Les stratégies de conservation de la nature évoluent de la protection stricte d'espaces isolés et dépourvus d'activités humaines, à l'intégration des enjeux de biodiversité dans le développement territorial. Ce changement de perspective, des aires protégées à la territorialisation de l'environnement, suppose de gérer la complexité et d'appréhender la nature collectivement et met l'accent sur les relations entre science, politique et société. Cette thèse, fondée sur une approche pluridisciplinaire, a eu pour objectif l'élaboration de recommandations pour répondre aux enjeux d'une conservation intégrée de la biodiversité. S'inscrivant dans le contexte de l'avènement des stratégies de réseau écologique en France, notre recherche porte à la fois sur les méthodes spatiales et sur les dispositifs socio-techniques en charge de planifier la conservation intégrée de la biodiversité. Chacune de ces parties a mené à des résultats et conclusions qui leur sont propres et a contribué à une réflexion plus globale sur le rôle de l'expertise technique pour répondre à ces nouveaux enjeux. Nous montrons comment une approche trop technique, centrée notamment sur la spatialisation du réseau écologique, tend non seulement à limiter le partage au sein du collectif et donc l'adhésion des acteurs mais aussi à fournir une vision réductrice et partielle des enjeux de conservation. A l'inverse, un positionnement de l'expertise en accompagnement du dialogue territorial favorise l'apprentissage social et aboutit à un cadre d'action publique qui intègre davantage les incertitudes et la complexité du vivant. Le processus participatif doit donc permettre d'opérer un glissement de l'expertise technique comme fondement de l'action publique à l'expertise collective qui assure l'intégration des savoirs et savoirs-faire de tous. Ainsi l'enjeu n'est pas celui du compromis entre science, technique et débat social mais plutôt celui de la gestion de leur interaction et de leur complémentarité. / Nature conservation strategies evolve from the strict protection of isolated and devoid of human activity spaces, to the integration of biodiversity issues in territory development. This change in perspective requires the development of a collective management of complexity and a collective conception of nature and highlights the developing relationship between science, policy and society.Based on a multidisciplinary approach, the objective of this thesis was the elaboration of recommendations for integrated conservation. In the context of the advent of ecological network strategies in France, our research concerns both the spatial methods and the socio-technical process which are in charge of the conservation planning. The analysis of these two issues has produced results pertinent to each theme and more general reflection concerning the role of technical expertise in the development of such new issues. We show how an overly technical approach, which notably aims to spatially identify the network, tends to limit the collective sharing of major issues and thus the adherence of the stakeholders to conservation goals, and also provide a reductive and partial vision of conservation issues. In contrast, a position of expertise which accompanies the dialogue on territory favors social learning and leads to a framework for public action which more fully integrates both the uncertainty and complexity of the natural world. The participative process could thus allow tfor a transition from technical to collective expertise as the foundation of public action, which ensures the inclusion of general knowledge and know-how. In this way, the issue is not of a compromise between science, technique and social debate, but of the way that they can complement each other through interaction and how this interaction may be conducted.