La pertinence des parcs naturels de petite superficie pour la conservation de la flore et de la faune est parfois remise en question. Les bilans floristiques historiques, c'est-à-dire la comparaison de la flore actuelle avec celle du passé, sont des outils efficaces permettant d'évaluer si la flore d'une aire protégée est plus vulnérable si ce territoire est de petite superficie. À cet effet, l'île Bonaventure, une constituante du parc national de l'Île-Bonaventure-et-du-Rocher-Percé, dans l'Est du Québec, constitue un bon endroit pour établir le bilan floristique d'un petit parc en milieu rural. La flore actuelle (recensée en 2007 et 2008) de cette île a été comparée avec la flore inventoriée de 1907 à 1967 (dernière année d'inventaires floristiques d'importance avant 2007). Diverses sources historiques (spécimens d'herbier, inventaires floristiques, mémoires) ont été consultées pour faire le bilan. Au total, 355 taxons (dont 18 % sont des taxons exotiques) avaient été identifiés sur l'île entre 1907 et 1967. En 2007 et 2008, 386 taxons (dont 24 % sont des taxons exotiques) ont été trouvés dans le parc. Des 355 taxons qui avaient été identifiés dans le passé, seulement 21 (6 % des taxons du total) n'ont pu être retrouvés. La flore de l'île s'est enrichie de 52 nouveaux taxons depuis 1967 (dont 52 % des taxons sont exotiques). L'île Bonaventure semble moins vulnérable aux pertes d'espèces indigènes et aux introductions de plantes exotiques que les petits parcs en milieu urbain. Pour bien protéger la flore de l'île, il faudrait remettre en bon état les sentiers du parc national de l'Île-Bonaventure-et-du-Rocher-Percé. Il serait important de créer des accès pour les touristes à des points de vue sur le golfe du Saint-Laurent dans le secteur ouest de l'île pour éviter le piétinement de différentes zones vulnérables. Il serait aussi intéressant de mettre en valeur l 'histoire et la flore du territoire le long du sentier Chemin-du-Roy. Enfin, l'accès à un site envahi par l'anthrisque sylvestre, une plante exotique envahissante, devrait être interdit pour ne pas favoriser la dissémination de cette espèce.