Dans le contexte Méditerranéen pluri-complexe aux niveaux écologique que sociopolitique, la mise en place de zones protégées mobilise une grande diversité d’outils basés sur des réalités règlementaires, foncières, financières, scientifiques et techniques. Cette thèse est fondée sur le principe de priorisation des enjeux socio-écologiques de conservation pour une orientation pertinente des options de protection dans les régions du pourtour méditerranéen. Elle s’appuie sur l’exemple précis du Liban, où les initiatives de protection semblent toujours guidées par une réponse à des enjeux socio-politique locaux qui priment sur les enjeux écologiques. Le but est de proposer une démarche objective, basée sur une combinaison de descripteurs écologiques et socio-économiques, qui permettrait une orientation réfléchie et adaptée pour la future désignation des aires protégées. Ainsi, sur base d’une revue bibliographique, des descripteurs adaptés au contexte méditerranéen, ont été identifiés. A partir de ceux-ci nous avons élaboré un outil de support à la décision qui permet de structurer les priorités de conservation de la biodiversité en utilisant les meilleures connaissances disponibles. Cet outil, testé sur plusieurs sites au Liban, propose différentes alternatives de protection priorisées, parmi lesquelles l’utilisateur (ministère, municipalité, région…) serait en mesure de choisir la plus appropriée en fonction du contexte sociopolitique prévalent. Ceci met l’accent sur la forte dimension politique dans la conservation. Si l’objectif est de fournir un outil pour la désignation des aires protégées, les véritables défis se situeront ensuite au niveau des choix d’ordre politique. / In the multi-complex ecological and socio-political Mediterranean context, protected areas establishment is strongly conditioned by a wide range of regulatory, land estate, financial, scientific and technical realities. The support of decision makers in the design and implementation of protected areas networks is thus needed. This thesis is founded the concept of prioritization, where socio-ecological conservation issues are prioritized for an appropriate orientation of protection options in Mediterranean countries. It is based on the specific example of Lebanon, where protection initiatives remain so far poorly adapted to ecological conservation needs. The goal is to provide an objective approach, based on a combination of ecological and socio-economic descriptors that would allow a pertinent and adapted guidance of future protected areas designation. Thus, based on a peer and grey literature review, a set of adapted-to-the-Mediterranean-context descriptors, were identified. Arising from these descriptors, we developed a decision support tool (MedConserve) which structures biodiversity conservation priorities based on the best available knowledge. Tested on different sites in Lebanon, this tool suggests several prioritized protection alternatives, from which the user (ministry, municipality, region, etc.) would be able to select the most appropriate option according to the prevailing socio-political context. This study emphasizes the strong political dimension of conservation. Even if the objective is to provide a tool for protected areas designation, the real challenges will always be related to political choices and decisions.