La Polyarthrite Rhumatoïde, une des maladies auto-immunes les plus répandues, est caractérisée par une destruction progressive des articulations, conduisant à des déformations et handicaps. La nature multifactorielle de la PR fournit une hétérogénéité élevée avec des combinaisons spécifiques entre un profil génétique et des facteurs environnementaux qui influencent la susceptibilité, la gravité et le développement de la maladie. L’objectif de cette thèse est l’identification et la caractérisation de gènes candidats dans la PR. Nous avons confirmé l’association ainsi que la liaison des régions TRAF1-C5 et 6q23, et démontré une tendance pour une association et liaison entre la région génique 4q27 et la PR dans la population européenne. De plus, nous avons fourni des résultats concluants qui s’opposent à une implication des gènes PRKCH, CASP7, RANK, RANKL et PTPN22-1123G dans la susceptibilité génétique à la PR dans la population européenne. Nous avons effectué une étude d’expression génique utilisant 48.701 ADNc des PBMC de patients et contrôles sains. Une expression différentielle de 339 gènes entre les deux groupes a été observée. Nous avons identifié une expression élevée d’un spectre de nouveaux gènes impliqués dans différents mécanismes immunitaires de la PR. Nous avons aussi identifié une association entre les allèles HLA EP et le tabac au sein des patients ACPA positifs avec une PR familiale ou sporadique. Ces différentes approches complémentaires ont permis l’identification de nouveaux gènes et la mise en évidence d’interactions gène-autoanticorps-environnement, contribuant ainsi à une meilleure compréhension des mécanismes pathologiques de la PR. / Rheumatoid Arthritis, one of the most common autoimmune diseases, is characterized by progressive articular damage leading to joint deformities and disability. The multifactorial nature of RA provides high disease heterogeneity with specific combinations of a genetic background and environmental factors that influence the susceptibility, severity and outcome of the disease. The aim of this thesis was the identification and characterization of candidate genes in RA. We have confirmed the association and linkage of TRAF1-C5 and 6q23 gene regions, and demonstrated a trend for the association and linkage of the 4q27 gene region with RA in European descent populations. Furthermore, we provided evidence against the involvement of the PRKCH, CASP7, RANK and RANKL genes and the PTPN22–1123G allele in RA genetic susceptibility in the European population. We performed a large-scale gene expression profiling study using 48.701 cDNAs in PBMCs of RA patients and healthy controls. A differentially expression of 339 genes (238 down-regulated and 101 up-regulated) between the two groups was observed. We identified a remarkably elevated expression of a spectrum of new genes involved in immunity and defense mechanisms. Finally, we identified an association between HLA SE alleles and tobacco smoking for anti-CCP positivity in French population with familial and sporadic RA. All these complementary approaches that allowed the identification of new genes and gene-autoantibodies-environment interactions contribute to a better understanding of RA disease mechanisms and could lead to the identification of innovative clinical biomarkers for diagnostic procedures and therapeutic interventions.