Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-06-29T12:07:11Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Livia Araujo.pdf: 1983609 bytes, checksum: cbba526737c10f6743b3fd015372721a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T12:07:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Livia Araujo.pdf: 1983609 bytes, checksum: cbba526737c10f6743b3fd015372721a (MD5) Previous issue date: 2014-02-20 / CAPEs / Zymomonas mobilis vem despertando um grande interesse no meio científico, industrial e biotecnológico devido ao seu alto potencial fermentativo. Do ponto de vista taxonômico, Z. mobilis é a única espécie do gênero Zymomonas, e é subdivida em três subespécies: Z. mobilis subsp. mobilis, Z. mobilis subsp. pomaceae e Z. mobilis subsp. francensis. A diferenciação destas subespécies é baseada em testes fisiológicos. Estes testes consomem tempo e são frequentemente duvidosos. Por isso, técnicas moleculares são propostas como uma alternativa rápida e confiável para diferenciação destas bactérias. O presente estudo teve como objetivo realizar a caracterização molecular das 32 linhagens de Zymomonas mobilis depositadas na Coleção de Microrganismos UFPEDA, através da análise das sequências do gene 16S rDNA e ARDRA. As linhagens foram cultivadas em meio SSDL por 24 horas à 30º, seguida de centrifugação e extração de DNA cromossômico. As reações de PCR foram realizadas com iniciadores e condições específicas para a amplificação do gene 16S rDNA. Os produtos do gene 16S rDNA amplificados foram purificados, sequenciados e clivados com as enzimas de restrição Hae III, NdeII e StuI. Os dados obtidos pelo sequenciamento do gene 16S rDNA foram analisados, comparados e alinhados, pelo programas BLASTn e MultiAlin, com sequências de linhagens de Z. mobilis previamente depositadas no banco de dados GenBank. Um dendograma foi construido através do programa ClustalW pelo método de neighbor-joining Os perfis de restrição teórico das enzimas de restrição Hae III, NdeII e StuI foram gerados a partir do WebCutter 2.0. Dendogramas foram construídos a partir da matriz de similaridade genética de Jaccard, calculada pela análise dos perfis de restrição teóricos de cada enzima. A análise das sequências obtidas no presente estudo revelou o elevado grau de conservação no gene 16SrDNA, confirmando a relação de proximidade das linhagens de Zymomonas mobilis depositadas na Coleção de Micro-organismos UFPEDA e a aproximidade com a Z. mobilis subsp. mobilis LMG445, sugerindo que as linhagens desta coleção pertencem a esta subespécie.Além disso, conclui-se que a análise do perfil restrição teórico do gene 16S rDNA possibilita a diferenciação de Z. mobilis,a nível de subespécie, mas não é eficaz para analisar a variabilidade genética entre as linhagens de Z. mobilis UFPEDA. Baseados nestes resultados, outros marcadores filogenéticos devem ser empregados para analisar a variabilidade genética destas linhagens, possibilitando um melhor conhecimento da diversidade desta bactéria. / Zymomonas mobilis has attracted great interest in the scientific, industrial and biotechnological medium due to its high fermentation potential. The taxonomic viewpoint, Z. mobilis is the only species of the genus Zymomonas , and is subdivided into three subspecies : Z. mobilis subsp. mobilis, Z. mobilis subsp. pomaceae and Z. mobilis subsp. francensis. The differentiation of these subspecies is based on physiological tests. These tests are time consuming and often unreliable. Therefore, molecular techniques are proposed as a fast and reliable alternative to differentiation of these bacteria. This study aims to perform molecular characterization of 32 strains of Zymomonas mobilis deposited in the Collection of Microorganisms UFPEDA by sequence analysis of 16S rDNA gene and the theoretical restriction profile of this gene. The strains were grown in SSDL for 24 hours at 30 ° , followed by centrifugation and extraction of chromosomal DNA . PCR reactions were performed with primers and specific conditions for amplification of the 16S rDNA gene. The amplified products of 16S rDNA were purified, sequenced, and cleaved with restriction enzymes Hae III, NdeII and StuI . The data obtained by 16S rDNA gene were analyzed, compared and aligned by BLASTn and MultiAlin programs with sequences of strains of Z. mobilis previously deposited in the GenBank databas . A dendogram was constructed using the program ClustalW method by neighbor-joining. Profiles theoretical restriction of restriction enzyme Hae III, NdeII and StuI were generated from WebCutter 2.0. Dendrograms were constructed from the genetic Jaccard similarity matrix, calculated by analyzing the theoretical restriction profiles of each enzyme. The analysis of the sequences obtained in this study revealed the high degree of conservation in 16SrDNA gene, confirming the close relationship of strains of Zymomonas mobilis deposited in the Collection of Micro-organisms UFPEDA and closeness with Z. mobilis subsp. mobilis LMG445, suggesting that the strains in this collection belong to this subespécie. In addition, it is concluded that the theoretical restriction profile analysis of the 16S rDNA gene allows differentiation of Z. mobilis , the level of subspecies , but it is not effective to analyze the genetic variability between strains of Z. mobilis UFPEDA . Based on these results , other phylogenetic markers should be employed to analyze the genetic variability of these strains , allowing a better understanding of the diversity of this bacteria.

Phytoplasmas are bacterial intracellular plant pathogens that cause devasting yield losses in diverse crops worldwide. Phytoplasmas were detected in clover and Catharanthus roseus plants, pear, apple and apricot trees. SecA and 16S rRNA genes, spacer region and 23S rRNA gene of five phytoplasma isolates were sequenced.