Nós realizamos este estudo a fim de contribuir para o entendimento da evolução de espécies do gênero Drosophila e o quanto fenômenos epigenéticos estão relacionados a isto. Analisando 14 espécies do subgênero Sophophora, as quais apresentam diferentes histórias evolutivas e exploram ambientes divergentes, investigamos a possibilidade de recorrência do fenômeno de metilação sexo-específica do rDNA como descrito previamente para a espécie D. willistoni. Utilizando as técnicas de seqüenciamento e PCR bissulfito, nós demonstramos que o gene 28S apresenta-se metilado nas espécies do subgrupo willistoni de Drosophila, bem como na espécie D. melanogaster, corroborando a hipótese de que, em insetos, as regiões internas dos genes são metiladas. Entretanto, não detectamos padrões de metilação sexo-específicos para o DNA ribossomal das espécies D. melanogaster e D. paulistorum. Através da técnica de MSRE combinada com Southern blot, verificamos que a metilação diferencial entre sexos do rDNA ocorre exclusivamente nas espécies do subgrupo willistoni, com exceção de D. paulistorum. Nossos resultados indicam que o fenômeno de metilação do DNA pode variar bastante, mesmo entre espécies proximamente relacionadas, como D. willistoni e D. paulistorum, por exemplo. Nós também sugerimos que fatores ambientais, operando diferencialmente nos territórios ocupados pelas diferentes espécies e o menor tempo evolutivo de surgimento dos fenômenos epigenéticos, podem contribuir para a formação do panorama aqui detectado. / The present study aimed to contribute to the comprehension of the role of epigenetic phenomena for the evolution of species of the Genus Drosophila.. We analyzed 14 species of the Sub Genus Sophophora, with different evolutionary histories and exploring very divergent environments, investigating the putative occurrence of the phenomenon of sex-specific methylation patterns of the rDNA, as described previously in Drosophila willistoni. Through the use of PCR bissulfite and sequencing, we demonstrated that the 28S gene is methylated in members of the willistoni subgroup of Drosophila, as in D. melanogaster, corroborating the hypothesis that the internal regions of the genes are methylated in insects. No sex-specific patterns of methylation, however, were detected in the ribosomal DNA of the species D. melanogaster and D. paulistorum. Using the methods of MSRE and Southern blot, we detected differential methylation of the rDNA between sexes exclusively in the species of the willistoni subgroup, excepting D. paulistorum. Our results indicate that the phenomenon of DNA methylation can varied considerably even so between species closely related, as D. willistoni and D. paulistorum, for example. We also suggested that different environmental factors operating in the territories occupied by the different species studied and the shorter evolutionary time of the raising of the epigenetic phenomena can contribute to the formation of the scenario detected.

Nós realizamos este estudo a fim de contribuir para o entendimento da evolução de espécies do gênero Drosophila e o quanto fenômenos epigenéticos estão relacionados a isto. Analisando 14 espécies do subgênero Sophophora, as quais apresentam diferentes histórias evolutivas e exploram ambientes divergentes, investigamos a possibilidade de recorrência do fenômeno de metilação sexo-específica do rDNA como descrito previamente para a espécie D. willistoni. Utilizando as técnicas de seqüenciamento e PCR bissulfito, nós demonstramos que o gene 28S apresenta-se metilado nas espécies do subgrupo willistoni de Drosophila, bem como na espécie D. melanogaster, corroborando a hipótese de que, em insetos, as regiões internas dos genes são metiladas. Entretanto, não detectamos padrões de metilação sexo-específicos para o DNA ribossomal das espécies D. melanogaster e D. paulistorum. Através da técnica de MSRE combinada com Southern blot, verificamos que a metilação diferencial entre sexos do rDNA ocorre exclusivamente nas espécies do subgrupo willistoni, com exceção de D. paulistorum. Nossos resultados indicam que o fenômeno de metilação do DNA pode variar bastante, mesmo entre espécies proximamente relacionadas, como D. willistoni e D. paulistorum, por exemplo. Nós também sugerimos que fatores ambientais, operando diferencialmente nos territórios ocupados pelas diferentes espécies e o menor tempo evolutivo de surgimento dos fenômenos epigenéticos, podem contribuir para a formação do panorama aqui detectado. / The present study aimed to contribute to the comprehension of the role of epigenetic phenomena for the evolution of species of the Genus Drosophila.. We analyzed 14 species of the Sub Genus Sophophora, with different evolutionary histories and exploring very divergent environments, investigating the putative occurrence of the phenomenon of sex-specific methylation patterns of the rDNA, as described previously in Drosophila willistoni. Through the use of PCR bissulfite and sequencing, we demonstrated that the 28S gene is methylated in members of the willistoni subgroup of Drosophila, as in D. melanogaster, corroborating the hypothesis that the internal regions of the genes are methylated in insects. No sex-specific patterns of methylation, however, were detected in the ribosomal DNA of the species D. melanogaster and D. paulistorum. Using the methods of MSRE and Southern blot, we detected differential methylation of the rDNA between sexes exclusively in the species of the willistoni subgroup, excepting D. paulistorum. Our results indicate that the phenomenon of DNA methylation can varied considerably even so between species closely related, as D. willistoni and D. paulistorum, for example. We also suggested that different environmental factors operating in the territories occupied by the different species studied and the shorter evolutionary time of the raising of the epigenetic phenomena can contribute to the formation of the scenario detected.

Nós realizamos este estudo a fim de contribuir para o entendimento da evolução de espécies do gênero Drosophila e o quanto fenômenos epigenéticos estão relacionados a isto. Analisando 14 espécies do subgênero Sophophora, as quais apresentam diferentes histórias evolutivas e exploram ambientes divergentes, investigamos a possibilidade de recorrência do fenômeno de metilação sexo-específica do rDNA como descrito previamente para a espécie D. willistoni. Utilizando as técnicas de seqüenciamento e PCR bissulfito, nós demonstramos que o gene 28S apresenta-se metilado nas espécies do subgrupo willistoni de Drosophila, bem como na espécie D. melanogaster, corroborando a hipótese de que, em insetos, as regiões internas dos genes são metiladas. Entretanto, não detectamos padrões de metilação sexo-específicos para o DNA ribossomal das espécies D. melanogaster e D. paulistorum. Através da técnica de MSRE combinada com Southern blot, verificamos que a metilação diferencial entre sexos do rDNA ocorre exclusivamente nas espécies do subgrupo willistoni, com exceção de D. paulistorum. Nossos resultados indicam que o fenômeno de metilação do DNA pode variar bastante, mesmo entre espécies proximamente relacionadas, como D. willistoni e D. paulistorum, por exemplo. Nós também sugerimos que fatores ambientais, operando diferencialmente nos territórios ocupados pelas diferentes espécies e o menor tempo evolutivo de surgimento dos fenômenos epigenéticos, podem contribuir para a formação do panorama aqui detectado. / The present study aimed to contribute to the comprehension of the role of epigenetic phenomena for the evolution of species of the Genus Drosophila.. We analyzed 14 species of the Sub Genus Sophophora, with different evolutionary histories and exploring very divergent environments, investigating the putative occurrence of the phenomenon of sex-specific methylation patterns of the rDNA, as described previously in Drosophila willistoni. Through the use of PCR bissulfite and sequencing, we demonstrated that the 28S gene is methylated in members of the willistoni subgroup of Drosophila, as in D. melanogaster, corroborating the hypothesis that the internal regions of the genes are methylated in insects. No sex-specific patterns of methylation, however, were detected in the ribosomal DNA of the species D. melanogaster and D. paulistorum. Using the methods of MSRE and Southern blot, we detected differential methylation of the rDNA between sexes exclusively in the species of the willistoni subgroup, excepting D. paulistorum. Our results indicate that the phenomenon of DNA methylation can varied considerably even so between species closely related, as D. willistoni and D. paulistorum, for example. We also suggested that different environmental factors operating in the territories occupied by the different species studied and the shorter evolutionary time of the raising of the epigenetic phenomena can contribute to the formation of the scenario detected.

O gênero Rhinoleucophenga é composto por espécies distribuídas em ambientes abertos nas regiões Neotropical e Neártica, com o bioma Pampa destacandose pela riqueza de espécies na América do Sul. A ampla distribuição do gênero e a carência de detalhes em muitas descrições parecem esconder uma grande diversidade de espécies. Muitas das espécies conhecidas de Rhinoleucophenga foram descritas na primeira metade do século XX, tornando-se evidente a necessidade de redescrever as mesmas nos padrões atuais, dando maior detalhamento às informações morfológicas. Sete espécies foram redescritas e 17 descritas nos atuais padrões de descrição de drosofilídeos (Capítulos II, III, IV, V). As espécies redescritas foram Rhinoleucophenga brasiliensis e R. fluminensis, originalmente descritas por Lima (1935), além de R. personata, R. lopesi, R. angustifrons, R. matogrossensis e R. nigrescens, originalmente descritas por Malogolowkin (1946); e as novas descrições para o gênero foram R. punctata sp. nov., R. paraguayensis sp. nov., R. ignota sp. nov., R. fusca sp. nov., R. alata sp. nov., R. paulistorum sp. nov., R. obscura sp. nov., R. fulva sp. nov., R. maculosa sp. nov., R. nigra sp. nov. R. brasilis sp. nov., R. punctuloides sp. nov., R. trivisualis sp. nov., R. flava sp. nov., R. grimaldii sp. nov., R. exigua sp. nov. e R. jacareacanga sp. nov. Descrições complementares de Rhinoleucophenga obesa (Capítulo VI), R. joaquina e R. punctulata (Capítulo II) também foram realizadas, apontando novos caracteres que facilitam a identificação dessas espécies. A revisão da morfologia de R. punctulata revelou variação na forma da espermateca entre diferentes populações da espécie, oriundas dos biomas Pampa, Cerrado e Caatinga, e também da região Amazônica (Capítulo VII); tal variação morfológica foi indicada como intraespecífica por dados moleculares (COI). Com base em conjuntos de caracteres morfológicos, relações filogenéticas foram propostas para Rhinoleucophenga (Capítulo VIII). Cinco estratégias de combinação e tratamento dos dados morfológicos foram exploradas: (A) 58 razões contínuas e 62 caracteres discretos; (B) 104 medidas e 62 caracteres discretos; (C) 58 razões contínuas log-transformadas e 62 caracteres discretos; (D) 104 medidas log-transformadas e 62 caracteres discretos e (E) somente os 62 caracteres discretos. Todas as matrizes foram analisadas no Software TNT, com pesagem igual (tratamentos A-E) e com pesagem implícita (K= 6) (tratamentos A’-E’). Todos os caracteres contínuos (razões e medidas) foram tratados como aditivos e reescalonados entre 0-1 para evitar uma pesagem excessiva na transformação dos mesmos – esta é a primeira vez que um grande conjunto de caracteres morfológicos contínuos não é discretizados em estudos filogenéticos com Drosophilidae. Rhinoleucophenga apresentou-se como um gênero parafilético em relação à Pararhinoleucophenga na maioria das análises realizadas; seis agrupamentos monofiléticos de espécies também foram repetidamente obtidos, principalmente com caracteres discretos associados a caracteres contínuos tratados como razões e log-transformados (tratamento C). Os caracteres morfológicos contínuos, tratados como razões ou como medidas absolutas, exercem alta influência sobre a topologia das árvores geradas. Da mesma maneira, foram fundamentais no aprimoramento dos valores de suporte dos principais agrupamentos de espécies obtidos na filogenia proposta para Rhinoleucophenga. As árvores geradas com caracteres contínuos log-transformados apresentaram melhora nos valores de suporte médio dos clados, porém, a aplicação de pesagem representou maior influência sobre os resultados filogenéticos. Pouco se sabe sobre a ecologia das espécies de Rhinoleucophenga, especialmente no bioma Pampa. Buscando suprir a lacuna referente ao conhecimento ecológico deste, e outros gêneros de Drosophilidae, coletas de drosofilídeos foram realizadas no bioma Pampa durante 12 períodos climáticos, considerando áreas naturais e degradadas dentro deste bioma (Capítulo IX). A influência ambiental sobre a estrutura das assembleias foi temporal e espacialmente analisada por meio de nMDS, IndVal e PERMANOVA. O tipo de ambiente amostrado e os componentes climáticos juntos explicaram 56,45% da variação nas assembleias de drosofilídeos. Ambientes Neotropicais abertos, especialmente o Bioma Pampa, têm apresentado alta diversidade de espécies de Rhinoleucophenga assim como de Drosophilidae em geral (Capítulo X). Portanto, a descrição de novas espécies é indispensável para melhorar o conhecimento faunístico dessa região. Trabalhos taxonômicos com redescrições e descrições de novas espécies são ferramentas importantes para a correta identificação da fauna de Drosophilidae, gerando dados mais precisos referentes à distribuição dos táxons, e também novos conjuntos dados para estudos com enfoque sistemático e evolutivo, como aqui realizado.

O gênero Rhinoleucophenga é composto por espécies distribuídas em ambientes abertos nas regiões Neotropical e Neártica, com o bioma Pampa destacandose pela riqueza de espécies na América do Sul. A ampla distribuição do gênero e a carência de detalhes em muitas descrições parecem esconder uma grande diversidade de espécies. Muitas das espécies conhecidas de Rhinoleucophenga foram descritas na primeira metade do século XX, tornando-se evidente a necessidade de redescrever as mesmas nos padrões atuais, dando maior detalhamento às informações morfológicas. Sete espécies foram redescritas e 17 descritas nos atuais padrões de descrição de drosofilídeos (Capítulos II, III, IV, V). As espécies redescritas foram Rhinoleucophenga brasiliensis e R. fluminensis, originalmente descritas por Lima (1935), além de R. personata, R. lopesi, R. angustifrons, R. matogrossensis e R. nigrescens, originalmente descritas por Malogolowkin (1946); e as novas descrições para o gênero foram R. punctata sp. nov., R. paraguayensis sp. nov., R. ignota sp. nov., R. fusca sp. nov., R. alata sp. nov., R. paulistorum sp. nov., R. obscura sp. nov., R. fulva sp. nov., R. maculosa sp. nov., R. nigra sp. nov. R. brasilis sp. nov., R. punctuloides sp. nov., R. trivisualis sp. nov., R. flava sp. nov., R. grimaldii sp. nov., R. exigua sp. nov. e R. jacareacanga sp. nov. Descrições complementares de Rhinoleucophenga obesa (Capítulo VI), R. joaquina e R. punctulata (Capítulo II) também foram realizadas, apontando novos caracteres que facilitam a identificação dessas espécies. A revisão da morfologia de R. punctulata revelou variação na forma da espermateca entre diferentes populações da espécie, oriundas dos biomas Pampa, Cerrado e Caatinga, e também da região Amazônica (Capítulo VII); tal variação morfológica foi indicada como intraespecífica por dados moleculares (COI). Com base em conjuntos de caracteres morfológicos, relações filogenéticas foram propostas para Rhinoleucophenga (Capítulo VIII). Cinco estratégias de combinação e tratamento dos dados morfológicos foram exploradas: (A) 58 razões contínuas e 62 caracteres discretos; (B) 104 medidas e 62 caracteres discretos; (C) 58 razões contínuas log-transformadas e 62 caracteres discretos; (D) 104 medidas log-transformadas e 62 caracteres discretos e (E) somente os 62 caracteres discretos. Todas as matrizes foram analisadas no Software TNT, com pesagem igual (tratamentos A-E) e com pesagem implícita (K= 6) (tratamentos A’-E’). Todos os caracteres contínuos (razões e medidas) foram tratados como aditivos e reescalonados entre 0-1 para evitar uma pesagem excessiva na transformação dos mesmos – esta é a primeira vez que um grande conjunto de caracteres morfológicos contínuos não é discretizados em estudos filogenéticos com Drosophilidae. Rhinoleucophenga apresentou-se como um gênero parafilético em relação à Pararhinoleucophenga na maioria das análises realizadas; seis agrupamentos monofiléticos de espécies também foram repetidamente obtidos, principalmente com caracteres discretos associados a caracteres contínuos tratados como razões e log-transformados (tratamento C). Os caracteres morfológicos contínuos, tratados como razões ou como medidas absolutas, exercem alta influência sobre a topologia das árvores geradas. Da mesma maneira, foram fundamentais no aprimoramento dos valores de suporte dos principais agrupamentos de espécies obtidos na filogenia proposta para Rhinoleucophenga. As árvores geradas com caracteres contínuos log-transformados apresentaram melhora nos valores de suporte médio dos clados, porém, a aplicação de pesagem representou maior influência sobre os resultados filogenéticos. Pouco se sabe sobre a ecologia das espécies de Rhinoleucophenga, especialmente no bioma Pampa. Buscando suprir a lacuna referente ao conhecimento ecológico deste, e outros gêneros de Drosophilidae, coletas de drosofilídeos foram realizadas no bioma Pampa durante 12 períodos climáticos, considerando áreas naturais e degradadas dentro deste bioma (Capítulo IX). A influência ambiental sobre a estrutura das assembleias foi temporal e espacialmente analisada por meio de nMDS, IndVal e PERMANOVA. O tipo de ambiente amostrado e os componentes climáticos juntos explicaram 56,45% da variação nas assembleias de drosofilídeos. Ambientes Neotropicais abertos, especialmente o Bioma Pampa, têm apresentado alta diversidade de espécies de Rhinoleucophenga assim como de Drosophilidae em geral (Capítulo X). Portanto, a descrição de novas espécies é indispensável para melhorar o conhecimento faunístico dessa região. Trabalhos taxonômicos com redescrições e descrições de novas espécies são ferramentas importantes para a correta identificação da fauna de Drosophilidae, gerando dados mais precisos referentes à distribuição dos táxons, e também novos conjuntos dados para estudos com enfoque sistemático e evolutivo, como aqui realizado.

O gênero Rhinoleucophenga é composto por espécies distribuídas em ambientes abertos nas regiões Neotropical e Neártica, com o bioma Pampa destacandose pela riqueza de espécies na América do Sul. A ampla distribuição do gênero e a carência de detalhes em muitas descrições parecem esconder uma grande diversidade de espécies. Muitas das espécies conhecidas de Rhinoleucophenga foram descritas na primeira metade do século XX, tornando-se evidente a necessidade de redescrever as mesmas nos padrões atuais, dando maior detalhamento às informações morfológicas. Sete espécies foram redescritas e 17 descritas nos atuais padrões de descrição de drosofilídeos (Capítulos II, III, IV, V). As espécies redescritas foram Rhinoleucophenga brasiliensis e R. fluminensis, originalmente descritas por Lima (1935), além de R. personata, R. lopesi, R. angustifrons, R. matogrossensis e R. nigrescens, originalmente descritas por Malogolowkin (1946); e as novas descrições para o gênero foram R. punctata sp. nov., R. paraguayensis sp. nov., R. ignota sp. nov., R. fusca sp. nov., R. alata sp. nov., R. paulistorum sp. nov., R. obscura sp. nov., R. fulva sp. nov., R. maculosa sp. nov., R. nigra sp. nov. R. brasilis sp. nov., R. punctuloides sp. nov., R. trivisualis sp. nov., R. flava sp. nov., R. grimaldii sp. nov., R. exigua sp. nov. e R. jacareacanga sp. nov. Descrições complementares de Rhinoleucophenga obesa (Capítulo VI), R. joaquina e R. punctulata (Capítulo II) também foram realizadas, apontando novos caracteres que facilitam a identificação dessas espécies. A revisão da morfologia de R. punctulata revelou variação na forma da espermateca entre diferentes populações da espécie, oriundas dos biomas Pampa, Cerrado e Caatinga, e também da região Amazônica (Capítulo VII); tal variação morfológica foi indicada como intraespecífica por dados moleculares (COI). Com base em conjuntos de caracteres morfológicos, relações filogenéticas foram propostas para Rhinoleucophenga (Capítulo VIII). Cinco estratégias de combinação e tratamento dos dados morfológicos foram exploradas: (A) 58 razões contínuas e 62 caracteres discretos; (B) 104 medidas e 62 caracteres discretos; (C) 58 razões contínuas log-transformadas e 62 caracteres discretos; (D) 104 medidas log-transformadas e 62 caracteres discretos e (E) somente os 62 caracteres discretos. Todas as matrizes foram analisadas no Software TNT, com pesagem igual (tratamentos A-E) e com pesagem implícita (K= 6) (tratamentos A’-E’). Todos os caracteres contínuos (razões e medidas) foram tratados como aditivos e reescalonados entre 0-1 para evitar uma pesagem excessiva na transformação dos mesmos – esta é a primeira vez que um grande conjunto de caracteres morfológicos contínuos não é discretizados em estudos filogenéticos com Drosophilidae. Rhinoleucophenga apresentou-se como um gênero parafilético em relação à Pararhinoleucophenga na maioria das análises realizadas; seis agrupamentos monofiléticos de espécies também foram repetidamente obtidos, principalmente com caracteres discretos associados a caracteres contínuos tratados como razões e log-transformados (tratamento C). Os caracteres morfológicos contínuos, tratados como razões ou como medidas absolutas, exercem alta influência sobre a topologia das árvores geradas. Da mesma maneira, foram fundamentais no aprimoramento dos valores de suporte dos principais agrupamentos de espécies obtidos na filogenia proposta para Rhinoleucophenga. As árvores geradas com caracteres contínuos log-transformados apresentaram melhora nos valores de suporte médio dos clados, porém, a aplicação de pesagem representou maior influência sobre os resultados filogenéticos. Pouco se sabe sobre a ecologia das espécies de Rhinoleucophenga, especialmente no bioma Pampa. Buscando suprir a lacuna referente ao conhecimento ecológico deste, e outros gêneros de Drosophilidae, coletas de drosofilídeos foram realizadas no bioma Pampa durante 12 períodos climáticos, considerando áreas naturais e degradadas dentro deste bioma (Capítulo IX). A influência ambiental sobre a estrutura das assembleias foi temporal e espacialmente analisada por meio de nMDS, IndVal e PERMANOVA. O tipo de ambiente amostrado e os componentes climáticos juntos explicaram 56,45% da variação nas assembleias de drosofilídeos. Ambientes Neotropicais abertos, especialmente o Bioma Pampa, têm apresentado alta diversidade de espécies de Rhinoleucophenga assim como de Drosophilidae em geral (Capítulo X). Portanto, a descrição de novas espécies é indispensável para melhorar o conhecimento faunístico dessa região. Trabalhos taxonômicos com redescrições e descrições de novas espécies são ferramentas importantes para a correta identificação da fauna de Drosophilidae, gerando dados mais precisos referentes à distribuição dos táxons, e também novos conjuntos dados para estudos com enfoque sistemático e evolutivo, como aqui realizado.

Esse estudo abordou protozoários do gênero Eimeria com dois objetivos gerais: desenvolver ensaios moleculares para a discriminação das onze espécies de Eimeria de coelho e estudar as relações evolutivas Eimeria de hospedeiros mamíferos e aves. Para o primeiro objetivo, seqüenciou-se o ITS1 do rRNA das 11 espécies de Eimeria de coelho e desenhou-se iniciadores espécie-específicos. Não foi observada reatividade cruzada, e o limite de detecção variou entre 500 fg a 1 pg. Para a filogenia, sequenciou-se 4 marcadores moleculares de espécies de Eimeria de galinha e coelho. Foram feitas análises conjuntas com dados públicos de Eimeria de outros hospedeiros, usando-se vários métodos de reconstrução filogenética. Os resultados indicam que as espécies de Eimeria são em geral monofiléticas em relação aos seus hospedeiros, e que múltiplos eventos de invasão de hospedeiros mamíferos e aves teriam ocorrido ao longo da evolução. Assim, ancestrais de roedores, galinhas e Lagomorpha teriam sido invadidos em torno de 14, 11 e 7 milhões de anos atrás, respectivamente. / In this work, we used protozoans of the genus Eimeria for the following approaches: development of discrimination assays for the eleven Eimeria species of rabbits, and phylogenetic analysis of mammal and bird Eimeria. For the former study, we sequenced the ITS1 rRNA of the 11 Eimeria species of domestic rabbit and designed species-specific primers. No cross-reactivity has been observed, and the detection limit varied from 500 fg to 1 pg. For the phylogenetic analysis, we used four molecular markers of Eimeria species from domestic fowl and rabbit. An overall analysis comprising our data and public sequences of Eimeria from other hosts has been performed, and we used several distinct methods for phylogenetic reconstruction. Our results show that most of Eimeria species are monophyletic in regard to their hosts, and that multiple invasion events on mammal and bird hosts may have occurred along the evolutionary process. Thus, Eimeria parasites invaded ancestors of rodents, domestic fowl and Lagomorpha about 14, 11 and 7 million years ago, respectively.

Esse estudo abordou protozoários do gênero Eimeria com dois objetivos gerais: desenvolver ensaios moleculares para a discriminação das onze espécies de Eimeria de coelho e estudar as relações evolutivas Eimeria de hospedeiros mamíferos e aves. Para o primeiro objetivo, seqüenciou-se o ITS1 do rRNA das 11 espécies de Eimeria de coelho e desenhou-se iniciadores espécie-específicos. Não foi observada reatividade cruzada, e o limite de detecção variou entre 500 fg a 1 pg. Para a filogenia, sequenciou-se 4 marcadores moleculares de espécies de Eimeria de galinha e coelho. Foram feitas análises conjuntas com dados públicos de Eimeria de outros hospedeiros, usando-se vários métodos de reconstrução filogenética. Os resultados indicam que as espécies de Eimeria são em geral monofiléticas em relação aos seus hospedeiros, e que múltiplos eventos de invasão de hospedeiros mamíferos e aves teriam ocorrido ao longo da evolução. Assim, ancestrais de roedores, galinhas e Lagomorpha teriam sido invadidos em torno de 14, 11 e 7 milhões de anos atrás, respectivamente. / In this work, we used protozoans of the genus Eimeria for the following approaches: development of discrimination assays for the eleven Eimeria species of rabbits, and phylogenetic analysis of mammal and bird Eimeria. For the former study, we sequenced the ITS1 rRNA of the 11 Eimeria species of domestic rabbit and designed species-specific primers. No cross-reactivity has been observed, and the detection limit varied from 500 fg to 1 pg. For the phylogenetic analysis, we used four molecular markers of Eimeria species from domestic fowl and rabbit. An overall analysis comprising our data and public sequences of Eimeria from other hosts has been performed, and we used several distinct methods for phylogenetic reconstruction. Our results show that most of Eimeria species are monophyletic in regard to their hosts, and that multiple invasion events on mammal and bird hosts may have occurred along the evolutionary process. Thus, Eimeria parasites invaded ancestors of rodents, domestic fowl and Lagomorpha about 14, 11 and 7 million years ago, respectively.