Background: Clinical breakpoints and epidemiological cut-off values for N. gonorrhoeae azithromycin antimicrobial susceptibility testing have not been established. This study utilized existing minimum inhibitory concentration (MIC) data from CDC’s Gonococcal Isolate Surveillance Project (GISP) to establish epidemiological cut-off values for azithromycin and N. gonorrhoeae as determined by agar dilution. Methods: MIC distributions for the pooled dataset and each data year (2005-2012) were constructed. Epidemiological cut-off values were calculated using two methods. Method 1 considers the wild-type MIC distribution, the modal MIC for the distribution, and the inherent variability of the test (±1 twofold-dilution). Method 2 defines the epidemiological cut-off value as two twofold-dilutions higher than the MIC50. Results: Taking into consideration the wild-type MIC distributions and the inherent variability of the test, the epidemiological cut-off value chosen for the pooled dataset and each data year using Method 1 was ≤1.0 µg/mL. The MIC50 for the pooled dataset and each data year was 0.25 µg/mL. Two twofold-dilutions higher than the MIC50 (0.25 µg/mL) for the pooled dataset and each data year was 1.0 µg/mL. Discussion: The epidemiological cut-off values chosen using Methods 1 and 2 (≤1.0 µg/mL) were identical for the pooled dataset and each data year, indicating the epidemiological cut-off value has not changed from 2005-2012. The epidemiological cut-off value for N. gonorrhoeae azithromycin agar dilution antimicrobial susceptibility testing established during this study can be used to help set clinical breakpoints and identify isolates with reduced susceptibility to azithromycin.

La résistance aux antibiotiques est un enjeu de santé publique mondiale. L'alimentation est une des voies de contamination des bactéries résistantes aux antibiotiques entre l'environnement et l'Homme. Toutefois, les données concernant les bactéries résistantes aux antibiotiques dans les produits aquatiques sont rares. L'objectif de ces travaux a été d'étudier la flore bactérienne et sa résistance aux antibiotiques dans les produits de la pêche et de l'aquaculture. Dans un premier temps, la flore bactérienne mésophile cultivable a été isolée de 9 matrices différentes puis identifiée par la technique MALDI-TOF et/ou du séquençage de différents gènes de ménage. Au final, 1882 isolats bactériens ont été obtenus, et 150 espèces et 57 genres bactériens ont été identifiés. Dans un deuxième temps, nous avons étudié la résistance aux antibiotiques des genres bactériens les plus fréquemment isolés de ces produits. La résistance aux antibiotiques des genres Enterococcus, Staphylococcus, Exiguobacterium, Pseudomonas, Vibrio et Proteus a donc été étudiée. Au total, 46% des isolats étaient résistants aux antibiotiques et 3% étaient multi-résistants. Les crevettes étaient le produit dans lequel le plus de souches résistantes aux antibiotiques ont été identifiée. Et dans un troisième temps, la résistance aux antibiotiques d'une collection de souche de Vibrio parahaemolyticus, espèce bactérienne pathogène alimentaire pour l'homme, a été étudiée. Concernant V. parahaemolyticus, 15% des souches étaient résistantes et 3% des souches étaient multi-résistantes. Une souche, 16-B3PA-006, isolées de crevettes importées d'Asie du Sud-Est produisait une carbapénèmase NDM-1 et était résistante à 5 classes d'antibiotiques. / Antimicrobial resistance is a threat to global public health. Human can be contaminated by antibiotic resistant bacteria through food. However, data on antimicrobial resistant bacteria in seafood are scarce. The aim of this thesis was to study seafood bacterial flora and its antimicrobial resistance. First, mesophilic flora was obtained from 9 matrixes and MALDI-TOF and housekeeping genes sequencing technics were used to identify isolates. Antimicrobial resistance of most frequently bacteria were tested. In total, 1882 isolates were obtained and 150 bacterial species and 57 genera were identified. Enterococcus, Staphylococcus, Exiguobacterium, Pseudomonas, Vibrio and Proteus were most frequently isolated and their antimicrobial resistance was studied. Antibiotic resistant bacteria accounted for 46% of isolates and multidrug resistant bacteria accounted for 3% of isolates. Antimicrobial resistant bacteria were mostly isolated from shrimps. On a side study, antimicrobial resistance of a V.parahaemolyticus strain collection isolated from seafood was characterized. Antimicrobial resistant strains accounted for 15% and multi-drug resistant bacteria accounted for 3%. A NDM-1-producing multidrug resistant strain, 16-B3PA-006 was identified from shrimps imported from South-East Asia.