfatados disueltos por encima de los valores de enriquecimiento natural. Valores menores de oxígeno disuelto y de pH en relación con el sitio control, fueron registrados en el sitio receptor de la descarga cloacal. Aunque este disturbio no pareció ser determinante en la estructura de la comunidad mesozooplanctónica, en el comportamiento trófico o en la composición de ácidos grasos, se determinaron ciertas variaciones. En el sitio control fue observado el patrón mesozooplanctónico típico y también el consumo sobre las tres fuentes de alimento evaluadas (fitoplancton, microzooplancton y detrito). El análisis de los ácidos grasos proporcionó información relevante para un mejor conocimiento de la trama trófica estuarina. Confirmó el origen diverso del contenido orgánico del material particulado del estuario indicando una contribución pronunciada del componente detrítico proveniente de las marismas. Evidenció la alta disponibilidad de las diatomeas en la comunidad microplanctónica por encima del componente heterotrófico y ratificó que la omnivoría es un comportamiento trófico natural del mesozooplancton del estuario mostrando asimismo, el importante rol que el detrito y los aportes terrígenos desempeñan en la dieta del mesozooplancton en este sistema estuarino. La influencia de la descarga cloacal y de los ambientes circundantes a la misma (polo petroquímico, arroyo Napostá Grande) se reflejó en Canal Vieja por el mayor aporte al material particulado en suspensión de bacterias y material alóctono como restos de cereales y por ácidos grasos típicos de protozoos que indicarían el desarrollo de ciertas especies en este sitio. El enfoque experimental y el análisis de los ácidos grasos son herramientas valiosas y útiles para el estudio de las relaciones tróficas y la determinación de aportes alóctonos y autóctonos en este sistema estuarino altamente dinámico. / Zooplankton organisms play a central role in the transfer of organic matter in marine food webs and are useful indicators for assessing the ecological status of an environment. Trophic interactions provide important information to understand an ecosystem functioning. Molecular techniques such as fatty acid analysis allow to determine feeding relationships and to identify the organic matter source in a complex environment as the aquatic. Enrichment in nutrients and organic matter caused by urban and industrial waste is a growing phenomenon along coasts. The Bahía Blanca Estuary, located in the south of Buenos Aires province, is a shallow, turbid and eutrophic system formed by channels, tidal flats and islands covered by halophytic vegetation. Its north coast receives wastewater of the major urban and industrial centers. The mesozooplankton community, its trophic behavior and the fatty acid composition of the plankton were studied in relation to the impact of one of the main untreated sewage from the Bahía Blanca city in two contrasting climatic periods. The sampling sites were Canal Vieja, which receives sewage discharge and is located on the north shore of the inner estuary, and Bahía del Medio, a tidal channel located in the inner-middle estuary. The influence of sewage in the estuarine environment was mainly reflected in higher content of dissolved nitrogen and phosphate nutrients above natural enrichment values. Lower values of dissolved oxygen and pH were also recorded in the sewage impacted site. Although sewage seemed not to be a decisive disturbance factor in the mesozooplanktonic community structure, the trophic behavior or the fatty acid composition, certain variations were determined. The typical mesozooplanktonic pattern and grazing on the evaluated food sources (phytoplankton, microzooplankton and detritus) was mainly observed at the control site. The fatty acid analysis provided relevant information to a better understanding of the estuarine food web. Fatty acid analysis confirmed the multiple origin of the organic content of particulate matter indicating the pronounced detrital contribution from the marshes. It showed the high availability of diatoms in the microplankton community above the heterotrophic component. It confirmed that omnivory is a natural feeding behavior of estuarine mesozooplankton also showing the important role detritus and terrigenous contributions play in the mesozooplankton diet in this estuarine system. The impact of sewage discharge and the influence of the surrounding environment (petrochemical pole, Napostá Grande stream) were reflected at Canal Vieja by greater contribution to suspended particulate matter of bacteria and allochthonous material such as cereal debris, and typical protozoan fatty acids that would indicate the development of certain species at this site. The experimental approach and the analysis of fatty acids are valuable and useful tools for the study of trophic relationships and the assessment of allochthonous and autochthonous contributions in this highly dynamic estuarine system.