Introducción: La desnutrición crónica (DC) es uno de los problemas más serios en el mundo. En el Perú 1 de cada 6 niños menores de 5 años tienen desnutrición crónica y en las regiones de sierra y selva la proporción aumenta. Objetivos: Comparar los factores asociados a la desnutrición crónica en niños peruanos de 6 a 23 meses de las 3 regiones naturales en un análisis secundario del Monitoreo Nacional de Indicadores Nutricionales 2010. Materiales y métodos: Análisis secundario de la base de datos de la encuesta Monitoreo Nacional de Indicadores Nutricionales (MONIN) 2010. Se calcularon las prevalencias de desnutrición crónica a nivel nacional, regiones naturales y para cada uno de los indicadores. Se realizó un análisis multivariado de regresión logística para cada región para identificar la fuerza de asociación. Resultados: Se encontraron 8 factores comunes a las tres regiones naturales. Entre ellos, el ser hijo de madres sin educación o solo primaria (costa OR: 2.04, sierra OR: 3.75 y selva OR: 3.05), no tener diversidad alimentaria (costa OR: 2.95; sierra OR: 3.14 y selva OR: 2.21) e inadecuadas prácticas de alimentación infantil (costa OR: 2.41; sierra OR: 1.73 y selva OR: 1.93). En la costa además estuvo el factor tipo de piso (OR: 1.85). En la sierra otros factores fueron ser hijo de madre con <6 controles prenatales (OR: 2.09), niños con <6 controles prenatales (OR: 2.09) y no disponer de recursos sanitarios (OR: 1.84). En la selva otros factores fueron no tener todas las vacunas básicas para la edad (OR: 2.26) y no disponer de recursos sanitarios (OR: 2.33). Conclusiones: Al comparar los factores se encontró algunas diferencias entre las regiones; la selva tuvo más factores asociados a la desnutrición crónica que la costa y la sierra. Palabras clave: Desnutrición crónica, regiones naturales, factores. / --- Background: Chronic malnutrition (CM) is one of the most serious problems in the world. In Peru 1 in 6 children under 5 years of age suffer from chronic malnutrition and the proportion increases in the regions highlands and jungle. Objective: To compare the factors associated with chronic malnutrition in Peruvian children from 6 to 23 months of age of the 3 natural regions in a secondary analysis of the National Monitoring of Nutritional Indicators 2010. Materials and methods: Secondary analysis of the database of the National Monitoring of Nutritional Indicators (MONIN) 2010. The prevalence of chronic malnutrition nationwide, natural regions and for each of the indicators was calculated. A multivariate logistic regression analysis for each region to identify the strength of association was performed. Results: There were 8 factors common to the three natural regions: Among them, being the child of mothers without education or only elementary school (coast OR: 2.04, highlands OR: 3.75 and jungle OR: 3.05), not having dietary diversity (coast OR: 2.95; highlands OR: 3.14 and jungle OR: 2.21) and being a child with inadequate feeding practices (coast OR: 2.41; highlands OR: 1.73 and jungle OR: 1.93). Besides on the coast one factor was type of floor (OR: 1.85). In the highlands, another factors were being son of mother with less 6 prenatal controls (OR: 2.09) and not having sanitation resources (OR: 1.84). In the jungle the other factors were not having all the basic vaccines for age (OR: 2.26) and not having sanitation resources (OR: 2.33). Conclusions: Comparing the factors was found some differences among the regions; the jungle had more factors associated with chronic malnutrition than the coast and the highlands regions. Keywords: Chronic malnutrition, natural regions, factors.