Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2016-09-01T13:41:33Z No. of bitstreams: 2 dissertacao_Luis_versao_final.pdf: 15102445 bytes, checksum: 19cf08353dc3d5342446786c90e35595 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-01T13:41:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 dissertacao_Luis_versao_final.pdf: 15102445 bytes, checksum: 19cf08353dc3d5342446786c90e35595 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-05-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Ceratopogonidae family possesses four hematophagics genus: Forcipomyia, Leptoconops, Austroconops and Culicoides. The Culicoides are insects with 3mm in length, the female are vectors of helminths, protozoan and virus. The main arboviruses transmitted are Oropouche virus, endemic of amazon basin and Bluetongue Virus, which affects both wildlife and domestic livestocks. The convenience collections were done on Alvorada do Oeste, Buritis, Cacoal, Costa Marques, Espigão do Oeste, Guajará-Mirim, Pimenta Bueno, São Francisco Guaporé and Porto Velho municipalities, in Rondônia state through HP light traps between 18:00 and 06:00. Systematic collections were made in Porto Velho municipality on forest and pasture environments. Were collected 2,196 Culicoides (1,515 females and 681 males) distributed throughout 43 species and 27 morfotypes. The species most frequent were Culicoides insignis (n=1,594; 72.59%), C. foxi (n=76; 3.46%), C. hildebrandoi (n=53; 2.41%), C. leopoldoi (n=44; 2%), C. ocumarensis (n=34; 1.55%), C. pusillus (n=29; 1.32%) and C. glabrior (n=28; 1.28%). There were 37 news records of species in Rondônia and three for Brazil. The municipalities with greatest richness were Porto Velho (56), Cacoal (26) e Costa Marques (14). The municipalities with lowest richness were Espigão do Oeste (4), Buritis (3) and Alvorada do Oeste (2). Species with greatest distribution were C. foxi and C. leopoldoi. In Porto Velho were collected 1,773 individuals (1,179 female and 594 males), collected 228 individuals and 51 species in forest, and collected 1,545 individuals and 19 species in pasture. The most abundant species were C. insignis (n=1,472; 83%), C. foxi (n=45; 2.5%), C. glabrior (n=25; 1.4%) and C. ocumarensis (n=23; 1.3%). The forest presented most richness (41 species) and pasture presented greatest abundance (1,545 individuals). In Pasture the most abundant species were C. insignis (1,457-94.30%), C. foxi (34-2.20%) and C. ocumarensis (14-0.90%), and Forest the most abundant species were C. glabrior (25-10.96%), C. insignis (15-6.57%) e C. tetrathyris (15-6.57%). Diversity of species and eveness on Forest environment were greatest than Pasture environment. There was significant statistical difference (p=0.02) on species composition per environment. Diagnoses of some individuals of Rondônia were made. The findings of species of Culicoides on Rondônia now contribute to the total of 46 species, representing 36.8% of amazon species. The species C. darlingtonae, C. contubernalis e C. rodriguezi contribute for ampliation of geographic distribution this species and increase of amazon species fauna. The wide distribution of C. foxi and C. leopoldoi suggest that this species are ecletics for ecotypes and blood meal sources (chicken, livestock and human). The high abundance of C. insignis indicates that feeding behavior on mammals can be one of the factors contributing to the high number of individuals on light traps when placed near blood meal sources. Low number of individuals of C. paraensis on rural areas suggests that this specie is little attracted to light traps due to its diurnal or anthropophilic and urban habit that this species has. In Porto Velho, greatest abundance of C. insignis on Pasture can is related to the wet and muddy substrate with decaying organic matter, which favors the development of immature. The greatest diversity in forest can be explained by water bodies, wetlands, undergrowth, fruit peels present in this breeding sites, which makes it conducive to the proliferation and maintenance of Culicoides species. The diagnosis of the main morphotypes shows differences and similarities in relation to species already described, indicating possible new species for the state of Rondônia. / A família Ceratopogonidae possui quatro gêneros hematófagos: Forcipomyia, Leptoconops, Austroconops e Culicoides. Os Culicoides são insetos com até 3 mm de tamanho, as fêmeas são vetores de helmintos, protozoários e vírus. As principais arboviroses transmitidas são Oropouche, endêmica da bacia amazônica e Vírus da Língua Azul, que acomete bovinos silvestres e domésticos. As coletas de conveniência foram realizadas nos municípios de Alvorada do Oeste, Buritis, Cacoal, Costa Marques, Espigão do Oeste, Guajará-Mirim, Pimenta Bueno e São Francisco Guaporé, no estado de Rondônia, por meio de armadilhas luminosas HP entre 18:00 e 06:00. As coletas sistemáticas foram feitas no município de Porto Velho nos ambientes de floresta e pasto. Foram capturados 2.196 indivíduos, (1.515 fêmeas e 681 machos), distribuídos em 43 espécies e 27 morfótipos. As espécies mais frequentes foram Culicoides insignis (n=1.594; 72,59%), C. foxi (n=76; 3,46%), C. hildebrandoi (n=53; 2,41%), C. leopoldoi (n=44; 2%), C. ocumarensis (n=34; 1,55%), C. pusillus (n=29; 1,32%) e C. glabrior (n=28; 1,28%). Houve 37 novos registros de espécies em Rondônia e três novos registros para o Brasil. Os municípios com maior riqueza foram Porto Velho (56), Cacoal (26) e Costa Marques (14). Os municípios com menor de número de espécies foram Espigão do Oeste (4), Buritis (3) e Alvorada do Oeste (2). As espécies com maior distribuição foram C. foxi e C. leopoldoi. No município de Porto Velho foram capturados 1.773 indivíduos (1.179 fêmeas e 594 machos), sendo coletados 228 espécimens e 51 espécies em floresta, e 1.545 indivíduos e 19 espécies em pasto. As espécies mais abundantes foram C. insignis (1.472; 83%), C. foxi (45; 2,5%), C. glabrior (25; 1,4%) e C. ocumarensis (23; 1,3%). Floresta apresentou maior riqueza (41) e o pasto apresentou maior abundância (n=1.545). No pasto as espécies mais abundantes foram C. insignis (1.457-94,30%), C. foxi (34-2,20%) e C. ocumarensis (14-0,90%), e em floresta as mais abundantes foram C. glabrior (25-10,96%), C. insignis (15-6,57%) e C. tetrathyris (15-6,57%). A diversidade de espécies e a homogeneidade foram maiores em área de floresta do que o ambiente pasto. Houve diferença estatística significativa (p=0,02) na composição de espécies por ambiente. Foram realizadas diagnoses de alguns morfótipos de Rondônia. O achado de espécies de Culicoides em Rondônia contribui agora para o total de 46 espécies, representando 36,8% das espécies amazônicas. As espécies C. darlingtonae, C. contubernalis e C. rodriguezi contribuem para a ampliação da distribuição geográfica dessas espécies e o incremento da fauna de espécies amazônicas. A ampla distribuição de C. foxi e C. leopoldoi sugere que essas espécies são ecléticas às opções de ecótopos e fontes de repasto (galinhas, gados e humanos). A alta abundância de C. insignis indica que o comportamento alimentar sobre os mamíferos pode ser um dos fatores que contribui para o elevado número de indivíduos em armadilhas luminosas, quando colocadas próximas a fontes de repasto. O baixo número de C. paraensis na zona rural sugere que essa espécie é pouco atraída às armadilhas luminosas devido a seu hábito diurno ou ao hábito antropofílico e urbano que essa espécie apresenta. Em Porto Velho, a maior abundância de C. insignis em pasto pode está relacionado ao substrato úmido e enlameado com matéria orgânica em decomposição, que favorece o desenvolvimento de imaturos. A maior diversidade em floresta pode ser explicada pelos corpos d’água, brejos, serrapilheira, cascas de frutas presentes neste ecótopo, que torna propício à proliferação e manutenção de espécies de Culicoides. A diagnose dos principais morfótipos mostra diferenças e semelhanças em relação às espécies já descritas, indicando possíveis espécies novas para o estado de Rondônia.

Submitted by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2018-07-13T18:47:44Z No. of bitstreams: 2 dissertacao_Luis_versao_final.pdf: 15102445 bytes, checksum: 19cf08353dc3d5342446786c90e35595 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-13T18:47:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 dissertacao_Luis_versao_final.pdf: 15102445 bytes, checksum: 19cf08353dc3d5342446786c90e35595 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-05-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Ceratopogonidae family possesses four hematophagics genus: Forcipomyia, Leptoconops, Austroconops and Culicoides. The Culicoides are insects with 3mm in length, the female are vectors of helminths, protozoan and virus. The main arboviruses transmitted are Oropouche virus, endemic of amazon basin and Bluetongue Virus, which affects both wildlife and domestic livestocks. The convenience collections were done on Alvorada do Oeste, Buritis, Cacoal, Costa Marques, Espigão do Oeste, Guajará-Mirim, Pimenta Bueno, São Francisco Guaporé and Porto Velho municipalities, in Rondônia state through HP light traps between 18:00 and 06:00. Systematic collections were made in Porto Velho municipality on forest and pasture environments. Were collected 2,196 Culicoides (1,515 females and 681 males) distributed throughout 43 species and 27 morfotypes. The species most frequent were Culicoides insignis (n=1,594; 72.59%), C. foxi (n=76; 3.46%), C. hildebrandoi (n=53; 2.41%), C. leopoldoi (n=44; 2%), C. ocumarensis (n=34; 1.55%), C. pusillus (n=29; 1.32%) and C. glabrior (n=28; 1.28%). There were 37 news records of species in Rondônia and three for Brazil. The municipalities with greatest richness were Porto Velho (56), Cacoal (26) e Costa Marques (14). The municipalities with lowest richness were Espigão do Oeste (4), Buritis (3) and Alvorada do Oeste (2). Species with greatest distribution were C. foxi and C. leopoldoi. In Porto Velho were collected 1,773 individuals (1,179 female and 594 males), collected 228 individuals and 51 species in forest, and collected 1,545 individuals and 19 species in pasture. The most abundant species were C. insignis (n=1,472; 83%), C. foxi (n=45; 2.5%), C. glabrior (n=25; 1.4%) and C. ocumarensis (n=23; 1.3%). The forest presented most richness (41 species) and pasture presented greatest abundance (1,545 individuals). In Pasture the most abundant species were C. insignis (1,457-94.30%), C. foxi (34-2.20%) and C. ocumarensis (14-0.90%), and Forest the most abundant species were C. Glabrior (25-10.96%), C. insignis (15-6.57%) e C. tetrathyris (15-6.57%). Diversity of species and eveness on Forest environment were greatest than Pasture environment. There was significant statistical difference (p=0.02) on species composition per environment. Diagnoses of some individuals of Rondônia were made. The findings of species of Culicoides on Rondônia now contribute to the total of 46 species, representing 36.8% of amazon species. The species C. Darlingtonae, C. contubernalis e C. rodriguezi contribute for ampliation of geographic distribution this species and increase of amazon species fauna. The wide distribution of C. foxi and C. leopoldoi suggest that this species are ecletics for ecotypes and blood meal sources (chicken, livestock and human). The high abundance of C. insignis indicates that feeding behavior on mammals can be one of the factors contributing to the high number of individuals on light traps when placed near blood meal sources. Low number of individuals of C. paraensis on rural areas suggests that this specie is little attracted to light traps due to its diurnal or anthropophilic and urban habit that this species has. In Porto Velho, greatest abundance of C. insignis on Pasture can is related to the wet and muddy substrate with decaying organic matter, which favors the development of immature. The greatest diversity in forest can be explained by water bodies, wetlands, undergrowth, fruit peels present in this breeding sites, which makes it conducive to the proliferation and maintenance of Culicoides species. The diagnosis of the main morphotypes shows differences and similarities in relation to species already described, indicating possible new species for the state of Rondônia. / A família Ceratopogonidae possui quatro gêneros hematófagos: Forcipomyia, Leptoconops, Austroconops e Culicoides. Os Culicoides são insetos com até 3 mm de tamanho, as fêmeas são vetores de helmintos, protozoários e vírus. As principais arboviroses transmitidas são Oropouche, endêmica da bacia amazônica e Vírus da Língua Azul, que acomete bovinos silvestres e domésticos. As coletas de conveniência foram realizadas nos municípios de Alvorada do Oeste, Buritis, Cacoal, Costa Marques, Espigão do Oeste, Guajará-Mirim, Pimenta Bueno e São Francisco Guaporé, no estado de Rondônia, por meio de armadilhas luminosas HP entre 18:00 e 06:00. As coletas sistemáticas foram feitas no município de Porto Velho nos ambientes de floresta e pasto. Foram capturados 2.196 indivíduos, (1.515 fêmeas e 681 machos), distribuídos em 43 espécies e 27 morfótipos. As espécies mais frequentes foram Culicoides insignis (n=1.594; 72,59%), C. foxi (n=76; 3,46%), C. hildebrandoi (n=53; 2,41%), C. leopoldoi (n=44; 2%), C. ocumarensis (n=34; 1,55%), C. pusillus (n=29; 1,32%) e C. glabrior (n=28; 1,28%). Houve 37 novos registros de espécies em Rondônia e três novos registros para o Brasil. Os municípios com maior riqueza foram Porto Velho (56), Cacoal (26) e Costa Marques (14). Os municípios com menor de número de espécies foram Espigão do Oeste (4), Buritis (3) e Alvorada do Oeste (2). As espécies com maior distribuição foram C. foxi e C. leopoldoi. No município de Porto Velho foram capturados 1.773 indivíduos (1.179 fêmeas e 594 machos), sendo coletados 228 espécimens e 51 espécies em floresta, e 1.545 indivíduos e 19 espécies em pasto. As espécies mais abundantes foram C. Insignis (1.472; 83%), C. foxi (45; 2,5%), C. glabrior (25; 1,4%) e C. ocumarensis (23; 1,3%). Floresta apresentou maior riqueza (41) e o pasto apresentou maior abundância (n=1.545). No pasto as espécies mais abundantes foram C. insignis (1.457-94,30%), C. foxi (34-2,20%) e C. ocumarensis (14-0,90%), e em floresta as mais abundantes foram C. glabrior (25-10,96%), C. Insignis (15 6,57%) e C. tetrathyris (15-6,57%). A diversidade de espécies e a homogeneidade foram maiores em área de floresta do que o ambiente pasto. Houve diferença estatística significativa (p=0,02) na composição de espécies por ambiente. Foram realizadas diagnoses de alguns morfótipos de Rondônia. O achado de espécies de Culicoides em Rondônia contribui agora para o total de 46 espécies, representando 36,8% das espécies amazônicas. As espécies C. darlingtonae, C. contubernalis e C. rodriguezi contribuem para a ampliação da distribuição geográfica dessas espécies e o incremento da fauna de espécies amazônicas. A ampla distribuição de C. foxi e C. leopoldoi sugere que essas espécies são ecléticas às opções de ecótopos e fontes de repasto (galinhas, gados e humanos). A alta abundância de C. Insignis indica que o comportamento alimentar sobre os mamíferos pode ser um dos fatores que contribui para o elevado número de indivíduos em armadilhas luminosas, quando colocadas próximas a fontes de repasto. O baixo número de C. paraensis na zona rural sugere que essa espécie é pouco atraída às armadilhas luminosas devido a seu hábito diurno ou ao hábito antropofílico e urbano que essa espécie apresenta. Em Porto Velho, a maior abundância de C. insignis em pasto pode está relacionado ao substrato úmido e enlameado com matéria orgânica em decomposição, que favorece o desenvolvimento de imaturos. A maior diversidade em floresta pode ser explicada pelos corpos d’água, brejos, serrapilheira, cascas de frutas presentes neste ecótopo, que torna propício à proliferação e manutenção de espécies de Culicoides. A diagnose dos principais morfótipos mostra diferenças e semelhanças em relação às espécies já descritas, indicando possíveis espécies novas para o estado de Rondônia.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-11T12:04:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusOropouche.pdf: 8072606 bytes, checksum: 4583fd996c0fca9e376db310de118adb (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-08T15:49:26Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusOropouche.pdf: 8072606 bytes, checksum: 4583fd996c0fca9e376db310de118adb (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-08T15:49:26Z (GMT). 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Para tanto 66 isolamentos do VORO pertencentes ao acervo do Instituto Evandro Chagas foram propagados em camundongos e em cultura de células VERO, seguida da extração do RNA viral e obtenção do cDNA por RTPCR; os amplicons foram purificados e submetidos ao sequenciamento nucleotídico para análises moleculares e evolução, incluindo o rearranjo genético, estudo de relógio molecular e análise de dispersão viral. Foi demonstrada a presença de quatro linhagens distintas do VORO na Amazônia brasileira (genótipos I, II, III e IV), sendo os genótipos I e II, respectivamente os mais frequentemente encontrados em áreas da Amazônia ocidental e oriental. Esses e o genótipo III estão constantemente evoluindo, mediante o mecanismo “boom and boost” que resulta na emergência seguida de substituição das sublinhagens (subgenótipos) circulantes por outras mais recentes. O genótipo III do VORO, previamente encontrado somente no Panamá, foi descrito na Amazônia e Sudeste do Brasil. Os dados obtidos pela análise filogenética comparativa das topologias para os segmentos PRNA e MRNA sugerem que o VORO utiliza o rearranjo genético como mecanismo de geração de biodiversidade viral, sendo o genótipo I o mais estável e o II o mais instável e, portanto, mais sensível às pressões evolutivas; foi reconhecido um novo genótipo do VORO neste estudo em amostras isoladas em Manaus no ano de 1980, que foi denominado de genótipo IV. O estudo do relógio molecular mostrou que a emergência do VORO se deu no Estado do Pará provavelmente há 223 anos e daí ao longo dos anos se dispersou pela PanAmazônia bem como para o Caribe, sendo que o genótipo I foi o que originou os demais genótipos do VORO. / Oropouche Virus (OROV; Bunyaviridae, Orthobunyavirus) is one of most important arbovirus which infects humans in the Brazilian Amazon, and is also the causal agent of Oropouche fever. Between 1961 and 2009, dozens of epidemics were registered in several urban centers of the Brazilian states of Acre, Amapá, Amazonas, Maranhão, Pará, Rondônia and Tocantins, and also in Panama, Peru and Trinidad & Tobago. This work aimed to develop a retrospective epidemiologic and molecular study of OROV emphasizing its distribution, epidemic dynamics in the period, as well as the dispersion of the OROV genotypes in Brazil and other Latin American countries as a contribution to understanding of the molecular epidemiology of it. A total of 66 OROV isolates of the Instituto Evandro Chagas collection were growth into VERO cells and suckling mice; then, RNA was extracted and cDNA prepared by RT-PCR; the amplicons were purified and submitted to nucleotide sequencing to further molecular and evolution analyzes including genetic reassortment, molecular clock and viral dispersion. It was demonstrated the circulation of four different genetic lineages of OROV in the Brazilian Amazon (genotypes I, II, III, and IV); the genotypes I and II were respectively the most distributed OROV genotypes in Occidental and Oriental Amazon areas. These and the genotype III have been continuously under evolution pressure and changing by the mechanism “boom and boost” which result in an emergence of new OROV sub-genotypes that replace the older circulating sub-lineages in an area. The genotype III which was previousouly recognized in Panama it was identified in the Amazon and Southeast regions. The results obtained by the comparative phylogenetic analyses of the SRNA and MRNA topologies suggest that OROV uses the genetic reassortment as mechanism to further generate its viral biodiversity, and the genotype I is the most stable, while the genotype II is the most unstable, and therefore under higher evolutionary pressure; it was recognized a new OROV genotype in this study, the genotype IV. The molecular clock analysis showed that OROV emerged in Pará State approximately 223 years ago, and along of the years did its dispersal and evolution through the Pan- Amazon as well as to the Caribbean and Central America regions, and the genotype I was responsible by the emergence of all other OROV genotypes.