Orientador: Prof. Dr.Fernando Luis Semião da Silva / Tese (doutorado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Física, 2015. / A presente tese de doutorado tem como principal objetivo empregar luz quantizada para o controle e medida em sistemas complexos como em um conjunto de cromóforos, e em um condensado de Bose-Einstein. Em especial, desenvolvemos formalismos de pulsos e equações mestras aplicáveis a esses sistemas e utilizamos teoria de estimativa quântica para determinar quantidades atômicas relevantes de maneira indireta (medindo propriedades da luz). Também empregamos técnicas variadas para obtenção de equações mestras para estudar diferentes problemas envolvendo interação de luz quântica com matéria. Em um caso, obtivemos uma equação mestra microscópica para o estudo de dois sistemas de dois níveis acoplados no espaço livre, e mostramos como a equação mestra microscópica desse sistema se distingue de equações fenomenológicas para o mesmo. Por fim, também discutimos a obtenção de uma equação mestra para o estudo de transferência de emaranhamento entre o campo eletromagnético quantizado e complexos Fenna-Matthews-Olson localizados em cavidades óticas distintas. / The main aim of the present Ph.D. thesis is to employ quantized light to control and measurement of complex systems such as a set of chromophores and a Bose- Einstein condensate in a double well. Specifically, we develop a formalism for pulses and master equations that can be applied to those systems and use quantum estimation theory to get information on relevant parameters in atomic system in a indirect way (measuring light properties). We also employ varied techniques for the obtention of master equations to study different problems involving the interaction of quantum light and matter. We obtained a microscopic master equation for the study of two coupled two-level systems in the free space, and we showed how the microscopic master equation of this system distinguish from the phenomenological ones. Finally, we also discuss the obtention of a master equation for the study of the transference of entanglement between the quantized electromagnetic field and the Fenna-Matthews-Olson complex localized in distinct optical cavities.