Dans un contexte interdisciplinaire, l'étude a consisté à évaluer le niveau de robustesse de procédés pilotes de biofiltration appliqués au traitement d'un effluent caractéristique des émissions de compostage de boues d'épuration, soumis à des fluctuations de charge transitoires, répétées, et d'intensité croissante. L'impact de ces perturbations a été examiné à deux niveaux, par la mesure de la résultante fonctionnelle de dégradation d'une part, et par la caractérisation de la structure génétique de la communauté bactérienne totale d'autre part. La mise en relation de ces deux composantes a fait l'objet d'une attention particulière. / The study aimed to evaluate the robustness capacity of pilot-scale biofilters applied to the treatment of sludge-composting emissions. The biofilters were submitted to repeated periodic fluctuations (shock loads) of increasing intensity. Their response was evaluated at two levels: functional resistance and resilience in terms of removal efficiency, and molecular characterization of the bacterial community structure. The objective was to establish the potential links between these two components.