Cette thèse traite de la conception de méthodes automatisées ou semi-automatisées pour détecter et identifier des algorithmes cryptographiques dans des programmes compilés en langage machine. La première méthode proposée a pour but l'identification de primitives symétriques. L'implémentation en langage machine d'une primitive symétrique, assimilée à une suite d'instructions, est représentée par un graphe. Sous cette forme, le code est modifié à l'aide de règles de réécriture tout en préservant une certaine notion de sémantique lors d'une phase dite de normalisation. L'objectif est de faire émerger des expressions communes à différentes implémentations d'une même primitive. Ces expressions servent alors de base à la création de signatures efficaces. La recherche de ces signatures s'effectue à l'aide d'un algorithme énumérant les isomorphismes de sous-graphe. La seconde méthode, conçue en complément de la première, produit une représentation synthétique facilitant l'identification des modes opératoires. Cette représentation se définit comme le plus petit sous-graphe préservant les distances entre des sous-ensembles de nœuds précédemment identifiés comme étant les paramètres d'entrée et de sortie des primitives impliquées. / This thesis is about the design of automatic or semi-automatic methods to detect and identify cryptographic algorithms inside programs compiled into machine code. Two methods are presented. The objective of the first method is to identify cryptographic primitives. A machine code implementation of a cryptographic primitive, regarded as a sequence of instructions, is represented by a graph structure. During a normalization phase, a set of rewrite rules is used to modify this graph representation while preserving a specific notion of semantics. The goal is to converge towards expressions which are shared across several implementations of the same primitive. We use these expressions as a basis to create efficient signatures. A subgraph isomorphism enumeration algorithm is used to search for signatures. The second method is built on top of the first one. It produces a synthetic representation designed to help in the identification of modes of operation. This synthetic representation is defined as the smallest subgraph which preserve distances between sets of vertices previously identified as the input and output parameters of the primitives involved within the mode of operation.