Thesis (Ph. D.)--Dalhousie University, 1998. / Includes bibliographical references (v. 1, p. 212-234).

Thesis (Ph. D.)--University of California, Los Angeles, 2003. / Vita. Includes bibliographical references.

Thesis (Ph. D.)--Oregon State University, 2010. / Printout. Includes bibliographical references (leaves 98-108). Also available on the World Wide Web.

Thesis (M.S.)--Eastern Illinois University, 2009. / Includes bibliographical references (leaves 65-72).

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Submitted by Milena Rubi (milenarubi@ufscar.br) on 2017-02-24T15:58:06Z No. of bitstreams: 1 FERNANDES_Gerson_2016.pdf: 13725241 bytes, checksum: 4bf54868355621d2ad09ae85d6c244f4 (MD5) / Approved for entry into archive by Milena Rubi (milenarubi@ufscar.br) on 2017-02-24T15:58:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FERNANDES_Gerson_2016.pdf: 13725241 bytes, checksum: 4bf54868355621d2ad09ae85d6c244f4 (MD5) / Approved for entry into archive by Milena Rubi (milenarubi@ufscar.br) on 2017-02-24T15:58:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FERNANDES_Gerson_2016.pdf: 13725241 bytes, checksum: 4bf54868355621d2ad09ae85d6c244f4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-24T15:58:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FERNANDES_Gerson_2016.pdf: 13725241 bytes, checksum: 4bf54868355621d2ad09ae85d6c244f4 (MD5) Previous issue date: 2016-09-21 / Não recebi financiamento / The study aimed to evaluate restored areas implemented in the basin of the Sorocaba River and Middle Tiete based on terms of commitments to environmental restoration and conduct adjustment terms. We selected two to three projects in each sub-basin to those with the presence of restoration, certified by the consent of the owner. In each restoration, we evaluated attributes of species diversity and functions, control and management, soil protection and nutrient cycling. The restored areas restoration presented 17 ± 10 species, under the condition established by law, mortality was high, around 40% with an average of 1090 individuals/ha. Croton floribundus, Schinus terebinthifolius, Guazuma ulmifolia, Inga vera, Citharexylum myrianthum, Cordia sellowiana represented 31.7% of species planted and together with Enterolobium contortisiliquum, colubrina Anadenanthera, C. urucurana, Ceiba speciosa, Eugenia uniflora, Lithraea molleoides, Psidium guajava, Triplaris americana, Erythrina speciosa represented 52.8% of the planted individuals. The restoration were in critical situation and, although species richness is according to legal requirements, we observed the concentration on few common and frequent species in general pioneers. Regardless of age, the studied areas did not restore the structural and physical aspects of the forest, and were not efficient in the establishment of ecological processes, highlighting the need to review the procedures adopted in the legal and technical mechanisms of restoration in the region. / O estudo teve por objetivo avaliar projetos de restauração de áreas degradadas implantados na bacia dos Rios Sorocaba e Médio Tietê realizados a partir de termos de compromissos de restauração ambiental e termo de ajustamento de conduta. Foram selecionados dois a três projetos em cada sub-bacia entre os que apresentavam presença da restauração, atestada pela anuência do proprietário. Em cada restauração foram avaliados os atributos da diversidade de espécies e de funções, controle e manejo, proteção do solo e ciclagem de nutrientes. As áreas em restauração apresentaram 17±10 espécies, abaixo da condição estabelecida pela legislação, com alta mortalidade, em torno de 40% e média de 1090 indivíduos/ha. Das espécies, Croton floribundus, Schinus terebinthifolius, Guazuma ulmifolia, Inga vera, Citharexylum myrianthum, Cordia sellowiana, representaram 31,7% dos indivíduos e, juntamente com Enterolobium contortisiliquum, Anadenanthera colubrina, Croton urucurana, Ceiba speciosa, Eugenia uniflora, Lithraea molleoides, Psidium guajava, Triplaris americana, Erythrina speciosa somaram 52,8% dos indivíduos plantados. Os projetos de restauração foram considerados em situação crítica e, embora apresentem riqueza dentro do recomendado, concentraram-se em poucas de espécies mais comuns e frequentes, em geral pioneiras. Independentemente da idade, as áreas estudadas não restauraram os aspectos estruturais e físicos da floresta, e não foram eficientes no estabelecimento dos processos ecológicos, evidenciando a necessidade de se rever os procedimentos adotados nos mecanismos legais e técnicos da restauração na região.

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Translational biomedical informatics is the application of computational methods to facilitate the translation of basic biomedical science to clinical relevance. An example of this is the multi-step process in which large-scale microarray-based discovery experiments are refined into reliable clinical tests. Unfortunately, the quality of microarray data is a major issue that must be addressed before microarrays can reach their full potential as a clinical molecular profiling tool for personalized and predictive medicine. A new methodology, titled caCORRECT, has been developed to replace or augment existing microarray processing technologies, in order to improve the translation of microarray data to clinical relevance. Results of validation studies show that caCORRECT is able to improve the mean accuracy of microarray gene expression by as much as 60%, depending on the magnitude and size of artifacts on the array surface. As part of a case study to demonstrate the widespread usefulness of caCORRECT, the entire pipeline of biomarker discovery has been executed for the clinical problem of classifying Renal Cell Carcinoma (RCC) specimens into appropriate subtypes. As a result, we have discovered and validated a novel two-gene RT-PCR assay, which has the ability to diagnose between the Clear Cell and Oncocytoma RCC subtypes with near perfect accuracy. As an extension to this work, progress has been made towards a quantitative quantum dot immunohistochemical assay, which is expected to be more clinically viable than a PCR-based test.

published_or_final_version / Environmental Management / Master / Master of Science in Environmental Management

Submitted by Milena Rubi (milenarubi@ufscar.br) on 2016-11-03T18:15:01Z No. of bitstreams: 1 CASTELLO_Ana_2014.pdf: 46454923 bytes, checksum: 516b13acd6335b29a36040846ee4f7ff (MD5) / Approved for entry into archive by Milena Rubi (milenarubi@ufscar.br) on 2016-11-03T18:15:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 CASTELLO_Ana_2014.pdf: 46454923 bytes, checksum: 516b13acd6335b29a36040846ee4f7ff (MD5) / Approved for entry into archive by Milena Rubi (milenarubi@ufscar.br) on 2016-11-03T18:15:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 CASTELLO_Ana_2014.pdf: 46454923 bytes, checksum: 516b13acd6335b29a36040846ee4f7ff (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-03T18:15:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CASTELLO_Ana_2014.pdf: 46454923 bytes, checksum: 516b13acd6335b29a36040846ee4f7ff (MD5) Previous issue date: 2014-02-27 / Não recebi financiamento / A criação de Unidades de Conservação (UC's) é a principal estratégia adotada para conservação in situ da diversidade biológica, porém, existe um número deficiente de estudos abordando o estado e a efetividade dessas áreas para a conservação da biodiversidade. Além disso, não há um programa sistemático de monitoramento da efetividade dessas unidades, principalmente em países em desenvolvimento. Uma forma de monitoramento do estado de conservação das UC’s se dá com a utilização de indicadores ecológicos, sendo que a vegetação é considerada um bom indicador tanto das condições ambientais quanto do estado de conservação dos ecossistemas. No entanto, poucos estudos têm sido realizados com aspectos da vegetação como indicadores ecológicos, sendo a maioria deles realizados com fauna. Nesse contexto, os objetivos desse trabalho foram: (1) selecionar indicadores do estado de conservação desse tipo vegetacional e (2) analisar comparativamente o estrato regenerativo de duas áreas de Floresta Ombrófila Densa (FOD). O estudo foi realizado em duas áreas de FOD no Vale do Ribeira, sendo elas: área 1 - localizada no interior dos limites de duas unidades de conservação, o Parque Estadual Caverna do Diabo e a Área de Proteção Ambiental Quilombos do Médio Ribeira; área 2 - uma propriedade particular não inserida em nenhuma unidade de conservação, a Fazenda São José. O estrato regenerativo foi amostrado em transectos de 2x20m, incluindo os indivíduos lenhosos com altura mínima de 1,50m e circunferência à altura do peito inferior a 15cm. Os fetos arborescentes e as lianas foram quantificadas em parcelas de 20x20m, sem a realização de identificação botânica. Além disso, as parcelas foram caracterizadas sucessionalmente pela Resolução CONAMA 01/94 e caracterizadas a partir de variáveis ambientais (cobertura do dossel, luminosidade, umidade e altura da camada de serapilheira). Na área 1, foram amostrados 195 indivíduos, pertencentes a 75 espécies, 46 gêneros e 28 famílias; na área 2, foram 238 indivíduos, pertencentes a 75 espécies, 44 gêneros e 31 famílias. O estrato regenerativo das áreas de estudo é similar, composto principalmente por espécies não pioneiras e com síndrome de dispersão zoocórica. As espécies Bathysa australis (A.St.-Hil.) K.Schum. e Euterpe edulis Mart. foram consideradas indicadoras de estágio avançado de regeneração, Nectandra oppositifolia Ness e Pera glabrata (Schott) Poepp. ex Baill. indicadoras de estágio médio de regeneração, e Piper cf. arboreum Aubl. indicadora de estágio inicial de regeneração. As lianas de maior diâmetro (acima de 4.1 cm) e os fetos arborescentes de maior altura (acima de 4.1 m), foram considerados indicadores de estágio avançado de regeneração.