Nous avons étudié le rôle des éléments génétiques mobiles (EGM) dans l’évolution et la virulence de Streptococcus agalactiae, bactérie pathogène opportuniste responsable d'infections chez l’homme. La structure génétique de la population a été analysée par multilocus sequence typing à partir d’un souchier représentatif de la diversité de l’espèce. La distribution de 11 EGM (sept séquences d’insertion, trois transposases, un intron) a été confrontée à la structure de la population. Cette confrontation a permis i) de démontrer que l’acquisition des EGM corrélait avec l’évolution de l’espèce, ii) de proposer une hypothèse de la chronologie d’acquisition des EGM, iii) d’identifier certains EGM comme marqueurs de l’écosystème d’origine des souches, et iv) de conforter l’hypothèse de l’émergence du clone humain invasif CC17 à partir d’un ancêtre bovin. Nous avons également cartographié les copies des EGM présentes sur le génome de S. agalactiae, puis nous avons identifié huit nouveaux sites d’insertion, dont deux sont significativement associés à l’origine écologique de la souche. / We studied the role of mobile genetic elements (MGE) on the evolution and the virulence of Streptococcus agalactiae, an opportunistic bacterium responsible for human infections. The genetic population structure was analyzed by multilocus sequence typing using a collection representative of the species diversity. The distribution of 11 MGE (seven insertion sequences, three transposases, one intron) was compared to the population structure. We demonstrated that the MGE prevalence strongly correlates with the genetic lineages. We proposed an evolutionary scheme for the acquisition of the MGE. Several MGE appeared to be markers of the origin of the strains. MGE analysis brought evidence for a bovine origin of the human virulent clone CC17. We also identified the position of the MGE copies on the S. agalactiae genome and we identified eight new MGE insertion sites, from which two were significantly associated with the ecological origin of the isolates.

Mycoplasma agalactiae est responsable de l'agalactie contagieuse, maladie des petits ruminants difficilement contrôlée et figurant sur la liste de l’OIE. Afin d’évaluer la diversité génétique de ce pathogène, 101 isolats ont été comparés par trois techniques (VNTR, RFLP, répertoire vpma). Les résultats révèlent une grande homogénéité génétique dont la souche type PG2 est représentative. Quelques isolats font exception telle la souche 5632 que nous avons séquencée et analysée ici. La comparaison des génomes et des protéomes entre 5632 et PG2 indiquent que la plasticité de ces génomes est liée à d’importants échanges d'ADN et à la présence de nombreux éléments génétiques mobiles (10% du génome). Ces analyses révèlent également une forte dynamique au sein de répertoires de gènes codant des protéines de surfaces. Pour les mycoplasmes, bactéries minimales dépourvues de paroi, ces évènements ont certainement joués un rôle dans leur survie et leur adaptation à des hôtes complexes. / Mycoplasma agalactiae is responsible of contagious agalactia, a disease of small ruminants that is still difficult to control and is listed by the OIE. In order to evaluate the genetic diversity of this pathogen, 101 isolates were compared using three techniques (VNTR, RFLP, vpma repertoire). Results revealed a high genetic homogeneity with the PG2 type strain as representative. Some isolates however diverged such as the 5632 which was sequenced and analysed here. Whole comparative genomic and proteomic analyses of the 5632 and PG2 strains indicate that their genomic plasticity resides in important genes flux and in the presence of several mobile genetic elements (10% of the genome). These analyses also revealed that specific loci encoding repertoire of surface proteins are highly dynamic. For these minimal bacteria that lack a cell-wall, these events have most likely played a major role in their survival and adaptation to complex hosts.