Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciencias Fisicas e Matematicas / Made available in DSpace on 2012-10-16T04:37:34Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2016-01-08T17:07:35Z : No. of bitstreams: 1 82132.pdf: 1912542 bytes, checksum: e979a79daab65a77ad435777a79aedda (MD5) / Através de modificações estruturais na molécula actofenona xantoxilina, um produto natural ativo como antiespasmódico e isolado de folhas e ramos jovens de Sebastiana schottiana (Euforbiacea) com bons rendimentos, foram obtidos vários derivados que foram testados no íleo isolado de cobaia contraído pelo acetilcolina. Os resultados farmacológicos demonstraram que vários compostos foram mais potentes do que a própria xantoxilina, sugerindo que o grupo carbonila é essencial para a atividade antiespasmódica. O uso do método manual proposto por Topliss permitiu avaliar quantitativamente a correlação entre a estrutura química dos derivados benzilados e suas ações farmacológicas, cujos resultados indicaram que fatores eletrônicos e fatores hidrofóbicos são importantes para a atividade antiespasmódica destes compostos.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-06-25T14:55:47Z No. of bitstreams: 1 2013_NadiaMeloBorges.pdf: 1886000 bytes, checksum: 863cf22f9bb2753321604c402b7d6af0 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-06-26T12:25:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_NadiaMeloBorges.pdf: 1886000 bytes, checksum: 863cf22f9bb2753321604c402b7d6af0 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-26T12:25:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_NadiaMeloBorges.pdf: 1886000 bytes, checksum: 863cf22f9bb2753321604c402b7d6af0 (MD5) / Este trabalho foi dividido em duas partes, primeiro determinamos curvas de energia potencial (CEP) do sistema molecular He2, no estado eletrônico fundamental, usando função de base aug-cc-pv6z e dois métodos distintos: MRCI (do inglês "multireference configuration interaction") e MRCI+Q (do inglês "multireference configuration interaction with Davidson correction"). Em seguida, estas energias foram ajustadas usando a forma analítica de Rydberg generalizada de graus variando entre 4 e 10. De posse desses ajustes, calculamos a energia do primeiro nível vibracional (v = 0) desse sistema resolvendo a equação de Schrödinger nuclear. Através desses cálculos verificamos que o primeiro nível vibracional se encontra acima do limite da energia de dissociação do sistema He2. Este resultado corrobora para o fato da não existência de estados ligados no estado fundamental para a molécula He2. Na segunda parte deste trabalho, testamos as CEPs obtidas por Wang e colaboradores para as moléculas homonucleares envolvendo os gases nobres Ne (Ne2), Ar (Ar2), Kr (Kr2) e Xe (Xe2). Para tanto, foram calculados as energias vibracionais para essas CEPs. Os resultados obtidos concordaram muito bem tanto com os resultados experimentais como os teóricos existentes na literatura. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / This work were divided in two parts, first we determined the He2 ground state potential energy curves (PEC) using the MRC’I (Multireference configuration interaction) and MRCI+Q (Multireference configuration interaction with Davidson correction) levels of calculations and aug-cc-pv6z basis set. These energies were fitted to Rydberg generalized analytical function with degrees varying from 4 to 10. Through these analytical functi¬ons, the first, vibrational energy (v = 0) was calculated solving the nuclear Schroodinger equation. It was verified that this level (v = 0) is localized above at the He2 dissociation limit. This fact suggests the absence of bound states to the electronic ground state of lie-2 molecule. In the second part of this study, we tested the CEPs built by Wang and collaborators for homonuclear molecules involving noble gases Ne (Xe2), Ar (Ar2), Kr (Kr2) and Xe (Xe2). This test consisted in the calculation of the vibrational energies for these PECs. The obtained results agreed very well with both experimental and theoretical results found in the literature.

Resumo: A apocinina, um métoxi-catecol (MC) extraído das raízes da planta Picrorhiza kurroa, é um eficiente inibidor do complexo NADPH oxidase (NOX) e seu mecanismo de ação está relacionado à inibição da agregação dos componentes enzimáticos e à oxidação catalisada por peroxidases. Estudamos a relação estrutura-atividade da apocinina e de metóxi-catecóis correlatos, na inibição da NOX. Com a função de alterar o potencial de redução das moléculas estudadas, escolhemos MC com grupos adicionais aceptores (MC-A) ou doadores de elétrons (MC-D) na posição para, em relação à hidroxila da molécula de apocinina. Os MC-D inibiram mais fracamente a ativação da NOX em neutrófilos ativados quando comparados aos MC-A. Acreditamos que isso se deva à fraca reatividade destes compostos com grupamentos sulfidrila de proteínas, assim, os MC-D são incapazes de oxidar grupos essenciais aos componentes citosólicos da enzima e desta forma, inibir sua ativação. A diapocinina, metabólito gerado após a oxidação da apocinina por peroxidases, foi sintetizada e avaliamos seus efeitos em neutrófilos e leucócitos mononucleares ativados quanto à inibição da ativação da NOX e em leucócitos mononucleares, em relação à liberação de citocinas e expressão do RNAm do componente de membrana gp91phox. Encontramos que a apocinina e a diapocinina inibiram os três fenômenos estudados, embora a diapocinina o tenha feito de modo mais eficiente. Acreditamos que isto possa estar relacionado ao efeito supressor da apocinina e diapocinina sobre a ativação da NADPH oxidase / Abstract: Apocynin, a methoxy catechol (MC) extracted from the roots of Picrorhiza kurroa has been used as an efficient inhibitor of the NADPH oxidase (NOX) complex and its mechanism of action involves the impairment of the assemble process of the enzyme. Here, we studied the structure-activity relationship for apocynin and analogous ortho-methoxy-substituted catechols as inhibitors of the NADPH oxidase. Aiming to alter the reduction potential, the ortho-methoxy-catechol moiety was kept constant and the substituents at para position related to the hydroxyl group were varied. Two series of compounds were employed: methoxy-catechols bearing electron-withdrawing groups (MC-W) and methoxy-catechol bearing electron-donating groups (MC-D). We found that MC-D were weaker inhibitors of the NOX complex in stimulated neutrophils compared to MD-W. We suggest that there is a close relationship between the weak reactivity of MC-D compounds with sulfhydryl residues of proteins and there incapacity in inhibiting NOX activation. Diapocynin is a product generated by peroxidase oxidation of apocynin. Here we synthesized diapocynin and compared its efficacy as NOX inhibitor in peripheral blood mononuclear cells (PBMC) and neutrophils in relation to apocynin. Both drugs were also studied in cytokine release and its influence on gp91phox mRNA expression. We found that diapocynin was a more efficient inhibitor of NOX activation, gp91phox mRNA expression and cytokine release than apocynin. We suggest that these findings could be related to NOX inhibition process / Orientador: Valdecir Farias Ximenes / Coorientador: Luiz Marcos da Fonseca / Banca: Dulce Helena Siqueira Silva / Banca: Paulo Inácio da Costa / Banca: José Carlos Rebuglio Vellosa / Banca: Cleni Mara Marzocchi Machado / Doutor

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, 2008. / Submitted by Ruthléa Nascimento (ruthlea@bce.unb.br) on 2008-10-21T17:23:55Z No. of bitstreams: 1 2008_AlessandraSofiaKiametis.pdf: 490266 bytes, checksum: 598e22f6a76e8154d526ff23ac5543ae (MD5) / Approved for entry into archive by Georgia Fernandes(georgia@bce.unb.br) on 2008-11-28T13:10:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_AlessandraSofiaKiametis.pdf: 490266 bytes, checksum: 598e22f6a76e8154d526ff23ac5543ae (MD5) / Made available in DSpace on 2008-11-28T13:10:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_AlessandraSofiaKiametis.pdf: 490266 bytes, checksum: 598e22f6a76e8154d526ff23ac5543ae (MD5) / Este trabalho apresenta as constantes espectroscópicas rovibracionais para o íon molecular H+ 2 nos estados eletrônicos 1sσ, 5fπ, 5gπ, 6iπ, 6iφ and 7iσ. As energias eletrônicas do H+ 2 foram obtidas via solução da equação de Hamilton-Jacobi. Estas energias foram ajustadas através das funções de Rydberg generalizada e polinômios em coordenadas Bond Order. A partir das formas analíticas, as constantes espectroscópicas rovibracionais para os estados eletrônicos em estudo foram calculadas utilizando-se dois procedimentos distintos. O primeiro consiste em combinar as energias rovibracionais determinadas via solução da equação de Schrödinger nuclear com a equação espectroscópica. O segundo refere-se ao método de Dunham. Os resultados obtidos para o sistema H+ 2 no estado 1sσ estão completamente de acordo com os dados experimentais. ________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / This work presents the rovibrational spectroscopic constants of the molecular ion H+ 2 in the eletronic states 1sσ, 5fπ, 5gπ, 6iπ, 6iφ and 7iσ. The H+ 2 eletronic energies were obtained from solution of Hamilton-Jacobi equation. The calculated energies were fitted using the extended Rydberg functions and polynomials in Bond Order coordinates. From the analytical forms, we evaluated the H+ 2 rovibrational spectroscopic constants, for all electronic states describe above, using two different procedures. The first was obtained combining the rovibrational energies, calculated through nuclear Schrodinger equation, and a spectroscopic equation. The second was determined using the Dunham method. The results obtained for the H+ 2 system in the eletronic state 1sσ are in a good agreement with the experimental data.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2012. / Submitted by Gabriela Botelho (gabrielabotelho@bce.unb.br) on 2012-06-29T13:12:56Z No. of bitstreams: 1 2012_MurieleTabordaLottermann.pdf: 2431324 bytes, checksum: 6ce4316335a6c074d43d053cafea80ce (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-29T14:10:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_MurieleTabordaLottermann.pdf: 2431324 bytes, checksum: 6ce4316335a6c074d43d053cafea80ce (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-29T14:10:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_MurieleTabordaLottermann.pdf: 2431324 bytes, checksum: 6ce4316335a6c074d43d053cafea80ce (MD5) / A crise energética que vem atualmente sendo estabelecida mundialmente deve-se principalmente à elevação de preços e escassez de fontes de petróleo. Em virtude disso, novas fontes para a produção de combustíveis tem sido exploradas, entre elas, o amido para a produção de bioetanol. Para fermentação alcoólica o amido deve ser clivado para liberação das moléculas de glicose presentes em sua estrutura. Uma das enzimas necessárias nesse processo é a α-amilase, responsável pela hidrólise das ligações α-1,4 do amido liberando maltose e oligossacarídeos. Neste trabalho apresentamos estudo biofísico e estrutural de uma α-amilase (Amy1), proteína da levedura Cryptococcus flavus, expressa em Saccharomyces cerevisiae. A Amy1 foi obtida a partir do crescimento da levedura recombinante por 72 horas em meio de cultura com extrato de levedura como fonte de nitrogênio e purificada por cromatografia de troca iônica e de exclusão molecular. Essa enzima apresenta atividade ótima em pH 5,5. Estudos de dicroísmo circular (CD) da Amy1 recombinante em comparação com a proteína selvagem mostraram que a expressão em um organismo diferente não alterou significativamente a estrutura da α-amilase recombinante. A estrutura secundária da Amy1 recombinante em água a 25°C é constituída de 9,1% de α-hélice e 32,7% de folhas-β e da Amy1 selvagem de 8,2% de α-hélice e 34,7% de folhas-β. Nenhuma das proteínas apresentou padrão de desnaturação com a elevação da temperatura até 95°C, indicando a estabilidade estrutural dessas moléculas. Estudos de atenuação de fluorescência, utilizando atenuadores carregados e neutros e ajustes de Stern-Volmer, revelaram que a proteína recombinante apresenta uma população de triptofano predominantemente semi-enterrada. O microambiente desse aminoácido é parcialmente carregado positivamente, indicado pelos valores das constantes de Stern-Volmer (Ksv) obtidas para a partir da atenuação de fluorescência pela acrilamida, cloreto de césio e iodeto de potássio, nos pHs 5,5; 7,0 e 9,0. Mudanças conformacionais da proteína ocorrem em pHs neutro e alcalino levando a inativação da enzima. No entanto, as mudanças ocorridas em pH 5,5 são importantes para o aumento da atividade catalítica dessa enzima. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The energy crisis currently established worldwide has been the main motivation to explore new sources for fuel production, as starch used for bioethanol. In this process the α-amylase, responsible for the hydrolysis of the starch α-1-4 covalent bonds, is used to release maltose and oligosaccharides. Here, we present structural and biophysical studies of the α-amylase (Amy1) from yeast Cryptococcus flavus, expressed in Saccharomyces cerevisiae. The Amy1 was obtained from recombinant yeast in culture medium for 72 hours with yeast extract as nitrogen source. The enzyme was purified by ion exchange and molecular exclusion chromatography and presents optimal activity in pH 5.5. Structural studies using circular dichroism (CD) spectroscopy showed that recombinant and wild type amylases (Amy1) are structurally similar. The secondary structure content of recombinant and wild Amy1 in water at 25°C consists of 9.1% and 8.2% α-helix, 32.7% and 34.7% β-sheet, respectively. The amylases were characterized as thermal stable proteins, since none denaturation profile was observed under increasing temperature up to 95°C. Fluorescence decay studies using charged and neutral quenchers and Stern-Volmer approximation revealed that the recombinant protein has a population of tryptophan predominantly semi-buried. The tryptophan microenvironment is partially positively charged, indicated by the values of the Stern-Volmer constant (KSV) obtained from attenuation of fluorescence by acrylamide, cesium chloride and potassium iodide at pH 5.5, 7.0 and 9.0. Protein conformational changes occur in neutral and alkaline pH leading to inactivation of the enzyme. However, at pH 5.5 these conformational changes are important for increasing the catalytic activity of this enzyme.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-03-27T13:14:21Z No. of bitstreams: 1 2012_AlessandraSofiaKiametis.pdf: 12579290 bytes, checksum: a110ee337316c3fde86e0f0a0a81a997 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-03-27T13:56:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_AlessandraSofiaKiametis.pdf: 12579290 bytes, checksum: a110ee337316c3fde86e0f0a0a81a997 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-27T13:56:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_AlessandraSofiaKiametis.pdf: 12579290 bytes, checksum: a110ee337316c3fde86e0f0a0a81a997 (MD5) / A doença de Alzheimer é a principal causa de demência entre pessoas com mais de 65 anos de idade. Embora sua etiologia não seja completamente conhecida, a diminuição dos níveis de acetilcolina tem sido associada fisiopatologia da doença. A hipótese colinérgica é uma linha terapêutica baseada no aumento do nível de acetilcolina por inibição reversível da enzima acetilcolinesterase (AChE). O presente trabalho tem como objetivo propor possíveis candidatos a inibidores da AChE, concebidos a partir dos derivados fenólicos do líquido da castanha de caju, por meio de modelagem molecular no âmbito da mecânica quântica. Para tanto, várias propriedades eletrônicas importantes no reconhecimento molecular pela enzima foram calculadas para os compostos estudados usando-se o nível de cálculo B3LYP e funções de base 6-311+G(2d.p). A análise de componentes principais revela que alguns destes compostos estão correlacionados com o donepezil, fármaco de atividade biológica conhecida. __________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Alzheimer's disease is the leading cause of dementia among people over 65 years of age. Although its etiology is not fully known, the decreased levels of acetylcholine has been linked to the pathophysiology of the disease. The cholinergic hypothesis is a line therapy based on increasing the level of acetylcholine by reversible inhibition of the enzyme acetylcholinesterase (AChE). This paper aims to propose possible candidates to AChE inhibitors, designed from the liquid phenolic derivatives of cashew, through molecular modeling in the context of quantum mechanics. To this end, several electronic properties important for the molecular recognition by the enzyme were calculated for the compounds studied using the B3LYP level of calculation and basis set functions 6-311+G(2d,p). The principal components analysis reveals that some of these compounds are correlated to donepezil, a drug with known biological activity.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2008. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-04-16T21:45:32Z No. of bitstreams: 1 2008_AdelsonJoelSilva.pdf: 6538658 bytes, checksum: d53ab6d55ab999a7948e18c47fa70a1c (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-04-16T21:46:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_AdelsonJoelSilva.pdf: 6538658 bytes, checksum: d53ab6d55ab999a7948e18c47fa70a1c (MD5) / Made available in DSpace on 2011-04-16T21:46:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_AdelsonJoelSilva.pdf: 6538658 bytes, checksum: d53ab6d55ab999a7948e18c47fa70a1c (MD5) / "O inibidor de quimotripsina de Schizolobium parahyba (SPCI) pertence à família Kunitz, inibindo especificamente quimotripsina na proporção molar de 1:1 (Ki = 5,85 x 10-8 M). Este trabalho visa analisar as modificações conformacionais resultantes da associação entre o SPCI e a -quimotripsina por meio de métodos espectroscópicos de fluorescência (estacionária e dinâmica), dicroísmo circular e espalhamento de luz dinâmica (ELD); a cristalização do complexo binário SPCI-quimotripsina também foi realizada utilizando o método da matriz esparsa em gota sentada. O SPCI foi purificado pela precipitação com ácido tricloroacético 1,2% seguido por cromatografia de troca catiônica. A purificação do complexo binário foi realizada por cromatografia de exclusão molecular. O espectro da emissão na interação das moléculas apresentou atenuação da intensidade da fluorescência fixa a max = 332. O gráfico de Stern-Volmer apresentou KSV (103 M-1) praticamente constante em diferentes temperaturas, excluindo a hipótese de atenuação estática ou dinâmica. O decaimento de fluorescência do SPCI ( 1 = 0,67 ns e 1 = 0,52; 2 = 4,98 ns e 2 = 0,45) e da -quimotripsina ( 1 = 0,88 ns e 1 = 0,37; 2 = 4,16 ns e 2 = 0,67) foram melhores ajustadas pelo modelo Discreto e Planck para dois tempos de vida baseado no valor mínimo do 2. Os parâmetros obtidos indicam que a -quimotripsina apresenta duas populações distintas de triptofano: enterrada ( 1) e exposta ( 2); o decaimento bi-exponencial encontrado para o SPCI indica subestados conformacionais do triptofano no estado excitado. A interação do inibidor com a quimotripsina foi analisada através da clássica equação de Stern-Volmer. A interação provocou modificações conformacionais nos micro-ambientes dos triptofanos do complexo, aumentando (redução da hidrofobicidade) e atenuando (aumento da hidrofobicidade) o tempo de vida. Essa modificação foi dependente da concentração da enzima. Os cálculos para Kq (1012 M-1s-1) mostraram que a atenuação registrada pela fluorescência estacionária e dinâmica ocorre por ligação molecular. Os experimentos de ELD mostraram que o SPCI apresenta forma monomérica em solução, independente da concentração, pH e temperatura. Portanto, a atenuação do tempo de vida do complexo é devido provavelmente a estados oligoméricos mais complexos (tetrâmero) da enzima. A presença de NaCl 0,2 M reduziram os valores do tempo de vida para ambas as moléculas separadamente, provavelmente pela redução das interações dos triptofanos com os resíduos circunvizinhos. O sal potencializou a atenuação do tempo de vida acima de 20 M da enzima. A análise do papel das ligações dissulfeto na interação também foi realizada. O gráfico de Stern-Volmer mostrou flutuação ao longo da titulação da quimotripsina, sugerindo flexibilidade conformaconal do SPCI nessas condições. A desnaturação térmica do inibidor não foi possível, mostrando que as ligações dissulfeto não são responsáveis pela estabilidade estrutural do inibidor. As reduções dessas ligações promoveram modificações em valores percentuais na estrutura secundária, o que poderá explicar a flexibilidade conformacional registrada na flutuação gráfica de Stern-Volmer. O cristal do complexo binário do SPCI com -quimotripsina difratando a 2,8 Å foi obtido na condição MES/NaOH 100 mM pH 5.5, PEG 6000 20% (w/v), LiCl2 200 mM e sulfobetaína não-detergente 201 (NDSB-201) como aditivo." . _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / "The inhibitor of chymotrypsin Schizolobium parahyba (SPCI) belongs to the Kunitz family, specifically inhibit chymotrypsin at molar ratio of 1:1 (Ki = 5.85 x 10-8 M). This paper aims to analyze the conformational changes resulting from the association between the SPCI-chymotrypsin and by means of fluorescence spectroscopic methods (stationary and dynamic), circular dichroism and dynamic light scattering (SLS), the crystallization of binary SPCI-chymotrypsin complex was also performed using the sparse matrix method in sitting drop. The SPCI was purified by precipitation with trichloroacetic acid 1.2% followed by cation exchange chromatography. The purification of the binary complex was performed by size exclusion chromatography. The emission spectrum of the interaction of the molecules showed attenuation of the fluorescence intensity of fixed max = 332. The Stern-Volmer plot showed KSV (103 M-1) almost constant at different temperatures, without the possibility of static or dynamic attenuation. The decay of fluorescence of GSI (1 = 0.67 ns and 1 = 0, 52, 2 = 4.98 ns and 2 = 0.45) and-chymotrypsin (1 = 0.88 ns and a = 0.37, 2 = 4.16 ns and 2 = 0.67) were better adjusted by Discreet and Planck model for two life times based on the minimum value of 2. The parameters obtained indicate that a-chymotrypsin shows two distinct populations of tryptophan: buried (1) exposed and (2), the bi-exponential decay found for the GSI indicates conformational substates in the excited state of tryptophan. The interaction of the inhibitor with chymotrypsin was analyzed by the classical Stern-Volmer equation. conformational changes triggered interaction in micro-environments of the tryptophans in the complex, increasing (reducing hydrophobicity) and damping ( increased hydrophobicity) the lifetime. This modification was dependent on the concentration of the enzyme. Calculations for KQ (1012 M-1s-1) showed that the fluorescence decay recorded for stationary and dynamic molecular link occurs.'s experiments showed ELD SPCI presents the monomeric form in solution, independent of concentration, pH and temperature. Therefore, the attenuation of the lifetime of the complex is probably due to more complex oligomeric state (tetramer) of the enzyme. The presence of 0.2 M NaCl reduced values ​​of lifetime for both molecules separately, probably by reducing the interactions of tryptophans with the surrounding residues. Salt enhanced the attenuation of lifetime above 20 M of the enzyme. The analysis of the role of disulfide bonds in the interaction also was performed. The Stern-Volmer plot showed fluctuation along the titration of chymotrypsin, suggesting flexibility conformaconal of SPCI under these conditions. The thermal denaturation of the inhibitor was not possible, showing that the disulfide bonds are not responsible for the structural stability of the inhibitor. The reductions of these links have promoted changes in percentages of the secondary structure, which may explain the conformational flexibility in the fluctuation recorded graphic Stern-Volmer. The crystal of the binary complex with SPCI-chymotrypsin diffracting to 2.8 Å was obtained on condition MES / 100 mM NaOH pH 5.5, 20% PEG 6000 (w / v), 200 mM LiCl2 sulfobetaína non-detergent and 201 (NDSB-201) as an additive. "

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, 2008. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-06-21T13:46:54Z No. of bitstreams: 1 2008_ThiagoAlexandreMMatheus.pdf: 614872 bytes, checksum: e8f32f0083e3d39b398d25336f44edb4 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-06-21T13:47:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_ThiagoAlexandreMMatheus.pdf: 614872 bytes, checksum: e8f32f0083e3d39b398d25336f44edb4 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-06-21T13:47:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_ThiagoAlexandreMMatheus.pdf: 614872 bytes, checksum: e8f32f0083e3d39b398d25336f44edb4 (MD5) / O principal objetivo desse trabalho é a obtenção das constantes espectroscópicas rovibracionais para o íon molecular H2+ nos estados eletrônicos excitados 7j?, 8j?, 8k?, 7i? e 7j?. As energias eletrônicas do H2+ foram encontradas via solução da equação de Hamilton-Jacobi. As curvas de energia potencial geradas pelas energias eletrônicas foram ajustadas através de Funções de Rydberg Generalizadas. Após a obtenção destas formas analíticas, as constantes espectroscópicas rovibracionais dos estados eletrônicos em estudo foram calculadas através da utilização de dois procedimentos distintos. No primeiro, as constantes rovibracionais são determinadas combinando as soluções da equação de Schrödinger nuclear e uma equação espectroscópica. O segundo refere-se ao método de Dunham. Todos resultados obtidos para o sistema H2+ nos estados eletrônicos estudados concordam com os valores teóricos encontrados na literatura. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The main objective of this work is to obtain spectroscopic constants rovibracionais for the H2 + molecular ion in the excited electronic states 7j?, 8j?, 8K?, 7i? and 7j?. The electronic energies of H2 + have been found via the solution of the Hamilton-Jacobi equation. The curves of potential energy generated by electronic energies were adjusted by Rydberg generalized functions. After obtaining these analytical forms, the constant rovibracionais spectroscopic study of electronic states were calculated by using two separate procedures. At first, the constants are determined rovibracionais combining the solutions of the Schrödinger equation and an equation nuclear spectroscopy. The second refers to the method of Dunham. All results obtained for the system H2 + electronic states studied in agreement with the theoretical values ​​found in literature.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-10-16T11:25:06Z No. of bitstreams: 1 2013_ManuelaSwertsBatistaLeite.pdf: 2017082 bytes, checksum: 291d02a0409cb1eb39172518522f9905 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-10-16T12:53:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_ManuelaSwertsBatistaLeite.pdf: 2017082 bytes, checksum: 291d02a0409cb1eb39172518522f9905 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-16T12:53:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_ManuelaSwertsBatistaLeite.pdf: 2017082 bytes, checksum: 291d02a0409cb1eb39172518522f9905 (MD5) / Em eucariotos, o DNA é organizado na forma de cromatina, cuja estrutura é formada por complexos nucleoproteicos chamados nucleossomos. Na porção proteica dos nucleossomos, há uma região superficial denominada patch acídico, que é alvo de interação de diversas proteínas, tanto oriundas de agentes infecciosos quanto endógenas. O patch acídico participa do mecanismo de compactação da cromatina, processo que dita desfechos de importantes eventos celulares por restringir o acesso de fatores de transcrição e outras proteínas reguladoras ao DNA. Desequilíbrios em modificações estruturais da cromatina são cada vez mais relacionados a doenças. Os objetivos deste trabalho foram: (i) buscar condições de maior estabilidade das longas fibras de cromatina visando futuros estudos estruturais, usando agentes desidratantes (detergentes); (ii) busca por um peptídeo ideal, ligante do patch acídico. Utilizando longas fibras de cromatina reconstituídas in vitro, verificamos distintas ações de detergentes sobre as fibras. A presença de Triton X-100 possibilitou uma melhor reconstituição e formação de diferentes arranjos de nucleossomo in vitro. Além disto, o Triton X-100 mostrou-se como um desestabilizador térmico das longas fibras de cromatina. O CHAPS, por sua vez, não afetou a estabilidade das fibras reconstituídas in vitro. Concluímos que o CHAPS pode ser um bom candidato para uso em futuros estudos estruturais. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In eukaryotic cells, DNA is organized in the form of chromatin, which is formed by nucleoprotein complexes called nucleosomes. In the surface of the protein portion of the nucleosomes, there is a region known as acidic patch, which is the site of interaction of several proteins, both derived from infectious agents as endogenous. The acidic patch also participates in the mechanism of chromatin compaction, a process that dictates important outcomes of cellular events by restricting access of transcription factors and other regulatory proteins to DNA. Unbalances in chromatin structural modifications have been increasingly linked to diseases. The objectives of this study were: (i) find conditions under which long chromatin fibers gain stability, aiming future structural studies, using dehydrating agents (detergents); (ii) search for an ideal peptide, ligand of the acidic patch. Using long chromatin fibers reconstituted in vitro, we found distinct actions of detergents on the fibers. Triton X-100 led to an improved reconstitution and formation of different nucleosome arrays in vitro. Furthermore, Triton X-100 was a thermal destabilizing agent of the long chromatin fibers. CHAPS, in turn, did not affect the stability of the reconstituted fibers in vitro. We concluded that CHAPS might be a good candidate to be used in future structural studies.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Programa de Pós-graduação em Patologia Molecular, 2008. / Submitted by Suelen Silva dos Santos (suelenunb@yahoo.com.br) on 2011-05-02T18:17:45Z No. of bitstreams: 1 2008_AlessandraMenezesCampos.pdf: 1238572 bytes, checksum: dab07da7d1c9342e2084f202e412302b (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2011-05-13T14:45:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_AlessandraMenezesCampos.pdf: 1238572 bytes, checksum: dab07da7d1c9342e2084f202e412302b (MD5) / Made available in DSpace on 2011-05-13T14:45:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_AlessandraMenezesCampos.pdf: 1238572 bytes, checksum: dab07da7d1c9342e2084f202e412302b (MD5) Previous issue date: 2008 / A renina é uma aspartil protease sintetizada in vivo pela remoção proteolítica do pró-segmento amino-terminal de seu precursor, a pró-renina. A catepsina B, uma tiol protease, tem sido sugerida como candidata à enzima conversora de pró-renina devido à sua co-localização com a renina nos grânulos secretórios e também pela sua capacidade de processar a pró-renina em renina in vitro e em cultura de células. Vetores de expressão de pró-renina selvagem (WT) e mutantes foram co-transfectados com catepsina B em células hipofisárias de ratos GH4C1, que naturalmente não converte pró-renina em renina. Mutações pontuais foram utilizadas para identificar quais aminoácidos presentes no sítio de clivagem da pró-renina são reconhecidos pela catepsina B. Experimentos de pulse-chase foram realizados para rastrear se a pró-renina radiomarcada é capaz de seguir para os grânulos secretórios das células GH4C1. Para investigar se a pró-renina humana poderia ativar o promotor do Peptídeo Natriurético Cerebral (BNP) em cardiomiócitos de ratos neonatos, essas células foram co-transfectadas com o plasmídeo repórter BNP-luciferase com (ou sem) angiotensinogênio humano. Os cardiomiócitos foram co-incubados com as células não-aderentes U937 transfectadas com pró-renina humana WT ou mutantes (-1-2 ou +5). Os cardiomiócitos foram lisados 96 horas após a eletroporação para a análise de geração de luciferase. Células não-transfectadas U937 foram usadas como grupo controle. Captopril e Losartan (10-7 M) foram usados para testar a participação da enzima conversora de angiotensina (ECA) e dos receptores AT1. Os resultados demonstraram que mutações pontuais na metionina -3(M/A), lisina -2(K/A) e leucina +2(L/A) reduzem o processamento da pró-renina pela catepsina B. Além disso, a remoção da cadeia glicosídica na asparagina +5 aumenta a conversão de pró-renina, sugerindo que a glicosilação poderia impedir o processamento enzimático da pró-renina. Nos experimentos de pulse-chase, a pró-renina não foi direcionada aos grânulos secretórios e a presença de catepsina B não alterou esse resultado, indicando que o processamento de pró-renina provavelmente ocorre fora dessas organelas. A pró-renina WT secretada pelas células U937 é capaz de ativar o promotor do BNP em cardiomiócitos de ratos transfectados com angiotensinogênio humano. O par de aminoácidos básicos arginina-lisina e a cadeia glicosídica +5 parecem ser tão importantes quanto a atividade enzimática da ECA e os receptores AT1 para a ativação do promotor do BNP em cardiomiócitos de ratos neonatos. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Renin is an aspartyl protease synthesized in vivo by proteolytic removal of amino-terminal prosegment of its precursor, prorenin. Cathepsin B, a thiol protease, has been proposed to be a good candidate for prorenin processing enzyme because of its co-localization with renin in secretory granules and also by its ability to activate prorenin in vitro and in cell culture. It was co-transfected vectors expressing wild type and mutant prorenins with cathepsin B in rat pituitary GH4C1 cells, which normally do not activate prorenin into renin unless cotransfected with a prorenin processing enzyme. Scanning mutagenesis was used to identify which amino acids at prorenin cleavage site are specifically recognized by cathepsin B. Pulsechase experiments were performed to follow whether radiolabeled prorenin is sorted to secretory granules. To investigate whether human prorenin could activate the Brain Natriuretic Peptide promoter (BNP) in neonatal rat cardiomyocytes, these cells were cotransfected with a reporter gene BNP-luciferase associated or not with a human angiotensinogen. The cardiomyocytes were co-incubated with no adherent U937 cells transfected with human prorenin wild type (WT) or mutants (-1-2 or +5). Cardiomyocytes were lysated 96 hours after electroporation for luciferase generation analysis. No transfected U937 cells were used as a control group. Captopril and Losartan at 10-7 M were used to test angiotensin converting enzyme (ACE) and AT1 receptors participation in this process. The results demonstrated that single mutations at - 3 methionine (M/A), -2 lysine (K/A) and +3 leucine (L/A) reduced prorenin processing by cathepsin B. Moreover, removal of N-linked oligosaccharides at +5 asparagine enhanced prorenin conversion by cathepsin B, showing that glycosylation seems impair enzymatic prorenin processing. In pulse-chase experiments, prorenin was not targeted to secretory granules and cathepsin B co-transfection did not changed this sorting, indicating that prorenin processing probably occurs outside these organelles. These findings suggest that cathepsin B removes prorenin prosegment at correct cleavage site and this proteolysis occurs outside the dense core granules. Prorenin WT secreted by U937 cells could activate the BNP promoter in rat cardiomyocytes transfected with human angiotensinogen. Dibasic arginine-lisine prorenin amino acids and N-linked glycosilation seems to be important as well as ACE enzymatic activity and AT1 receptors for BNP promoter activation.