Les informations médicales recueillies dans le cadre du soin doivent être utilisables pour répondre à d’autres objectifs plus collectifs. Dans ce contexte de réutilisation des données d’un système d’information clinique pour de la recherche en épidémiologie, l’objectif de ce travail est d’étudier l’apport de l'intéropérabilité sémantique à travers un certain nombre de situations concrêtes que nous avons rencontrées et étudiées et qui illustrent la nature des problèmes de cohérence sémantiques liés au traitement des données médicales et de santé.La coexistence, à un moment donné, de plusieurs référentiels sémantiques ne doit pas être considéré comme un obstacle à l'interopérabilité. Des outils génériques peuvent être conçus et développés pour passer de façon transparente d'un composant à un autre avec aussi peu de perte d’information que possible. L’Unified Medical Language System (UMLS) est un de ses outils d’intégration sémantique. Son usage dans le cadre de ces travaux montre le caractère général de cette méthode et son potentiel pour résoudre cette classe de problèmes d’intéropérabilité sémantique.La richesse de chacune des terminologies permet, lorsqu’elles sont associées dans un même référentiel sémantique pivot, d’enrichir l’ensemble des terminologies prises individuellement pour une meilleur représentation des connaissances.L’interopérabilité sémantique améliore la disponibilité et la qualité des données réutilisables pour des recherches en santé publique. Elle permet d’enrichir les données existantes. Elle fournit les moyens d'accéder à de nouvelles sources de données, agrégées de manière valide, permettant des analyses comparatives ou des analyses plus riches. / Medical information collected during clinical care must be re-used to address other more collective goals. In this context of re-using data from a clinical information system for epidemiological research, the objective of this work is to study the contribution of semantic interoperability across a number of practical situations we have met and discussed which illustrate the nature of semantic consistency problems associated with processing of medical data.Coexistence at a given time, of several semantic repositories should not be considered as an obstacle to interoperability. Generic tools can be designed and developed to move seamlessly from one component to another with as little loss of information as possible. The Unified Medical Language System (UMLS) is one of the semantic integration tools. Its use in this work shows the generality of this method and its potential for solving this class of semantic interoperability problems.The richness of each of the terminology can, when combined into a single pivot semantic repository, enrich the set of terminologies individually for a better representation of knowledge.Semantic interoperability improves the availability and quality of reusable data for public health research. It also enriches existing data. It provides access to new sources of data, aggregated in a valid manner, allowing benchmarking or richer analysis.

L’objet principal de cette thèse concerne le Dossier Patient Informatisé (DPI) dans les hôpitaux, et plus particulièrement les difficultés d’usage après la phase d’implémentation. Notre démarche visait à concevoir, à partir des connaissances académiques en Système d’Information, une méthode permettant aux acteurs de terrain d’agir sur une problématique spécifique. Concrètement nous cherchions à savoir comment améliorer les situations de « misfit », c’est à dire les situations dans lesquelles les professionnels de santé considèrent l’usage du DPI comme inadapté à leur métier. Pour ce faire, nous avons cherché à comprendre le bilan mitigé du DPI dans la littérature en utilisant les travaux d’Adler & Borys (1996) sur le caractère dual de la formalisation du travail induite par la technologie (habilitante ou coercitive). Une technologie habilitante permet de positionner un utilisateur comme source de solutions, alors qu’une technologie coercitive tend à le considérer comme source de problèmes. Dans le premier manuscrit portant sur l’autonomie des professionnels de santé face au système d’information hospitalier, nous avons conclu sur la nécessité d’une formalisation de type habilitante pour améliorer l’usage du DPI. Dans le deuxième manuscrit, nous avons montré que dans les exemples d’expériences négatives du Dossier Patient Informatisé rapportés dans la littérature, il était possible de mettre en évidence les différents aspects d’une formalisation coercitive. Pour argumenter sur le caractère dual de la formalisation du travail induite par le DPI, nous avons rapporté dans le troisième manuscrit une étude empirique illustrative. Nos données montrent que pour un même DPI, dans un même hôpital, il peut exister des îlots de formalisation habilitante. En sortant du seul domaine d’application de la santé, nous avons approfondi les travaux sur la conceptualisation du misfit entre processus d’affaires et Système d’Entreprise (SE) de Strong & Volkoff de 2010, en utilisant les concepts d’affordance et d’actualisation d’affordance utilisés par les mêmes auteurs en 2013 et 2014. Le quatrième manuscrit présente donc un modèle original permettant d’analyser l’usage des technologies de l’information pour un processus d’affaires donné sous la forme d’une combinaison d’actualisations, de non-actualisation ou d’actualisations partielles de multiples affordances du système d’entreprise par de multiples acteurs. Dans une perspective réaliste critique, le misfit est alors la perception par un individu ou un groupe d’individus que cette combinaison ne répond pas à l’ensemble ou à une partie des objectifs du processus de façon satisfaisante. Nous rapportons ensuite comment, dans le cadre d’une recherche-action, nous avons utilisé ce modèle pour améliorer l’usage d’un DPI en post-implémentation dans un hôpital. L’analyse d’une situation de misfit selon notre méthode permet une recombinaison, en recherchant une suite cohérente d’ajustements techniques et organisationnels acceptables pour toutes les parties prenantes et dont l’agencement permet bien la disparition du misfit initial, mais aussi de l’ensemble des misfits révélés pendant l’analyse. Cette recombinaison aboutit alors à une formalisation du travail présentant toutes les caractéristiques d’une formalisation habilitante.La discussion de la thèse aborde les conditions du succès de la méthode, le choix des situations sur lesquelles l’appliquer et les perspectives de recherche qui en découlent. / The main focus of this thesis is the Electronic Patient Record (EPR) in hospitals, and more particularly the difficulties of use after the implementation phase. Our approach aimed to design, with the academic knowledge of Information Systems, a method allowing field actors to act on this specific issue. In concrete terms, we were looking for ways to improve "misfit" situations, i.e. situations in which health professionals consider the use of EPR to be unsuitable for their profession. To do this, we sought to understand the mixed record of EPR use reported in the professional literature, by using the dual nature (enabling or coercive) of technology-induced work formalization (Adler & Borys, 1996). Enabling technology allows a user to be positioned as a source of solutions, while coercive technology tends to consider them as a source of problems. In the first manuscript on the autonomy of health professionals in relation to the hospital information system, we concluded that an enabling formalization is needed to improve the use of EPR. In the second manuscript, we showed that in the examples of negative experiences of the EPR reported in the literature, it was possible to highlight the different aspects of coercive formalization. To argue on the dual nature of the formalization of work induced by EPR, we have reported in the third manuscript an illustrative empirical study. Our data show that for the same EPR, in the same hospital, there may be islets of enabling formalization.Moving beyond the health field of application alone, we have further developed Strong & Volkoff's 2010 conceptualization of the misfit between business process and Enterprise System (ES), using the concepts of affordance and affordance-actualization used by the same authors in 2013 and 2014.The fourth manuscript therefore presents an original model for analyzing the use of information technology for a given business process in the form of a combination of actualizations, non-actualizations or partial actualizations of multiple affordances of the enterprise system by multiple actors. From a critical realistic perspective, misfit is then the perception by an individual or group of individuals that this combination does not satisfactorily meet all or some of the objectives of the process.We then report on how we used this model to improve the use of EPR in post-implementation in an action research project. The analysis of a misfit situation according to our method allows a recombination, by seeking a coherent sequence of technical and organizational adjustments acceptable to all stakeholders and whose arrangement allows the disappearance of the initial misfit, but also of all the misfits revealed during the analysis. This recombination then leads to a formalization of the work that has all the characteristics of an enabling formalization.The discussion of the thesis addresses the conditions for the success of the method, the choice of situations on which to apply it and the resulting research perspectives.