Le but de cette these est d'etudier et developper des methodes pour la parallelisation efficace des applications scientifiques sur machines paralleles a memoire distribuee. Dans une premiere partie nous presentons deux bibliotheques de fonctions de communication PVM ((\it Parallel Virtual Machine)) et MPI ((\it Message Passing Interface)). Ces dernieres fournissent une portabilite des programmes sur la grande majorite des machines paralleles, mais aussi sur des reseaux d'ordinateurs heterogenes. Cette partie illustre le probleme de la mesure des performances pour des reseaux de processeurs heterogenes. Ceci nous a amene a adapter le calcul du facteur d'acceleration et de l'efficacite afin de pouvoir evaluer les performances d'un algorithme sur un reseau de processeurs heterogenes. La deuxieme partie est consacree a l'etude de bibliotheques numeriques paralleles, comme ScaLAPACK, et au developpement d'une methode etudiee de maniere theorique, mais peu utilisee en pratique pour augmenter les performances des fonctions de ces bibliotheques : le recouvrement calcul/communication. L'idee generale consiste a anticiper les communications, notamment en pipelinant l'envoi des messages. Des resultats experimentaux sur machines Cray T3D et IBM SP1, permettent de valider les etudes theoriques effectuees sur des algorithmes de base de ces bibliotheques.