Excess of fat deposition is a negative factor for poultry production, which affects feed efficiency and consequently the costs of meat production. The incorporation of genomic tools in poultry breeding programs may help to accelerate the selection for increased production efficiency. In this context, we genotyped approximately 2,000 42 days-old chickens from two different populations (Brazilian F2 Chicken Resource population and TT broiler Reference Population) using a high-density SNP array (600K, Affymetrix) to estimate genomic heritability of fatness-related traits, to identify genomic regions and positional candidate genes (PCGs) associated with these traits. We performed genome-wide association (GWAS) analysis using GenSel software (Bayesian approach) to identify 1 Mb genomic windows associated with abdominal fat, skin and carcass fat content traits. The search for PCGs were made within each genomic windows associated considering their Gene Ontology (GO) terms and also the literature information. We also integrated into this study NGS-SNPs data from both populations and selection signature regions identified in Brazilian F2 Chicken Resource population to refine the list of PCGs. The genomic heritability values for fatness-related traits were from moderate to high (greater than 0.30). We identified quantitative trait loci (QTL) for abdominal fat, skin and carcass fat content traits harboring several PCGs involved in biological processes of fat deposition. We identified several NGS-SNPs annotated in potential functional regions in our PCGs and some of those were predicted as deleterious and high impact mutations. Besides that, some genes overlapped with selection signature regions in Brazilian F2 Chicken Resource population. Important candidate genes for fat deposition were identified, providing new insights to achieve a better understanding of the genetic control of fat deposition in chickens. / O excesso de deposição de gordura é um fator negativo para a produção de aves, o que afeta a eficiência alimentar e consequentemente os custos da produção de carne. A incorporação das ferramentas genômicas em programas de melhoramento de aves pode ajudar a acelerar a seleção para aumentar a eficiência da produção. Neste contexto, genotipamos cerca de 2.000 aves de 42 dias de duas populações diferentes (população F2 experimental brasileira e população de corte referência TT) usando um chip de SNPs de alta densidade (600K, Affymetrix) para estimar a herdabilidade genômica de características relacionadas à deposição de gordura, para identificar regiões genômicas e genes candidatos posicionais (PCGs) associados a essas características. Realizamos análises de associação genômica ampla (GWAS) usando o programa GenSel (abordagem Bayesiana) para identificar janelas genômicas de 1 Mb associadas com características de gordura abdominal, pele e conteúdo de gordura na carcaça. A busca por PCGs foi feita dentro de cada janela genômica associada, considerando os Gene Ontology (GO) terms e também a informação da literatura. Integramos neste estudo NGS-SNPs identificados em animais parentais de ambas as populações, e além disso, regiões de assinaturas de seleção identificadas na população F2 experimental brasileira para refinar a lista de PCGs. Os valores de herdabilidade genômica para as características relacionadas à gordura foram de moderado a alto (maior que 0,30). Identificamos QTL para características de gordura abdominal, pele e conteúdo de gordura na carcaça contendo PCGs envolvidos em processos biológicos de deposição de gordura. Identificamos vários NGS-SNPs anotados em regiões potencialmente funcionais em nossos PCGs e alguns desses foram preditos como mutações deletérias e de alto impacto. Além disso, alguns genes se sobrepuseram com regiões de assinatura de seleção na população F2 experimental brasileira. Foram identificados importantes genes candidatos para a deposição de gordura, fornecendo novos insights para alcançar uma melhor compreensão do controle genético da deposição de gordura em frangos.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The objective of this study was to evaluate the performance and carcass characteristics of cattle breed Aberdeen Angus steers of small and medium frame score slaughtered the same degree of completion of housing (average 6.39 mm). To 18 steers were used with age and weight of 298 days and 202.17 kg at entry into the confinement. The animals were confined for 158 days and slaughtered at average live weight of 430 days and 428.94 kg. The feed was composed of sorghum silage and concentrate in the ratio of 60:40 in the dry matter in the first 63 days and after 50:50 until slaughter. The frame was calculated using the formula F=-11, 548+0,4878*h*0,0289*ID+0,0000146*ID²+0,0000759*h*ID. Steers with medium frame score showed superiority in important aspects of marketing, as the initial weight (y=107.87+250.04B; P=.0002), final (y=308.14+32.07B; P=.0001), the empty body (y=255.07+30.74B; P<.0001) and hot carcass (y=153.91+21.09B; P<.0001) and cold (y=150.29+20.78B; P<.0001). Measures of muscle content as the Longissimus dorsi area in relation to cold carcass weight (ȳ=32.64-1.53; P=.0477) and empty body (ȳ=16.3-0.55B; P=.0419) were lower in of the carcass. Carcass conformation (P=.4660) Longissimus dorsi area in cm² (P=.6999),cushion thickness (P=.3578) were similar between the small and medium frame score. The commercial cuts, forequarter (ȳ=54.93+7.84B; P<.001), rib (ȳ=21.33+3.31B; P=.009) and back (ȳ=74.02+9.64B; P=.0003) in kg was higher in medium frame score. As a percentage cut back fell .18% with the incrase in frame score (ȳ=49-.18B P.0404). Weight tissue constituents of the carcass increased with the frame score of the steers, as on the percentage muscle tissue decreased by .57% (ȳ=61.63-.57B; P=.0410). The meat of Longissimus dorsi muscle of steers Aberdeen Angus of small and medium frame score showed intramuscular fat with a mean average of 10.11 points (P=.7034), red color with an average of 4.33 points (P=.3724), fine texture with a tendency to thin with an average 4.61 points (P=.3075) and the shear force with an average of 2.72 kg/cm² (P=.4004). Composition chemical of beef Longissimus dorsi muscle frame score steers Aberdeen Angus presented moisture with 72.27% (P=4355), crude protein of 19.34% (P=4150), lipid with 3.96% (P=9071), minerals with 4.43% (P=9842) and cholesterol to 50.25 mg/100g of meat (P=.2375). The small and medium frame score did not influence trhe fatty acids palmitic (P=.0790), stearic (P=.2455), oleic (P=.3046), linoleic (P=.9456), occurring change in the composition fatty acids myristic (y=1,85+0,12F; P=.043). The introduction of the frame score in studies of meat composition may be important in determining the frame score of steers with the nutritional features of the best meat. The medium frame score of Aberdeen Angus steers had higher head weight (y=9.35+.49B; P=.0212), feet (=5.38+.57B; P=.0059), tongue (y=.93+.05B; P=.0154), heart (y=1.45+.07B; P=.0183), inguinal adipose tissue (y=1.79+.21B; P=.0336) and adipose tissue is not part of the carcass plus to this in the meat (y=88.5+3.70B; P=.0086). Steers with small frame score were more (y=1.46-.08B; P=.0407) in the participation of the lungs in relation to empty body weight Aberdeeen Angus Steers. The small and medium frame score did not affect the participation of the rumen-reticulum, abomasums, omasum, intestines and contents of the gastrointestinal tract weight in relation to body weight an empty body weight. / O trabalho teve por objetivo avaliar o desempenho, as características da carcaça, da carne e os componentes não integrantes da carcaça de bovinos da raça Aberdeen Angus superjovens de biótipo pequeno e médio abatidos o mesmo grau de acabamento da carcaça (média de 6,39 mm). Foram utilizados 18 novilhos com idade e peso no ingresso no confinamento de 298 dias e 202,17kg. Os animais foram confinados durante 158 dias, abatidos com idade e peso vivo médio de 430 dias e 428,94kg. A alimentação foi composta por silagem de sorgo e concentrado, na relação volumoso:concentrado de 60:40 na matéria seca, nos primeiros 63 dias e após 50:50 até o abate. O biótipo foi calculado utilizando a fórmula B=-11,548+0,4878*h*0,0289*ID+0,0000146*ID²+0,0000759*h*ID. Os novilhos com biótipo médio apresentaram superioridade nos aspectos importantes de comercialização, como o peso inicial (y=107,87+250,04B; P=0,0002), final (y=308,14+32,07B; P=0,0001), de corpo vazio (y=255,07+30,74B; P<0,0001), de carcaça quente (y=153,91+21,09B; P<0,0001) e fria (y=150,29+20,78B; P<0,0001). As medidas de musculosidade da carcaça como a área de Longissimus dorsi em relação ao peso de carcaça fria (ȳ=32,64-1,53; P=0,0477) e de corpo vazio (ȳ=16,3-0,55B; 0,0419) foram menores nos novilhos de biótipo médio. A conformação da carcaça (P=0,4660), área de Longissimus dorsi em cm² (P=0,6999), espessura de coxão (P=0,3578) foram semelhantes entre os biótipos pequeno e médio. Os cortes comerciais, dianteiro (ȳ=54,93+7,84B; P<0,0001), costilhar (ȳ=21,33+3,31B; P=0,009) e traseiro (ȳ=74,02+9,64B; P=0,0003) em kg foi superior para o biótipo médio. Em percentagem o corte traseiro foi maior no biótipo pequeno (ȳ=49,00-0,18B; P=0,0404). Em peso os tecidos constituintes da carcaça aumentaram com o biótipo do novilho, à percentagem o tecido muscular apresentou queda de 0,57% (ȳ=61,63-0,57B; P=0,0410). A carne do músculo Longissimus dorsi de bovinos superjovens da raça Aberdeen Angus de biótipo pequeno e médio apresentou gordura intramuscular média com média de 10,11 pontos (P=0,7034), coloração vermelha com média de 4,33 pontos (P=0,3724), textura fina com tendência a muito fina com valor médio de 4,61 pontos (P=0,3075) e macia pelo força ao cisalhamento com média de 2,72 kgf/cm² (P=0,4009). O biótipo pequeno e médio apresentaram na carne do músculo Longissimus dorsi proporções de umidade com 72,27% (P=0,4355), de proteína bruta com 19,34% (P=0,4150), de lipídios com 3,96% (P=0,9071), de minerais com 4,43% (P=0,9842) e de colesterol com 50,25 mg/100g de carne (P=0,2375). O biótipo pequeno e médio não influenciaram nos ácidos graxos palmítico (P=0,0790), esteárico (P=0,2455), oléico (P=0,3046), linoléico (P=0,9456), ocorrendo alteração na composição do acido graxo mirístico (y=1,85+0,12B; P=0,043). A introdução do biótipo em estudos da composição da carne pode ser importante na determinação do biótipo de novilhos com melhores características nutraceuticas da carne. O biótipo médio dos novilhos Aberdeen Angus superjovens apresentaram maior peso de cabeça (y=9,35+0,49B; P=0,0212), das patas (y=5,38+0,57B; P=0,0059), da língua (y=0,93+0,05B; P=0,0154), do coração (y=1,45+0,07B; P=0,0183), do tecido adiposo inguinal (y=1,79+0,21B; P=0,0336) e do tecido adiposo não integrante da carcaça somado ao presente na carne (y=88,85+3,70B; P=0,0086). Os novilhos com biótipo pequeno apresentaram superioridade (y=1,46-0,08B; P=0,0407) na participação dos pulmões em relação ao peso de corpo vazio.Os novilhos Aberdeen Angus de biótipo pequeno e médio não alteraram a participação do rúmen-retículo, abomaso, omaso, intestinos e conteúdo do trato gastrointestinal em peso, em relação ao peso vivo e ao peso de corpo vazio.

Excess of fat deposition is a negative factor for poultry production, which affects feed efficiency and consequently the costs of meat production. The incorporation of genomic tools in poultry breeding programs may help to accelerate the selection for increased production efficiency. In this context, we genotyped approximately 2,000 42 days-old chickens from two different populations (Brazilian F2 Chicken Resource population and TT broiler Reference Population) using a high-density SNP array (600K, Affymetrix) to estimate genomic heritability of fatness-related traits, to identify genomic regions and positional candidate genes (PCGs) associated with these traits. We performed genome-wide association (GWAS) analysis using GenSel software (Bayesian approach) to identify 1 Mb genomic windows associated with abdominal fat, skin and carcass fat content traits. The search for PCGs were made within each genomic windows associated considering their Gene Ontology (GO) terms and also the literature information. We also integrated into this study NGS-SNPs data from both populations and selection signature regions identified in Brazilian F2 Chicken Resource population to refine the list of PCGs. The genomic heritability values for fatness-related traits were from moderate to high (greater than 0.30). We identified quantitative trait loci (QTL) for abdominal fat, skin and carcass fat content traits harboring several PCGs involved in biological processes of fat deposition. We identified several NGS-SNPs annotated in potential functional regions in our PCGs and some of those were predicted as deleterious and high impact mutations. Besides that, some genes overlapped with selection signature regions in Brazilian F2 Chicken Resource population. Important candidate genes for fat deposition were identified, providing new insights to achieve a better understanding of the genetic control of fat deposition in chickens. / O excesso de deposição de gordura é um fator negativo para a produção de aves, o que afeta a eficiência alimentar e consequentemente os custos da produção de carne. A incorporação das ferramentas genômicas em programas de melhoramento de aves pode ajudar a acelerar a seleção para aumentar a eficiência da produção. Neste contexto, genotipamos cerca de 2.000 aves de 42 dias de duas populações diferentes (população F2 experimental brasileira e população de corte referência TT) usando um chip de SNPs de alta densidade (600K, Affymetrix) para estimar a herdabilidade genômica de características relacionadas à deposição de gordura, para identificar regiões genômicas e genes candidatos posicionais (PCGs) associados a essas características. Realizamos análises de associação genômica ampla (GWAS) usando o programa GenSel (abordagem Bayesiana) para identificar janelas genômicas de 1 Mb associadas com características de gordura abdominal, pele e conteúdo de gordura na carcaça. A busca por PCGs foi feita dentro de cada janela genômica associada, considerando os Gene Ontology (GO) terms e também a informação da literatura. Integramos neste estudo NGS-SNPs identificados em animais parentais de ambas as populações, e além disso, regiões de assinaturas de seleção identificadas na população F2 experimental brasileira para refinar a lista de PCGs. Os valores de herdabilidade genômica para as características relacionadas à gordura foram de moderado a alto (maior que 0,30). Identificamos QTL para características de gordura abdominal, pele e conteúdo de gordura na carcaça contendo PCGs envolvidos em processos biológicos de deposição de gordura. Identificamos vários NGS-SNPs anotados em regiões potencialmente funcionais em nossos PCGs e alguns desses foram preditos como mutações deletérias e de alto impacto. Além disso, alguns genes se sobrepuseram com regiões de assinatura de seleção na população F2 experimental brasileira. Foram identificados importantes genes candidatos para a deposição de gordura, fornecendo novos insights para alcançar uma melhor compreensão do controle genético da deposição de gordura em frangos.