Le littoral est l’objet d’une contamination chimique chronique par de nombreux polluants (résidus de pesticides, résidus médicamenteux, métaux lourds…), qui sont toxiques et qui sont impliqués dans des problématiques de santé publique et de dégradations environnementales. Certains contaminants agissent à faibles doses, tandis que d’autres induisent des effets cocktails redoutables sur les organismes. Les principaux contaminants sont régulièrement dosés dans différents points stratégiques liés à la ressource en eau, surtout celle de distribution et dans certains aliments. Mais face au foisonnement des contaminants qui sont déversés dans l’environnement, il n’existe aucun système de veille efficace qui tienne compte de l’étendue réelle du problème. Par ailleurs, contrairement à ce qui existe pour l’homme, il n’y a pas de démarches finalisées et normalisables pour évaluer l’état de santé des invertébrés aquatiques, alors qu’ils représentent plus de 95% de la biodiversité. L’objectif de ce travail de thèse interdisciplinaire a consisté à évaluer l’impact des polluants chimiques sur des espèces littorales (frange littorale et zones portuaires). Un premier champ d’études a visé à mettre au point des méthodes efficaces pour évaluer la contamination des bivalves par des polluants organiques et inorganiques (volet écotoxicologie) ; un second volet a eu pour but d’analyser les effets biologiques des polluants en développant une utilisation conjointe de plusieurs biomarqueurs (volet écophysiologie). Ainsi, à l’image de ce qui est fait en santé publique, ce projet de thèse a défini pour la première fois plusieurs démarches analytiques et statistiques pour le suivi de la qualité de l’eau en milieu littoral. / The coastline faces chronic chemical contamination due to numerous toxic pollutants (residues of pesticides and medicines, heavy metals, etc.) causing public health issues and environmental degradation. Whereas some contaminants are efficacious at low doses, others lead to dangerous cocktail effects on organisms. The main contaminants are assayed regularly among strategic stages linked to water resource. There is a particular focus on supply and food. Nonetheless, due to the proliferation of contaminants released in the environment, there is no effective monitoring system taking the real extent of the problem into consideration. Moreover, unlike existing methods for humans, there is no finalised or standardised approach to assessing the health of state of aquatic invertebrates, while they represent more than 95% of the biodiversity. The purpose of this thesis work involving interdisciplinary research was to evaluate the pollution impacts on the coastline species (coastal fringe and port areas). A first part of the study aimed at designing effective methods of contamination assessment on bivalves by organic and inorganic pollutants (ecotoxicology). Another part focused on analysing biological effects of pollutants by developing a joint use of several biomarkers (ecophysiology). Thus, like work carried out by public health, this thesis project defined for the first time several analytical and statistical steps on monitoring the state of health of marine organisms and the water quality in coastal areas.