Trabajos previos sobre la cuota nativa en el Perú han llegado a la conclusión de que, al momento de implementar la cuota, las agrupaciones políticas suelen optar por prácticas informales como la técnica del relleno que imposibilitan que las y los candidatos indígenas cumplan sus objetivos. Por otro lado, se ha planteado dentro de la literatura que las y los candidatos indígenas que cuentan con soportes organizativos- como lo son las organizaciones sociales- son más propensos a ocupar lugares ventajosos para su elección dentro de las listas electorales, y se encuentran más preparados para ejercer una representación sustantiva. Sin embargo, en un contexto como el peruano son pocos los espacios donde los candidatos pueden contar con vínculos estables en organizaciones de base por lo que es muy poco lo que se sabe sobre cómo interactúa la cuota nativa con organizaciones políticas no electorales, en este caso, las federaciones indígenas. En ese sentido, la presente investigación tuvo como objetivo analizar dicha relación centrándose en la manera en que afecta la implementación de la cuota nativa en la región de Madre de Dios en el trabajo de representación indígena de la Federación Nativa del Río Madre de Dios y Afluentes (FENAMAD). Para realizar este análisis se propuso un estudio de corte cualitativo con entrevistas a actores claves de la región, así como la observación participante del trabajo de la federación. Como respuesta a lo planteado se encontró que la cuota nativa no solo no ha logrado ser un instrumento que ayude en la labor de representación de la FENAMAD sino que además, debido a la lógica de elección de candidatos y al espacio de competencia electoral que crea, este mecanismo entorpece la forma de hacer política de la federación. La investigación concluye que la federación indígena ha desarrollado una serie de estrategias para llevar a cabo su rol como voceros de los pueblos indígenas de Madre de Dios y que, en este contexto, la cuota nativa no se presenta como una vía útil para cumplir esta función y solo termina creando tensiones dentro de la federación. Por último, la investigación concluye que, en un país donde existe una crisis crónica de representación por parte de los partidos políticos, las organizaciones sociales como lo son las federaciones indígenas juegan un rol clave en exponer los intereses de los pueblos indígenas y actuar a nombre de ellos en la esfera pública.