Nous avons documenté la génétique du paysage du grand brochet (Esox lucius) en nous basant sur l’analyse de 22 microsatellites, incluant 10 nouveaux marqueurs développés ici, dans le système lac Ontario – fleuve Saint-Laurent. La structure génétique des populations était globalement très faible mais spatialement variable ; le niveau moyen de différenciation génétique dans la section amont (Ontario) de l’aire d’étude était trois fois plus important que celui observé dans le secteur aval (Québec). Vingt variables environnementales furent considérées et les différentes masses d’eau, la présence de barrages et la stabilité interannuelle du niveau d’eau s’avérèrent positivement associées à l’intensité de la différenciation génétique. Une importante variation du niveau d’eau influe sur la qualité et la localisation annuelle des habitats de reproduction du grand brochet, l’instabilité locale de l’habitat prenant la forme d’une variation interannuelle du niveau d’eau semble localement inhiber la structure génétique de populations, probablement en empêchant la philopatrie. Mots clés : Esox lucius, grand brochet, génétique du paysage, structure génétique de populations, variation environnementale, stabilité de l’habitat, marqueurs microsatellites, gestion, conservation. / In this study, we documented the landscape genetics of northern pike (Esox lucius) based on the analysis of 22 microsatellites, comprising 10 markers developed for the purpose of this study, in the Lake Ontario – St. Lawrence River system. Population genetic structure over the whole study area was globally very weak but spatially variable with mean level of differentiation in the upstream (Ontario) section of the studied area being three-fold higher than observed in the downstream (Québec) sector. Twenty environmental variables were considered and different water masses, dams’ presence and inter-annual water level stability were positively associated to the extent of genetic differentiation. Since high water level variation impacts on yearly quality and localization of northern pike spawning habitats, local habitat instability which is under the form of inter-annual water level variation seems to locally impede population genetic structure, perhaps by inhibiting philopatry behavior. Keywords: Esox lucius, northern pike, landscape genetics, population genetic structure, environmental variation, habitat stability, microsatellite markers, management, conservation.