Esta tese está dividida em três partes: I Filogenética Básica, II Filogenia de Pilocarpinae e III Novidades Taxonômicas em Esenbeckiinae. Parte I Filogenética Básica - fornece uma rápida revisão de alguns dos métodos básicos atualmente em uso na filogenética, envolvendo aspectos teóricos e operacionais, assim como algumas de suas possíveis implicações. O Capítulo 1 discute dois conceitos importantes (grupo e caráter) e interrelacionados, mostra como pode ser construído um modelo estocástico para o tratamento de caractres, enfatizando sua adequação e demonstranto como homologia e, por conseqüência grupos, podem ser adequadamente tratados sob ótica probabilística. O Capítulo 2 apresenta os métodos de construção e otimização de árvores uzando máxima verossimilhnaça e análise bayesiana. Parte II Filogenia de Pilocarpinae - apresenta a filogenia de Pilocarpinae baseada em dados moleculares (espaçadores ITS1, ITS2 e gene 5.8 S do DNA nuclear e espaçador trnG-S do DNA platidial) e a filogenia de Pilocarpus Vahl baseada em dados moleculares (mesmas regiões usadas anteriormente) e morfológicos. O Capítulo 3 apresenta a filogenia em nível genérico da subtribo Pilocarpinae e de gêneros relacionados (Helietta e Balfourodendron ), mostrando que, exceto Esenbeckia , os gêneros tradicionalmente reconhecidos (Metrodorea , Pilocarpus e Raulinoa - monoespecífico) emergem como monofiléticos (embora a subtribo não) e que Balfourodendron e Helietta (ambos da subtribo Pteleinae) possuem relações mais estreitas com parte dos gêneros de Pilocarpinae do que com o gênero-tipo de sua própria subtribo (Pteleinae) e reúnem-se (junto com Esenbeckia , Metrodorea e Raulinoa ) em um clado caracterizado pela presença de inflorescências ramificadas, para o qual foi criada uma subtribo, ficando Pilocarpinae monogenérica; além disso, este capítulo apresenta um protocolo para detecção de burn-in em análises filogenéticas bayesia- nas usando métodos já bem estabelecidos em estudos de convergência de MCMC. Por sua vez, o Capítulo 4 apresenta a filogenia das espécies de Pilocarpus baseada em dados morfológicos e moleculares; essa filogenia, associada a simulações computacionais, é utiliza como base para traçar hipóteses evolutivas sobre os padrões foliares e de estivação da corola no gênero, mostrando como os estados desses caracteres se comportam nas árvores obtidas e quão apropriado é utilizar os diferentes estados como sinapomorfias/homoplasias usando o método MCMC como base e contrastando com o mapeamento com parcimônia, deixando claro que sina- pomorfia/homplasia é mais adequadamente tratada como uma questão de probabilidade. Parte III Novidades Taxonômicas em Esenbeckiinae representa um reflexo das atividades de campo e de análise de material de herbário. No Capítulo 5 é apresentada uma redescrição de E. cowanii Kaastra, espécie anteriormente conhecida apenas da Guiana Francesa e apenas pelo material tipo, cuja morfologia floral era desconhecida e foi encontrada nos Estados do Acre, Mato Grosso, Pará e Rondônia durante as expedições de campo que fiz para a Amazônia; além disso, é proposto um epítipo para o táxon. O Capítulo 6 apresenta a descrição de uma nova espécie de Esenbeckia (embora ainda sem diagnose latina), coletada nos estados do Acre e Rondônia e caracterizada pela posse de brácteas persistentes. / This dissertation is composed of three major parts: I Basic Phylogenetics, II Phylogeny of Pilocarpinae, and III Taxonomic Novelties in Esenbecki- inae. Part I Basic Phylogenetics - provides a mini-review of some basic methods currently used in phylogenetics, covering theroretical and operational issues, and some of their implications as well. In the Chapter 1 I discuss two major concepts in phylogenetics, namely groups and characters, demonstrate how to build an evolutionary model and emphasize the importance of models in phylogenetics. As an outcome, the meanings of character evolution and groups are reviewed and improved under a probabilistic view. Chapter 2 presents an introduction to the very basic methods of tree construction and optimization using maximum likelihood and bayesian methods. Part II Phylogenetics of Pilocarpinae - presents a phylogeny of Pilocarpinae based on molecular data (internal trancribed spacers ITS1, ITS2, gene 5.8 S - from the nuclear DNA , and spacer trnG-S - from the plastidial DNA), and a phylogeny of Pilocarpus based on morphological and molecular (same DNA regions used before) evidence. Chapter 3 presents a generic-level phylogeny of the Pilocarpinae and allied genera (Balfourodendron and Helietta), which supports the monophyly of the traditionally recognized genera (Metrodorea and Pilocarpus , Raulinoa - monospecific), except Esenbeckia (which is included in a polytomy), whe- reas the subtribe itself is not monophyletic; it is also shown that Balfourodendron and Helietta (both from subtribe Pteleinae) are more closely related to some genera of Pilocarpinae than to the type genus of their own subtribe (Pteleinae), and emerge (together with Esenbeckia , Metrodorea , and Raulinoa ) nested within a clade that has multi-axis inflorescences, for which I created a new subtribe, leaving the Pilocarpinae monogeneric; moreover, this Chapter presents a new2 protocol to be used in MCMC diagnosis in phylogenetic studies. In the Chapter 4 , in turn, the phylo- geny of Pilocarpus is investigated based on morphological and molecular data; that phylogeny, combined to computer simulations, is then used to propose evolutionary hypotheses of leaf blade and corolla aestivation patterns, and show how appropriate the use of character states as synapomorphy/homoplasy can be using the MCMC method; additionally the MCMC and parsimony character mapping procedures are compared, and it is shown that synapomorphy/homoplasy is just a matter of probability. Part III Taxonomic Novelties in Esenbeckiinae is clearly a direct result of my field expeditions to the Amazon, and herbarium work. In the Chapter 5 I present a re-description and epitypification of E. cowanii Kaastra, previously known only from the type locality (and by the type specimens) and whose floral morphology was unknown, which I collected in Acre, Mato Grosso, Pará, and Rondônia States during my collecting trips in the Amazon; further, given the poor type material, I propose an epitype for the species. In the Chapter 6 I describe a new species of Esenbeckia (still without latin diagnose), which I collected in Acre and Rondonia states, whose diagnostic feature is the presence of persistent bracts.

Esta tese está dividida em três partes: I Filogenética Básica, II Filogenia de Pilocarpinae e III Novidades Taxonômicas em Esenbeckiinae. Parte I Filogenética Básica - fornece uma rápida revisão de alguns dos métodos básicos atualmente em uso na filogenética, envolvendo aspectos teóricos e operacionais, assim como algumas de suas possíveis implicações. O Capítulo 1 discute dois conceitos importantes (grupo e caráter) e interrelacionados, mostra como pode ser construído um modelo estocástico para o tratamento de caractres, enfatizando sua adequação e demonstranto como homologia e, por conseqüência grupos, podem ser adequadamente tratados sob ótica probabilística. O Capítulo 2 apresenta os métodos de construção e otimização de árvores uzando máxima verossimilhnaça e análise bayesiana. Parte II Filogenia de Pilocarpinae - apresenta a filogenia de Pilocarpinae baseada em dados moleculares (espaçadores ITS1, ITS2 e gene 5.8 S do DNA nuclear e espaçador trnG-S do DNA platidial) e a filogenia de Pilocarpus Vahl baseada em dados moleculares (mesmas regiões usadas anteriormente) e morfológicos. O Capítulo 3 apresenta a filogenia em nível genérico da subtribo Pilocarpinae e de gêneros relacionados (Helietta e Balfourodendron ), mostrando que, exceto Esenbeckia , os gêneros tradicionalmente reconhecidos (Metrodorea , Pilocarpus e Raulinoa - monoespecífico) emergem como monofiléticos (embora a subtribo não) e que Balfourodendron e Helietta (ambos da subtribo Pteleinae) possuem relações mais estreitas com parte dos gêneros de Pilocarpinae do que com o gênero-tipo de sua própria subtribo (Pteleinae) e reúnem-se (junto com Esenbeckia , Metrodorea e Raulinoa ) em um clado caracterizado pela presença de inflorescências ramificadas, para o qual foi criada uma subtribo, ficando Pilocarpinae monogenérica; além disso, este capítulo apresenta um protocolo para detecção de burn-in em análises filogenéticas bayesia- nas usando métodos já bem estabelecidos em estudos de convergência de MCMC. Por sua vez, o Capítulo 4 apresenta a filogenia das espécies de Pilocarpus baseada em dados morfológicos e moleculares; essa filogenia, associada a simulações computacionais, é utiliza como base para traçar hipóteses evolutivas sobre os padrões foliares e de estivação da corola no gênero, mostrando como os estados desses caracteres se comportam nas árvores obtidas e quão apropriado é utilizar os diferentes estados como sinapomorfias/homoplasias usando o método MCMC como base e contrastando com o mapeamento com parcimônia, deixando claro que sina- pomorfia/homplasia é mais adequadamente tratada como uma questão de probabilidade. Parte III Novidades Taxonômicas em Esenbeckiinae representa um reflexo das atividades de campo e de análise de material de herbário. No Capítulo 5 é apresentada uma redescrição de E. cowanii Kaastra, espécie anteriormente conhecida apenas da Guiana Francesa e apenas pelo material tipo, cuja morfologia floral era desconhecida e foi encontrada nos Estados do Acre, Mato Grosso, Pará e Rondônia durante as expedições de campo que fiz para a Amazônia; além disso, é proposto um epítipo para o táxon. O Capítulo 6 apresenta a descrição de uma nova espécie de Esenbeckia (embora ainda sem diagnose latina), coletada nos estados do Acre e Rondônia e caracterizada pela posse de brácteas persistentes. / This dissertation is composed of three major parts: I Basic Phylogenetics, II Phylogeny of Pilocarpinae, and III Taxonomic Novelties in Esenbecki- inae. Part I Basic Phylogenetics - provides a mini-review of some basic methods currently used in phylogenetics, covering theroretical and operational issues, and some of their implications as well. In the Chapter 1 I discuss two major concepts in phylogenetics, namely groups and characters, demonstrate how to build an evolutionary model and emphasize the importance of models in phylogenetics. As an outcome, the meanings of character evolution and groups are reviewed and improved under a probabilistic view. Chapter 2 presents an introduction to the very basic methods of tree construction and optimization using maximum likelihood and bayesian methods. Part II Phylogenetics of Pilocarpinae - presents a phylogeny of Pilocarpinae based on molecular data (internal trancribed spacers ITS1, ITS2, gene 5.8 S - from the nuclear DNA , and spacer trnG-S - from the plastidial DNA), and a phylogeny of Pilocarpus based on morphological and molecular (same DNA regions used before) evidence. Chapter 3 presents a generic-level phylogeny of the Pilocarpinae and allied genera (Balfourodendron and Helietta), which supports the monophyly of the traditionally recognized genera (Metrodorea and Pilocarpus , Raulinoa - monospecific), except Esenbeckia (which is included in a polytomy), whe- reas the subtribe itself is not monophyletic; it is also shown that Balfourodendron and Helietta (both from subtribe Pteleinae) are more closely related to some genera of Pilocarpinae than to the type genus of their own subtribe (Pteleinae), and emerge (together with Esenbeckia , Metrodorea , and Raulinoa ) nested within a clade that has multi-axis inflorescences, for which I created a new subtribe, leaving the Pilocarpinae monogeneric; moreover, this Chapter presents a new2 protocol to be used in MCMC diagnosis in phylogenetic studies. In the Chapter 4 , in turn, the phylo- geny of Pilocarpus is investigated based on morphological and molecular data; that phylogeny, combined to computer simulations, is then used to propose evolutionary hypotheses of leaf blade and corolla aestivation patterns, and show how appropriate the use of character states as synapomorphy/homoplasy can be using the MCMC method; additionally the MCMC and parsimony character mapping procedures are compared, and it is shown that synapomorphy/homoplasy is just a matter of probability. Part III Taxonomic Novelties in Esenbeckiinae is clearly a direct result of my field expeditions to the Amazon, and herbarium work. In the Chapter 5 I present a re-description and epitypification of E. cowanii Kaastra, previously known only from the type locality (and by the type specimens) and whose floral morphology was unknown, which I collected in Acre, Mato Grosso, Pará, and Rondônia States during my collecting trips in the Amazon; further, given the poor type material, I propose an epitype for the species. In the Chapter 6 I describe a new species of Esenbeckia (still without latin diagnose), which I collected in Acre and Rondonia states, whose diagnostic feature is the presence of persistent bracts.