L’évaluation de l’état écologique des rivières est régie par l’application de protocoles sur le terrain et au laboratoire. Ceux-ci induisent de nombreuses incertitudes tant naturelles qu’humaines. L’objectif de cette thèse est (1) d’étudier l’impact de certaines incertitudes sur les indices biologiques basés sur les macroinvertébrés et les macrophytes en rivière, (2) de les estimer et (3) d’observer leur propagation jusqu’à l’évaluation de la qualité écologique des rivières. Pour les macroinvertébrés, nous nous sommes intéressés à l’impact de la variation intra-substrat et à l’effet des variabilités liées aux compétences de l’opérateur dans les indices IBGN, IBG DCE et I2M2. Pour les macrophytes, nous nous sommes focalisés sur l’effet opérateur dans l’IBMR. Des variations des indices ont été observées jusqu’à conduire à une évaluation globale erronée. Des solutions correctives peuvent être proposées afin de réduire les effets des sources de variabilités étudiées. / Ecological status assessment in waterbodies depends on standards application in the field and in the laboratory. They induce many uncertainties associated to natural or human variabilities. The aim is (1) to study the effect of some uncertainties on french indices based on macroinverterbrates and macrophytes, (2) to estimate them, and (3) to observe their propagation on final ecologica lstatus. Concerning macroinvertebrates, we are interested in the intrasubstrate variability and the surveyor effect in IBGN, IBG DCE and I2M2. Concerning the macrophytes, we focus on surveyor impact in IBMR. Indices variation appears and could lead to ecological status changes. Control quality approach could be proposed to reduce uncertainties effects.