La Ciénaga de Zapata es el mayor humedal cubano y uno de los más importantes y mejor conservados de las islas del Caribe. Está cubierto de extensos manglares, herbazales, bosques de ciénaga y vegetación costera. No obstante es una de las zonas menos estudiadas del país, debido fundamentalmente al grado de inaccesibilidad de muchas de sus áreas. Por tal motivo se realizó el diagnóstico del estado actual de la flora vascular del humedal Ciénaga de Zapata, que permitió caracterizar su flora e identificar la situación ambiental del ecosistema. Se realizaron inventarios florísticos, localización y caracterización ambiental del ecosistema durante 38 años, cuantificándose un total de 1370 taxones infragenéricos, 708 géneros y 155 familias. Se reportaron 50 nuevos registros para la flora del territorio. Las familias botánicas más representadas son Poaceae (184) y Leguminosae (115). Predominan las hierbas (47.4%), los arbustos (19), árboles (15) y trepadoras (11). Se listaron 47 especies con categorías de amenazadas, de ellas 21 están protegidas por la Ley Forestal, 80.58% son nativas y 35,7% sinantrópicas. El endemismo resultó en un 11% y las formaciones vegetales más ricas en especies endémicas son Bosque semicaducifolio esclerófilo (54 especies), sabanas sl. (51), bosque semicaducifolio mesófilo (43) y el matorral xeromorfo costero con abundancia de Cactaceae (43). Se identificaron siete especies exóticas invasoras agresivas que más afectan al humedal, además de los incendios forestales y la caza furtiva.