Dans une première partie, ce mémoire retrace la trajectoire institutionnelle qui structure la réalisation de recherches en économie dans l'accompagnement des transformations techniques des agricultures vivrières des pays du sud depuis 1991. Elle s'organise en trois chapitres. Le premier rappelle les différents Laboratoires et localisations géographiques (Afrique sub-saharienne, Caraïbes, Amérique Latine). Le deuxième souligne les postures institutionnalistes qui ont marqué l'orientation de mes activités de chercheur : implications dans l'orientation de la recherche agronomique, l'organisation des filières, les politiques publiques, la formation de capital humain. Enfin le troisième chapitre présente les principaux résultats en terme de publications, d'encadrements et d'animations scientifiques. Nous explorons dans la deuxième partie les référentiels institutionnalistes de l'économie de l'innovation pour proposer une grille d'analyse sectorielle des changements techniques dans les filières agricoles et agro-alimentaires des pays du sud. La mobilisation de cette grille sur nos travaux apporte une compréhension des déterminants territoriaux et organisationnels des trajectoires technologiques des agricultures vivrières. Les impasses environnementales et sociales de ces trajectoires sont caractérisées au regard des enjeux de développement qui interpellent l'agriculture vivrière des pays du sud. Elles conduisent à explorer les perspectives d'un changement de paradigme fondé sur une intensification écologique des fonctions de production. Cette orientation souligne en quoi les conditions d'accès aux marchés en terme de normes et d'organisation des filières conditionnent la capacité à mobiliser les ressources nécessaires à des changements techniques : ressources tangibles et cognitives. Le référentiel de l'économie de la connaissance montre alors comment les processus d'innovation qui actionnent l'intensification écologique impliquent l'émergence de systèmes d'innovation. Il est alors démontré en quoi les travaux présentés et le projet de recherche proposé contribuent à la structuration de ces systèmes d'innovation dans les pays du sud.