La reconstruction de phylogénies moléculaires consiste à retrouver l'arbre évolutif (ou phylogénie) d'un ensemble de séquences homologues. La méthode de reconstruction la plus fiable actuellement, semble être la méthode du maximum de vraisemblance. Les méthodes classiques pour rechercher la phylogénie de vraisemblance maximale deviennent, rapidement, très coûteuses en temps de calcul lorsque le nombre de séquences augmente. Elles ne peuvent donc pas traiter de grandes phylogénies. Actuellement, les deux types de méthodes qui permettent de reconstruire de grandes phylogénies suivant le principe du maximum de vraisemblance sont : les méthodes de distances et les méthodes de quadruplets. Toutes deux divisent le problème initial en sous-problèmes contenant peu de séquences. Elles peuvent alors résoudre rapidement (suivant le principe du maximum de vraisemblance) chacun de ces sous-problèmes, puis combiner les solutions obtenues pour proposer une phylogénie de l'ensemble des séquences. Après avoir présenté les principales méthodes de reconstruction phylogenetique, nous décrivons une nouvelle méthode de quadruplets (Weight Optimization) qui possède de bonnes propriétés théoriques et reconstruit des arbres plus fiables que Quartet Puzzling (une méthode de quadruplets très populaire). Nous expliquons ensuite en quoi les méthodes de quadruplets sont mal adaptées pour reconstruire de grandes phylogénies suivant le principe du maximum de vraisemblance, et comment ces méthodes peuvent résoudre efficacement d'autres problèmes. Puis, nous proposons une approche qui combine de manière originale les méthodes de distances et du maximum de vraisemblance. Cette approche que nous appelons TripleML permet d'améliorer la fiabilité de différentes méthodes de distances en remplaçant les distances qu'elles utilisent par des distances qui sont estimées en optimisant localement la vraisemblance de triplets de séquences (ou de groupes de séquences).

Les adultes conspécifiques (ou évolutivement proches) réduisent le recrutement des graines/plantules à leur proximité, à cause d’une forte pression de prédation par des ennemis spécialistes ou peu mobiles (Hypothèse de Janzen-Connell). Cependant, l’importance de l’effet Janzen-Connell reste controversé, suggérant que les interactions entre adultes et plantules ne se restreignent pas aux adultes conspécifiques proches, ni aux ennemis spécialistes : les adultes hétérospécifiques, la taille des adultes et la représentation de leur lignée dans la canopée pourraient aussi contrôler le recrutement des plantules. De plus, les effets des adultes sur les graines/plantules pourraient être médiés par des ennemis généralistes et très mobiles, par des champignons mutualistes et par certaines conditions micro-environnementales. Nous avons étudié les effets des arbres adultes sur le recrutement des graines/plantules de chêne, via les ennemis mobiles, les champignons mutualistes et enfin les conditions micro-environnementales. Nos résultats démontrent que : (i) un adulte conspécifique empêche le recrutement des plantules à proximité, via une accumulation des décomposeurs spécialistes qui augmentent la qualité nutritionnelle des plantules, attirant ainsi les ennemis. De plus, un adulte de grande taille attire des herbivores mollusques ; (ii) un adulte hétérospécifique favorise le recrutement des plantules à sa proximité, en réduisant l’herbivorie et en améliorant le microenvironnement ; (iii) une canopée évolutivement proche favorise le recrutement des graines et plantules, en rassasiant les prédateurs de graines et en augmentant le soutien par les mycorhizes, respectivement. Ainsi, nos résultats permettent d’identifier les structures forestières optimales pour le recrutement du chêne. De plus, nos résultats suggèrent que le recrutement maintient les chênes proches de leurs espèces apparentées et donc dans leur niche ancestrale. / Conspecific (or closely related) adults reduce seed/seedling recruitment in their proximity, due to high pressure from specialized or little mobile enemies (Janzen-Connell Hypothesis). However, the importance of the Janzen-Connell effect remains controversial, suggesting that interactions between adults and seedlings are not restricted to close conspecific adults, nor to specialized enemies: heterospecific adults, size of adults and dominance of their lineage in the canopy may also control seed/seedling recruitment. Moreover, effects of adults on seeds/seedlings may be mediated by generalist or mobile enemies, fungal mutualists, and microenvironmental conditions. We studied the effect of adult trees on recruitment of oak seeds/seedlings, via mobile enemies, fungal mutualists, and finally microenvironmental conditions. Our results demonstrated that (i) a conspecific adult impedes recruitment of proximate seedlings by accumulating specialist decomposers that favor nutritional quality of seedlings and thereby attract herbivores. Moreover, a large adult attracts mollusk herbivores; (ii) a heterospecific adult favors recruitment of proximate seedlings, by reducing herbivory and improving the micro-environment; (iii) a closely related canopy favors seeds and seedlings recruitment, by oversaturating seed predators and increasing mycorrhizal support, respectively. Hence, our results permit to identify forest structures that are optimal for oak recruitment. Moreover, our results suggest that recruitment maintain oaks close to related species, in their ancestral niche.