On retrouve dans le complexe Chrosomus eos-neogaeus une forme cybride ayant le génome nucléaire de C. eos et le génome mitochondrial de C. neogaeus. Ce modèle particulier fournit une occasion unique d’étudier l’influence d’une mitochondrie exogène sur le métabolisme et la physiologie d'organismes vivant en milieu naturel, et s'étant donc adaptés à cette situation cellulaire atypique. La mitochondrie jouant un rôle fondamental vital, nous nous attendons à ce que la présence d’une mitochondrie exogène chez la forme cybride ait un impact sur l’expression de son génome et du protéome qui en découle. L’objectif de ce projet est d’étudier les différences au niveau protéomique entre des individus C. eos purs (forme sauvage) et des cybrides provenant d'habitats similaires afin de faire ressortir au maximum les différences dues à la présence de mitochondries C. neogaeus chez la forme cybride. Pour ce faire, nous avons comparé les protéomes des formes cybride et sauvage en utilisant l'électrophorèse en deux dimensions. Un sous-groupe de protéines produisant un signal spécifique révélé par l’analyse comparative a été identifié et analysé par spectrométrie de masse (LC/MS). Les résultats indiquent que la présence de mitochondries C. neogaeus chez le cybride influence fortement la régulation génique chez ce dernier. De plus, les protéines identifiées apportent des pistes intéressantes supportant l'hypothèse que la présence de mitochondries C. neogaeus chez le cybride rendrait ce biotype plus résistant au froid que la forme sauvage. / The Chrosomus eos-neogaeus genetic complex regroups different forms of hybrids of these two species, among which a cybrid form, that harbours the nuclear genome of C. eos and the mitochondria of C. neogaeus. This peculiar model is thus a unique opportunity to study the influence of an exogenous mitochondria on the metabolism and cellular physiology in a living animal in the wild, and thus perfectly adapted to this atypical cellular environment. Mitochondria being at the core of fundamental biological processes, we expect that the presence of foreign mitochondria will modify gene expression and the resulting proteome of these fishes. The overall goal of this master thesis is thus to compare the proteome of pure (wild type) C. eos with the cybrid form sampled in similar lakes from the same geographical area so that most differences could be attributed to the different mitochondrial genomes. To achieve this goal, we used two dimensional electrophoresis. We selected a sub-group of proteins that showed the most extreme expression differences and identified these spots by mass spectrometric analyses (LC/MS). Results demonstrate that C. neogaeus mitochondria has a strong influence on gene expression in cybrid. Proteins identified bring new clues supporting the hypothesis that cybrid are more cold tolerant than the wild type biotype.