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Survival of Escherichia albertii Following Exposure to Various Food Preservation Processes

Jones, Amie 03 October 2013 (has links)
The enteric pathogen Escherichia albertii represents an emerging food safety challenge. It has been mistakenly identified as Hafnia alvei, Shigella, or as a member of the Enteropathogenic E. coli (EPEC). Isolates of certain strains of the organism are known to possess genes encoding pathogenesis factors capable of inducing attaching/effacing (A/E) lesions, cytolethal distending toxin and a variant Shiga toxin. The pathogen has been isolated from infants and adults and has been identified as a causative agent from an outbreak of foodborne disease occurring in an industrialized nation. Recent reports have detailed the ability of this pathogen to survive on ground beef and to resist several classes of therapeutic antibiotics. The objectives of this study were to: (i) determine the efficacy of E. albertii isolates to survive lactic acid exposure as a function of solution pH, and (ii) verify its inactivation in ground beef according to the USDA recommendations for in-home preparation. Rifampicin resistant (RifR) isolates of E. albertii (ATCC 9194, 19982, 10457) were obtained according to published methods. Thermal resistance of parent and RifR isolates were compared in vitro at 55 °C to confirm no significant differences in tolerance to heat as a result of antibiotic resistance capacity. Tolerance to food grade lactic acid (Purac, Olathe, KS) (3.0% w/v) at differing pH levels (3.0, 4.0, 5.0, 7.0) was examined in physiological saline at 35 °C. Finally, ground beef patties (80% lean) inoculated with individual RifR isolates were cooked to internal temperatures of 62, 71, or 76 °C to determine resistance of different internal temperatures. Experiments comparing the in vitro tolerances of parent and RifR E. albertii isolates indicated no differences between parent and mutant with regards to heat and lactic acid challenge. E. albertii inactivation in lactic acid increased as the pH of the solution was decreased; maximum reduction at pH 3.0 was at 30 min and maximum reduction for pH 4.0 at 2.5 hours. Changes in populations of E. albertii at pH 5.0 were not different than that at pH 7.0. Cooking of beef to 62 °C internal temperature produced reductions of all RifR isolates to non-detectable levels.
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Comparaison de génomes de souches d'Escherichia coli et Escherichia fergusonii isolées d'animaux de fermes et évaluation de leur potentiel de virulence

Vaillancourt, Rolland Jr January 2015 (has links)
Certaines souches d’Escherichia coli sont des bactéries pathogènes connues depuis plusieurs dizaines d’années et en constante évolution. Dépendamment de son contenu génétique, la souche d’E. coli a la possibilité d’être un organisme commensal de l’intestin des mammifères et d’être bénéfique pour la santé ou être un redoutable pathogène autant pour les humains que les animaux. Cette bactérie peut causer plusieurs maladies chez l’humain comme la colique hémorragique et des infections urinaires. Les poulets dans les élevages peuvent être infectés par E. coli, menant souvent à d’importantes pertes économiques pour les producteurs. Mon projet de maîtrise porte principalement sur les souches d’E. coli et E. fergusonii isolées de poulets en santé et leur potentiel de virulence chez les poulets et les humains. Premièrement, j’ai testé la virulence d’isolats d’Escherichia de poulets en santé dans un modèle de septicémie chez le poussin naissant. J’ai par la suite comparé les génomes séquencés de plusieurs de ces souches pour essayer de déterminer les différences entre les souches ayant démontré un pouvoir pathogène dans ces tests et celles qui n’en ont pas démontré. Je présente ici une étude démontrant que plusieurs souches contenant une panoplie de gènes reliés à la virulence sont présentes dans des animaux en santé et peuvent ainsi poser un certain risque autant pour ceux-ci que la santé publique. Ces travaux permettent de mettre en évidence que les élevages de poulets peuvent représenter un réservoir important pour de potentielles souches pathogènes d’E. coli, mais aussi d’autres pathogènes émergents comme E. fergusonii.
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Étude de génomique comparative d'isolats Escherichia spp. provenant d'animaux de ferme

Lefebvre García, Catherine January 2016 (has links)
Escherichia coli possède une grande plasticité génomique comme en témoigne la diversité des souches à l’intérieur de cette espèce bactérienne. Bien que la majorité des souches soient inoffensives ou à tout le moins opportunistes, plusieurs ont acquis des facteurs de virulence spécifiques leur procurant un pouvoir pathogénique. Les souches pathogènes comme E. coli O157 :H7 sont responsables de cas de morbidité, mortalité et pertes économiques importantes dans l’industrie agro-alimentaire dans le monde entier. L’évolution bactérienne est un mécanisme continuel qui se fait via l’échange d’éléments génétiques mobiles, de mutations ponctuelles et autres réarrangements génétiques. Ces changements génétiques peuvent procurer des avantages sélectifs permettant une adaptation bactérienne rapide face aux stress et changements environnementaux et favorisant le développement de pathogènes émergents. Dans la première partie de ce projet, nous avons étudié la région intergénique mutS-rpoS, qui est une des plus grandes sources de polymorphisme chromosomique chez les entérobactéries. Notre analyse génomique comparative a permis de confirmer le polymorphisme à l’intérieur même d’un ensemble de souches Escherichia spp., Salmonella spp. et Shigella spp. De plus, nous avons pu confirmer que certains types de polymorphismes dans la région mutS-rpoS étaient fortement associés à certains types de pathogènes chez E. coli. Dans notre analyse, nous avons ressorti un groupe de gènes à l’intérieur de la région mutS-rpoS qui pourraient sevir comme marqueur chromosomique intéressant pour les E. coli extra-intestinaux (ExPEC), un groupe comprennant des souches hautement pathogènes et difficiles à définir par les tests actuelllement disponibles. Dans notre analyse bio-informatique, nous avons isolé ce groupe de gènes associé aux ExPEC et nous l’avons caractérisé in sillico. Nous avons également inclus dans l’analyse deux souches hypermutables du genre Escherichia spp. de notre collection, isolées d’animaux de ferme. L’hypermutabilité ou la capacité d’acquérir des mutations plus rapidement que la normale accélère le processus d’évolution et la capacité d’adaptation de ces souches. La région mutS-rpoS est reliée au système de réparation de l’ADN bactérien (MMRS) et pourrait être impliquée dans l’apparition du phénotype d’hypermutabilité. Durant les dernières années, de plus en plus d’espèces du genre Escherichia ont été isolées de cas cliniques d’animaux et d’humains. Ces souches atypiques ont un potentiel de virulence très élevé, des combinaisons de gènes de virulence et des variants génétiques différents des souches typiques, et certaines souches ont même évolué en tant que pathogènes. Les souches de l’espèce E. albertii ont été isolées récemment et ont un grand potentiel de virulence autant chez les humains que chez les oiseaux. Ces souches sont souvent confondues avec d’autres organismes pathogènes comme E. coli dans les tests biochimiques, et le manque de connaissances sur E. albertii rend son identification difficile. Dans la deuxième partie de ce projet, nous avons identifié des gènes spécifiques aux souches d’E. albertii ainsi que des gènes de virulence présents chez E. albertii par comparaisons génomiques, ce qui a permis de développer et optimiser un test PCR (réaction en chaîne par polymérase) visant l’identification génomique rapide et fiable d’E. albertii.

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