Resumo: Os chamados cromossomos supranumerários ou B, também denominados de cromossomos extras ou acessórios, são elementos genômicos adicionais e não homólogos aos do complemento A. Alguns estudiosos consideram que os cromossomos B poderiam ter sido originados dos cromossomos do complemento cariotípico e posteriormente seguido sua própria evolução, mas existem também outras hipóteses a respeito disso. A presença desse tipo de cromossomo tem sido descrita em animais e plantas e estes elementos estruturais extras constituem material genético de origem e função geralmente desconhecidas. As mudanças no complemento cariotípico relacionadas à presença dos cromossomos B e a sua distribuição têm sido descritas como participantes dos mecanismos evolutivos em vertebrados. Entre os peixes, principalmente da fauna Neotropical, a presença de cromossomos B apresenta-se de forma expressiva entre as espécies, sendo de grande interesse para estudos sobre sua estrutura, origem e função no processo de diversificação biológica. Estes cromossomos têm um comportamento diferencial, quando submetidos à coloração por bandamento C, geralmente se apresentando total ou parcialmente heterocromáticos e às vezes eucromáticos. Essas características podem ser uma forte evidência da sua provável origem e evolução independente. Portanto, sabendo-se que o entendimento sobre os cromossomos B depende de intensivas análises citogenéticas e moleculares, e com o intuito de entender a natureza dos processos envolvidos na evolução desses cromossomos, no presente trabalho foram analisados cinco populações de Moenkhausia sanctaefilomenae e as espécies Moenkhausia cosmops e Moenkhausia oligolepis pertencentes a diferentes bacias hidrográficas brasileiras. Foram utilizadas em exemplares de M. sanctaefilomenae, população do ribeirão Araquá, técnicas citogenéticas básicas... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The so-called supernumerary or B chromosomes, also known as extra or accessory chromosomes, are additional genomic elements non-homologous to those from the standard or A complement. Some experts argue that B chromosome would have been derived from the standard karyotype that have undergone their own evolutionary history, bout other hypotheses have also been proposed. The occurrence of these chromosomes has been described in both animals and plants but the origin and function of such extra structural elements remains poorly understood. Karyotypical changes related to the presence of B chromosomes and their distribution have been reported as evolutionary mechanisms in vertebrates. Among fish, mainly neotropical ones, B chromosomes are expressively found in many species, justifying their great interest for studies about structure, origin and function during biological diversification processes. These chromosomes have a differential behavior when submitted to C-banding, being entirely or partially heterochromatic or else euchromatic. These features might be a reliable evidence of their probable independent origin and evolution. Therefore, the understanding about B chromosomes depends on intensive cytogenetic and molecular analyses, and in order to comprehend the nature of their evolutionary processes, five populations of Moenkhausia sanctaefilomenae and the species Moenkhausia cosmops and Moenkhausia oligolepis from different Brazilian hydrographic basins were analyzed in the present work. Basic cytogenetic (Giemsa staining, silver-stained NOR location and C-banding) and molecular (base-specific fluorochromes, 18S rDNA and 5S rDNA fluorescent in situ hybridization) techniques were applied on specimens of M. sanctaefilomenae from Araquá stream, to verify particularities related to heterochromatin distribution and B chromosomes, representing an interesting model for further molecular... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: Adriane P. Wasko / Banca: Roberto Ferreira Artoni / Banca: Sanae kasahara / Banca: Débora Diniz Bezerra / Banca: Orlando Moreira Flho / Doutor

Resumo: Muitas espécies marinhas estão em risco de extinção devido à exploração excessiva e carência de manejo de nossos oceanos. Reduzir a intensidade do impacto das atividades antrópicas sobre o ambiente marinho é uma tarefa complexa, uma vez que grande parte da população mundial reside próximo às áreas costeiras, e por isso, freqüentemente depende dos recursos marinhos para sua subsistência e lazer. Essa dependência dos seres humanos em relação aos oceanos torna crucial o conhecimento dos ecossistemas marinhos para adequado manejo de seus recursos. Hoje em dia, a pesquisa nessa área é ainda bastante limitada, principalmente, devido às dificuldades de se trabalhar nos oceanos. Entretanto as análises de DNA estão contribuindo significativamente para o nosso conhecimento acerca da distribuição e saúde das populações de espécies marinhas criticamente ameaçadas. Dentre as espécies ameaçadas destaca-se o tubarão-martelo Sphyrna lewini cujas populações naturais estão atualmente em acelerada depleção devido à excessiva exploração pela pesca, principalmente para a comercialização de suas valorizadas nadadeiras nos mercados asiáticos. Esta espécie apresenta características relacionadas à sua disribuição e ao seu ciclo de vida que podem conduzir à estruturação em finaescala de suas populações. No presente trabalho foi verificada a existência de estruturação genética de S. lewini no Atlantico entre as populações do Brasil, Golfo do México e Mar do Caribe. Também foi detectada estruturação em fina escala ao longo da costa do Brasil, possivelmente em função do comportamento filopátrico de fêmeas dessa espécie e à existência de áreas de berçários costeiras. Os dados obtidos no presente trabalho evidenciam que as populações de tubarões-martelo do Atlantico Ocidental são geneticamente distintas, mesmo considerando-se curtas... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The scalloped hammerhead shark Sphyrna lewini is a cosmopolitan species heavily exploited for fisheries and fin trade. Here we used mitochondrial DNA control region sequences to trace market-derived Sphyrna lewini fins back to their geographical region of origin. We showed that twenty-one percent of these fins were derived from the Western Atlantic, where this species is endangered. We also evaluated the population genetic structure and differentiation of S. lewini along Western Atlantic employing mtDNA and microsatellites. Our mtDNA results indicate strong population subdivision and four distinct genetic stocks along the studied area due to philopatric females with high fidelity to natal region. Contrarily, males facilitate gene flow dispersal and connection among areas as supported by low genetic differentiation verified in the 10 microsatellite loci analysis. We also report the occurrence of a rare cryptic scalloped hammerhead shark species lineage in the Southeastern Atlantic based on the analysis of nuclear (ITS2) and mitochondrial control region (CR) markers. Finally, we also developed a suite of species-specific primers sharks for global identification of sharpnose sharks (genus Rhizoprionodon). These species are morphologically very similar to one another and exhibit life-history characteristics (rapid growth, early maturity, annual reproduction) that suggests that they could be fished in a sustainable manner assuming an investment in monitoring, assessment and careful management. Here we successfully validated an approach that accurately distinguishes sharpnose sharks from a wide range of other sharks (52 species) and can therefore assist in the regulation of coastal shark fisheries around the world / Orientador: Cesar Martins / Coorientador: Otto Bismarck Fazzano Gadig / Banca: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Andrey Leonado Fagundes Castro / Banca: Reinaldo Otávio Alvarenga Alves de Brito / Banca: Mercival Roberto Francisco / Doutor

Resumo: Bryconinae compreende um grupo de peixes com um grande número de espécies distribuídas em sistemas hidrográficos da América Central e da América do Sul. Análises cromossômicas baseadas em técnicas citogenéticas clássicas revelaram que todas as espécies estudadas até o momento apresentam cariótipos similares sem a presença de cromossomos sexuais heteromórficos. Visando ampliar os dados genéticos acerca das relações entre as espécies deste gênero e sobre a evolução cromossômica deste grupo, o objetivo do presente estudo foi isolar e caracterizar fragmentos de DNA associados a um determinado sexo e repetições de DNA satélite em Brycon cephalus e B. orbignyanus. Desta forma, uma análise de marcadores RAPD ("Random Amplified Polymorphic DNA") e uma dinâmica de digestão enzimática de DNA total foram realizadas. Sessenta e seis primers decâmeros foram utilizados em PCR revelando um fragmento de RAPD, composto por 535 pb, presente em fêmeas de B. cephalus. Dados de hibridização em membrana ("dot-blot") e de um marcador SCAR ("Sequence Characterized Amplified Region") desenvolvido confirmaram a especificidade deste fragmento a fêmeas desta espécie e revelaram sua ausência em duas outras espécies do gênero - B. orbignyanus e B. lundii.Digestões enzimáticas de DNA de B. cephalus e B. orbignyanus não evidenciaram diferenças entre machos e fêmeas. Por outro lado, as digestões realizadas com EcoRV, EcoRI, NotI, XbaI e XhoI em B. cephalus levaram à identificação de fragmentos de aproximadamente 250-300 pb em ambos os sexos que provavelmente correspondem a repetições de DNA satélite, denominadas de SatBc1, SatBc2, SatBc3, SatBc4 e SatBc5, respectivamente. A enzima HindIII permitiu a visualização de duas bandas de restrição com cerca de 650 e 850 pb (denominadas de SatBo1 e SatBo2) em machos e fêmeas de B. orbignyanus... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bryconinae stands for a fish group with several species that have been reported in South and Central America hydrographic systems. Chromosome analyses based on classical cytogenetic techniques have revealed that all species so far studied present similar karyotypes with no heteromorphic sex chromosomes. In order to improve genetic data on the species relationships and chromosome evolution, the purpose of the present study was to isolate and characterize sex-associated DNA fragments and satellite repeats in Brycon cephalus and B. orbignyanus. For this purpose, a random amplified polymorphic DNA (RAPD) assay and a genomic DNA restriction digestion analysis were performed. Sixty six decamer primers were used in PCR revealing a RAPD fragment, composed by 535 bp, present in females of B. cephalus. Data on dot-blot hybridization and on a designed SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) marker confirmed its female-specificity in this species and revealed its absence in two other species of the genus - B. orbignyanus and B. lundii. Genomic DNA restriction digestions in B. cephalus and B. orbignyanus resulted in no differences between sexes of both species. However, EcoRV, EcoRI, NotI, XbaI and XhoI DNA digestions in B. cephalus led to the identification of fragments of approximately 250-300 bp in both sexes that probably correspond to satellite DNA repeats, denominated SatBc1, SatBc2, SatBc3, SatBc4 and SatBc5, respectively.The HindIII enzyme permitted the visualization of two restriction bands of around 650 and 850 bp (named as SatBo1 and SatBo2) in males and females of B. orbignyanus. Characterization of the SatBc1 fragment isolated from B. cephalus indicated that its monomeric unit is constituted by 255 bp and 52.9% AT rich. The obtained RAPD data can lead to the supposition that B. cephalus may present heteromorphic sex chromosomes that should be in an early phase... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Adriane Pinto Wasko / Coorientador: Cesar Martins / Banca: Guaracy Tadeu Rocha / Banca: Lúcia Giuliano-Caetano / Mestre

Orientador: Fabio Porto-Foresti / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: José Carlos Pansonato Alves / Resumo: A hibridação interespecífica é considerada por diversos autores um método de melhoramento genético de difícil compreensão, uma vez que os produtos obtidos do acasalamento de diferentes espécies podem originar diversos produtos genéticos tais como Ginogenéticos e Androgenéticos Haplóides ou Diplóides, Híbridos Diplóides simples, Triplóides ou até indivíduos Tetraplóides. A aplicação da hibridação Interespecífica é utilizada no sistema de manejo nas grandes Pisciculturas que visa produzir animais que possuam melhor desempenho que as espécies parentais (vigor híbrido), como o aumento da taxa de crescimento, melhor qualidade da carne, resistência a doenças e capacidade de tolerar variações ambientais, além do aperfeiçoamento de diversas outras características a fim produzir peixes mais proveitosos para o cultivo. Dentre aproximadamente 40 espécies de peixes de interesse comercial no Brasil, destaca-se o gênero Brycon, de grande interesse nos centros de Pisciculturas devido à qualidade da carne, ao hábito alimentar, ao rápido crescimento e ganho de peso.Com o objetivo de compreender o mecanismo de hibridação, foram analisados 10 exemplares de cada espécie parental B.amazonicus (Matrinxã) e B.hilarii (Piraputanga) e 10 exemplares da respectiva geração Filial. Através da técnica de coloração com Giemsa, observou-se um conjunto diplóide 2n = 50 cromossomos em todos os indivíduos analisados das espécies parentais e da geração Filial. No entanto, houve diferenciação na formação cariotípica dos parentais e da geração filial.O parental Matrinxã (B.amazonicus) e sua geração Filial apresentaram uma constituição cariotíca de seis cromossomos do tipo metacêntrico, nove cromossomos submetacêntrico e dez cromossomos subtelocêntrico, enquanto que o parental Piraputanga (B.hilarii) apresentou uma constituição cariotípica de dez pares... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Interspecific hybridization is considered by many authors as a method of breeding that is difficult to understand, since the mating products obtained from different species can cause many genetic products, such as gynogenetic and androgenetic haploid or diploid, diploid hybrid simple, triploid or even individuals tetraploids. The application of Interspecific hybridization is used in the management system in major fisheries that aims to produce animals that have better performance than the parental species (hybrid vigor), as increased growth rate, meat quality, disease resistance and ability to tolerate environmental changes besides the improvement of several other characteristics in order to produce more profitable fish farming.Out of approximately 40 fish species of commercial interest in Brazil, there is the genus Brycon, of great interest in the centers of fish farms due to meat quality, the feeding habits of the rapid growth and weight gain. Aiming to understand the mechanism of hybridization, we analyzed 10 specimens of each parental species B.amazonicus (Matrinxã) and B.hilarii (Piraputanga) and 10 of filial generation. By staining with Giemsa, all specimens analyzed have a number diploid with 2n = 50 chromosomes. However, there was karyotypic differentiation in the formation of parental and filial generation. The parental Matrinxã (B.amazonicus) and his generation branch had a karyotype constitution of six chromosomes of metacentric type, nine submetacentric chromosomes and ten subtelocêntric chromosomes, while the parental Piraputanga (B.hilarii) showed a karyotype constitution of ten pairs of chromosomes metacentric, nine pairs of chromosomes submetacentric and six subtelocentric chromosomes pairs.The detection of Nucleolar Organizer Regions (RONs) was obtained by the technique of impregnation by silver nitrate (Ag-NORs) that showed markings on the telomeric region... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Lilian Castiglioni / Coorientador: Eduardo Alves de Almeida / Banca: Hermione Elly Melara de Campos Bicudo / Banca: Uderlei Doniseti Silveira Covizzi / Resumo: O gênero Macrobrachium Bate, 1868, pertence à família Palaemonidae, a qual é amplamente distribuída pelas regiões tropicais e subtropicais, apresentando grande importância nos ecossistemas que habitam. As esterases pertencem a um grupo de enzimas que hidrolisam, preferencialmente, os ésteres de ácidos carboxílicos. Diferentes tipos de esterases têm sido caracterizadas em inúmeros organismos, fato este que comprova sua importância fisiológica. Os organofosforados (OP) e carbamatos (CM) compõem um grupo importante de praguicidas que agem inibindo um vasto grupo de enzimas, dentre elas, as esterases. A avaliação da atividade de acetilcolinesterase (AChE) e carboxilesterase (CbE) tem sido empregada com sucesso para monitorar a presença destes praguicidas no ambiente. O presente trabalho teve como objetivo geral estudar a variabilidade genética de duas espécies pertencentes ao gênero Macrobrachium (M. jelskii e M. amazonicum), a partir da caracterização bioquímica das esterases do hepatopâncreas de machos e fêmeas adultos, e avaliar o comportamento das mesmas perante a exposição ao Diazinon e Clorpifos (OPs) e Carbaril (CM). No presente trabalho, esse sistema enzimático foi analisado nas duas espécies de camarões citadas acima. Foram visualizadas 12 bandas esterásicas em ambas as espécies, compreendendo quatro classes diferentes das mesmas (acetilesterase, arilesterase, carboxilesterase e colinesterase). Nenhuma diferença qualitativa na presença de bandas interespecíficas, e nem quanto ao sexo, essas diferenças existem apenas nas frequências das mesmas. Em M. amazonicum o diazinon inibiu parcialmente a AChEs, in vitro, e apresentou pequena inibição em CbE. Por outro lado este composto não atuou efetivamente em nenhuma das enzimas testadas em... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genus Macrobrachium Bate, 1868, belongs to the Palaemonidae family, which is widely distributed throughout tropical and subtropical regions, with great importance in their habitat. Esterases belong to a group of enzymes which hydrolyze rather carboxylic acids esters. Different kind of esterases have been characterized in numerous organisms, this fact proves their physiologic importance. Organophosphate and carbamate compose an important group of pesticide which acts inhibiting a large group of enzymes, including esterases. The activity evaluation of acetylcholinesterase (AChE) and carboxilesterase (CbE) have been successfully employed to monitor this pesticides presence in environment. The present study has as general aim studying the genetic variability of two species from Macrobrachium genus (M. jelskii e M. amazonicum) from the esterases biochemistry characterization in hepatopancreas of adult male and female, and evaluates the behavior of these enzymes before the exposure to Diazinon and Clorpifos (OPs) and Carbaril (CM), important pesticides widely used in our region. In this work, this enzymatic system was analyzed in two prawns species mentioned above. Twelve esterasic bands were observed in both species, comprising four different classes of them (acetilesterase, arilesterase, carboxilesterase e colinesterase). No qualitative difference in the presence of interespecific bands, neither about the sexes was observed. These differences are only in their frequencies. In M. amazonicum, diazinon inhibited partially AChE and showed small inhibition of CbE. On the other hand this chemical did not operate in none of the enzymes tested for M. jelskii. Chlorpirifos induced a great inhibition as in AChE as in CbE to the tested species, but this inhibitory effect was... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Mary Massumi Itoyama / Banca: Maria Izabel Camargo Mathias / Banca: Luis Gustavo da Conceição Galego / Banca: Eliana Morielle Versute / Banca: Hermione Elly Melara de Campos Bicudo / Resumo: Os Heteroptera apresentam particularidades, como a variação entre as espécies no número de lobos testiculares e colorações diferentes da bainha peritoneal. Além destas características, algumas espécies da família Pentatomidae possuem um dos lobos testiculares com características morfológicas e celulares diferentes dos demais lobos, levando à formação de espermatozoides com funções diversificadas. Embora apresentem inúmeras características peculiares, como as tratadas anteriormente, o modo como evoluem necessita de análises aprofundadas. Assim, o presente trabalho objetivou analisar a evolução dos caracteres números de lobos, pigmentação da bainha peritoneal, espermatozoides não fertilizantes e cariótipo, baseando-se nas reconstruções filogenéticas. Foram utilizados, como marcadores, moleculares os genes mitocondriais COI, 16S e o nuclear 18S. Foi feito o sequenciamento de parte desses genes de 25 espécies de Heteroptera, sendo 12 da Família Coreidae e 13 da família Pentatomidae. Verificou-se que sozinhos estes genes não forneceram uma inferência segura nas análises evolutivas. Com tais genes concatenados, as informações puderam se somar, porém devido à baixa consistência nos ramos, as inferências evolutivas devem ser vistas com cautela. Desse modo, esta pesquisa evidenciou a complexidade das distribuições das características testiculares e citogenéticas relatadas através da filogenia molecular. Tornando-se necessário ampliar estes estudos com novas abordagens, como a utilização de caracteres morfológicos ou outros marcadores moleculares para elucidar sua evolução / Abstract: Heteroptera have peculiarities, including varying numbers of testicular lobes and different coloration of the peritoneal sheath between species. In addition to these features, some species in the Pentatomidae family have testicular lobes with morphologies and cells that are differentiated from the others, leading to the formation of spermatozoa with diversified functions. Although Heteroptera have many peculiar features, such as those previously reported, the study of their evolution requires detailed analysis. Thus, this study aimed to analyze the evolution of the characteristic number of lobes, peritoneal sheath pigmentation, production of non-fertilizing sperm and karyotype based on phylogenetic reconstructions using molecular markers, such as the COI, 16S and nuclear 18S mitochondrial genes. Thus, portions of genes from 25 Heteroptera species, including 12 from the Coreidae family and 13 from the Pentatomidae family, were sequenced. These genes alone did not provide reliable inference for evolutionary analyzes. With such concatenated genes, information could be added, but due to low consistency in the branches, the resulting evolutionary inferences must be viewed with caution. Thus, this research demonstrated the complexity of the distributions of the testicular and cytogenetic characteristics inferred by molecular phylogeny, and it is necessary to extend these studies with new approaches, such as the use of morphological or other molecular markers to elucidate evolution / Doutor

Orientador: José Maurício Barbanti Duarte / Banca: Susana González / Banca: Mercival Roberto Francisco / Banca: Marcos Tulio Oliveira / Banca: Jesus Aparecido Ferro / Resumo: O gênero Mazama (Mammalia: Cervidae) engloba as espécies de cervídeos neotropicais de pequeno porte e chifres simples. A alta taxa de convergência morfológica e diversificação rápida e recente dificultam a resolução das lacunas na sua história evolutiva. Estudos envolvendo análises moleculares indicaram que Mazama é um gênero polifilético, com uma subdivisão das suas espécies em dois clados (veados vermelhos e cinza). No presente estudo foram inferidas as relações filogenéticas e o tempo de divergência das espécies de veados cinza M. gouazoubira e M. nemorivaga, utilizando dois genes mitocondriais (Cytb e COI) e dois genes nucleares (IL16 e MGF). A análise de coalescência corroborou com os resultados anteriores, separando essas duas espécies do restante das espécies de Mazama. Além disso, as duas espécies são alocadas em clados separados e monofi léticos, representando diferentes gêneros. Os resultados obtidos indicaram que as duas espécies representam complexos de linhagens crípticas, com ambas as diversificações tendo iniciado no final do Pleistoceno (1,62-1,65 Myr). A espécie M. gouazoubira foi subdividida em cinco clados de distribuição simpátrica em grande parte da sua ocorrência. A espécie M. nemorivaga foi separada em três clados, com distribuições biogeográficas distintas e correspondentes às áreas de endemismo da Amazônia. O grande número de linhagens identificadas no presente estudo indica o caráter emergencial de uma delimitação e revisão sistemática acurada para as espécies desse gênero. Essas linhagens detectadas representam hipóteses taxonômicas a serem testadas utilizando outras metodologias de análise complementares como, citogenética, morfometria, ecologia, comportamento e reprodução / Abstract: The genus Mazama includes neotropical deer species of small sizes and simple antlers. Morphological convergences, in addiction to rapid and recent diversification, make the resolution of gaps in their evolutionary history difficult. Initial molecular analyses indicated that Mazama is a polyphyletic genus with species subdivided into two clades (gray and red deer). In this study we inferred the phylogenetic relationships and divergence time of the gray brocket deer species M. gouazoubira and M. nemorivaga using two mitochondrial genes (Cytb and COI) and two nuclear genes (IL16 and MGF). The coalescence analysis corroborated the previous results, separating these two species from the remaining Mazama species. Moreover, the two species were allocated into separate monophyletic clades, representing different genera. These results indicate that the two species represent complexes of cryptic lineages, whose diversifications started in the Late Pleistocene (1.62 to 1.65 Myr). The M. gouazoubira species was subdivided into five clades with sympatric distribution. The M. nemorivaga species was separated into three distinct clades, corresponding to areas of Amazon biogeographical endemism. The large number of lineages identified in this study indicates need for an accurate delimitation and systematic review for the Mazama species. These findings may represent hypotheses of taxonomic lineages to be tested using other analysis methods, such as cytogenetics, morphology, ecology, behavior and reproduction strategies / Doutor

Orientador: Célio Fernando Baptista Haddad / Banca: Cyntia Peralta de Almeida Prado / Banca: Cristina Yumi Miyaki / Banca: Cinthia Aguirre Brasileiro / Banca: Mariana Morando / Resumo: Os processos de diversificação biológica na América do Sul têm sido foco de vários estudos nos últimos tempos; porém, nota-se um marcado viés para os biomas florestados como a Amazônia e a Mata Atlântica. Nesse contexto, o Chaco é um dos biomas que tem recebido menor atenção. Nesta tese apresentamos o primeiro esforço por entender quais eventos e processos têm sido responsáveis pela diversificação de anuros endêmicos deste bioma, incluindo Lepidobatrachus asper, Lepi. laevis, Lepi. llanensis e Leptodactylus bufonius. Para atingir esse objetivo utilizamos sequências de DNA mitocondrial e nuclear de uma ampla amostragem de cada uma das espécies. Nos primeiros dois capítulos investigamos a diversificação do gênero Lepidobatrachus, sendo que no primeiro deles nossos objetivos foram analisar a estrutura genética e delimitar um período de tempo de diversificação que nos permita associá-la com eventos históricos e assim gerar as primeiras hipóteses sobre diversificação de anuros no Chaco. A estrutura genética identificada corresponde à distribuição geográfica dos espécimes analisados, assim como também revela algumas quebras ao longo da paisagem. A principal dessas barreiras corresponde à área central do Chaco, que por sua extrema aridez poderia estar atuando como uma barreira climática para a dispersão desses animais. Por outro lado, a dinâmica histórica dos rios da região poderia ter influenciado na estrutura genética das espécies do gênero Lepidobatrachus. Sugerimos uma antiga e rápida radiação para este gênero, com introgressões marinhas e períodos de alta temperatura e aridez como os principais responsáveis por sua diversificação. No segundo capítulo, aprofundamos no estudo da estrutura genética usando frequência alélica. Investigamos a história demográfica e usamos modelos de isolamento com migração ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Diversification processes in South America have been the focus of several studies in recent times; however, with a marked bias towards the forested biomes such as the Amazon and the Atlantic Forest. In this context, the Chaco has been one of the biomes that have received less attention. In this thesis we present the first effort to understand the events and processes that have been responsible for the diversification of endemic frogs in this biome, including Lepidobatrachus asper, Lepi. laevis, Lepi.llanensis, and Leptodactylus bufonius. For this purpose we used DNA sequences, both mitochondrial and nuclear, of a large sample of each species. In the first two chapters we investigate the diversification of the genus Lepidobatrachus. In the first one, our goals were to assess genetic structure and to delimit a diversification timeframe, which allow us to do associations with historical events and, thereby, generate the first hypotheses about diversification within the Chaco. The identified genetic structure is concordant with the geographic distribution of sampled specimens as well as shows some breaks along the landscape. The most important of these breaks matches with the central area of the Chaco, which due to the extreme aridity may act as a climatic barrier for the dispersal of these animals. On the other hand, the historical dynamics of the rivers of this region has influenced the genetic structure of these species. We suggest an old and rapid radiation for Lepidobatrachus, with marine introgressions and periods of high temperature and aridity as the main responsible in the genus diversification. In the second chapter, we deepen the genetic structure using allele frequency, we investigated the demographic history and used isolation-with-migration models to test hypotheses proposed in the first chapter and to understand the processes that ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Cesar Martins / Banca: Marcelo Vicari / Banca: Francis Nunes / Banca: Robson Carvalho / Banca: Patrícia Reis / Resumo:?? / Abstract: ?? / Doutor

Orientador: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Banca: Lenira El faro Zadra / Banca: Rusbel Raul Aspilcueta Borquis / Resumo: O objetivo deste estudo foi estimar o desequilíbrio de ligação (r2) nas distâncias de 25-50kb, 50-100kb, 100-500kb, 0,5-1Mb e o tamanho efetivo (Ne) nas gerações 0, 5, 10, 15, 20 em população da raça Gir selecionada para crescimento pós-desmama. Os animais utilizados no presente estudo foram provenientes do rebanho fechado do Instituto de Zootecnia, Sertãozinho, SP. Foram obtidos os genótipos de 155 animais com o painel BovineDL 33kb e 18 com painel HD imputado onde realizou-se controle de qualidade (CQ) para alelo de menor frequência (MAF) < 0,02 e call rate < 0,1. Depois do CQ permaneceram 27.236 SNPs e 155 animais do painel de 33 kb e 732.962 SNPs e 173 animais do painel HD Imputado. As análises de r2 foram realizadas pelo programa Plink e programa estatístico R Studio e o Ne por meio do DL. Os resultados das distâncias 25-50kb, 50-100kb, 100-500kb e 0,5-1Mb do r2 para o painel 33kb foram iguais a 0,29, 0,25, 0,16 e 0,032 respectivamente, e 0,35, 0,29, 0,18, 0,032 para o painel HD imputado demostrando que o DL permaneceu nas distâncias menores a 100kb, decaindo com o aumento das distâncias. Estes resultados foram maiores aos descritos na literatura para animais zebuínos, sugerindo como causa os segmentos longos de haplótipos que compartilham os animais aparentados. O Ne foi igual a 9, 17, 24, 30 e 30 animais nas gerações 0, 5, 10, 15, 20, observa-se que o Ne é maior na geração 20, com 30 animais, e decai drasticamente a partir da 5 geração com 17 animais, e sendo de 9 an... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to estimate the linkage disequilibrium (r2) at distances of 25-50kb, 50-100kb, 100-500kb, 0,5-1Mb and the effective population size (Ne) in generations 0, 5, 10, 15, 20 in population of the selected Gir for yearling growth. The animals used in this study were from the closed herd Animal Science Institute, Sertãozinho, SP. the genotypes of 155 animals were obtained with BovineDL 33kb and 18 animals of panel HD, where quality control was held (QC) for minor allele frequency (MAF) <0.02 and call rate <0.1. After QC remained 27,236 SNPs and 155 animals to panel 33 kb, 732.962 SNPs and 173 the panel HD imputation. The r2 analyzes were performed by Plink program and R Studio statistical program and Ne through the DL. The results of r2 for distances 25-50kb, 50-100kb, 100-500kb and 0,5-1Mb were equal to 0.29, 0.25, 0.16 and 0.032, respectively, showing that the DL remained in smaller distances 100kb, decreasing with increasing distances. These results were higher than those reported in the literature for Zebu animals, suggesting a cause to long haplotype segments that share the related animals. Ne is equal to 9, 17, 24, 30 and 30 in the generations 0, 5, 10, 15, 20, it is observed that Ne is higher in generation 20 with 30 animals and decays sharply from 5 Generation 17 animals, and with 9 animals the latest generation, small size for a population. The values found in this study to DL and Ne, explain the selection system and the structure of the populatio... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre