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Esta dissertação faz uma análise dos resultados de diversas simulações de transcrição usando o modelo binário da expressão gênica regulado externamente. Foram consideradas como variáveis estocásticas o número de moléculas de mRNA e o estado do gene. Neste modelo o gene pode estar no estado ativo (ON) ou reprimido (OFF) e a mudança de estado do gene ocorre a taxas deteminadas para a ativação e para a repressão em cada simulação. O número de moléculas de mRNA é alterado pela transcrição de novas moléculas e pela degradação das moléculas existentes, sendo que esses processos também ocorrem a taxas determinadas. Nas simulações foi utilizado o algoritmo de Gillespie para simulação estocástica exata de reações químicas acopladas / This dissertation analyzes the results of several transcription simulations using the binary model of externally regulated gene expression. The number of mRNA molecules and the state of the gene were considered as stochastic variables. In this model the gene may be in the active state (ON) or repressed state (OFF) and the change of gene state occurs at determined rates in each simulation for activation and for repression. The number of mRNA molecules is changed by the transcription of new molecules and by the degradation of existing molecules at determined rates. These simulations used the Gillespie algorithm for exact stochastic simulation of coupled chemical reactions was used

Esta dissertação faz uma análise dos resultados de diversas simulações de transcrição usando o modelo binário da expressão gênica regulado externamente. Foram consideradas como variáveis estocásticas o número de moléculas de mRNA e o estado do gene. Neste modelo o gene pode estar no estado ativo (ON) ou reprimido (OFF) e a mudança de estado do gene ocorre a taxas deteminadas para a ativação e para a repressão em cada simulação. O número de moléculas de mRNA é alterado pela transcrição de novas moléculas e pela degradação das moléculas existentes, sendo que esses processos também ocorrem a taxas determinadas. Nas simulações foi utilizado o algoritmo de Gillespie para simulação estocástica exata de reações químicas acopladas / This dissertation analyzes the results of several transcription simulations using the binary model of externally regulated gene expression. The number of mRNA molecules and the state of the gene were considered as stochastic variables. In this model the gene may be in the active state (ON) or repressed state (OFF) and the change of gene state occurs at determined rates in each simulation for activation and for repression. The number of mRNA molecules is changed by the transcription of new molecules and by the degradation of existing molecules at determined rates. These simulations used the Gillespie algorithm for exact stochastic simulation of coupled chemical reactions was used